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ballackmakay

铜虫 (初入文坛)

[交流] 生物信息学网站

生物信息学----机器学习方法
皮埃尔. 巴尔迪(Pierre Baldi)(法)  中信出版社

分子生物学数据库综合目录
1.        SRS序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器)  http://www.embl-heidelberg.ed/srs5/
2.        分子生物学数据库及服务器概览  http://www.ai.sri.com/people/pkarp/mimbd/rsmith.html
3.        BioMedNet图书馆  http://biomednet.com
4.        DBGET数据库链接  http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget.links.html
5.        哈佛基因组研究数据库与精选服务器  http://golgi.harvard.edu
6.        约翰. 霍普金斯大学(Johns Hopkins University) OWL网络服器  http://www.gdb.org/Dan/proteins/owl.html
7.        生物网络服务器索引，USCS  http://info.er.usgs.gov/network/science/biology/index.html
8.        分子生物学数据库列表(LiMB)  gopher://gopher.nih.gov/11/molbio/other
9.        病毒学的WWW服务器，UW-Madison  http://www.bocklabs.wisc.edu/Welcome.html
10.        UK MRC 人类基组图谱计划研究中心  http://www.hgmp.mrc.ac.uk/
11.        生物学家和生物化学家的WWW资源  http://www.yk.rim.pr.jp/~aisoai/index.html
12.        其他生物网络服务器的链接  http://www.gdb.org/biolinks.html
13.        分子模型服务器与数据库  http://www.rsc.org/lap/rsccom/dab/ind006links.html
14.        EMBO实际结构数据库  http://xray.bmc.uu.se/embo/structdb/links.html
15.        蛋白质科学家的网络资源  http://www.faseb.org/protein/ProSciDocs/WWWResources.html
16.        ExPASy分子生物学服务器  http://expasy.hcuge.ch/cgi-bin/listdoc
17.        抗体研究网页  http://www.antibodyresource.com
18.        生物信息网址  http://biochem.kaist.ac.kr/bioinformatics.html
19.        乔治.梅森大学(George Mason University)的生物信息学与计算分子生物学专业  http://www.science.gmu.edu/~michaels/Bioinformatics/
20.        INFOBIOGEN数据库目录  http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/
21.        国家生物技术信息研究室  http://www.nbif.org/data/data.html
22.        人类基因组计划情报  http://www.ornl.gov/TechResources/Human_Genome
23.        生物学软件及数据库档案  http://www.gdb.org/Dan/software/biol-links.html
24.        蛋白质组研究：功能基因组学的新前沿(著作目录) http://expasy.hcuge.ch/ch2d/LivreTOC.html


序列与结构数据库
一．        主要的公共序列数据库
1.        EMBL WWW服务器  http://www.EMBL-heidelberg.ed/Services/index.html
2.        Genbank 数据库查询形式(得到Genbank的一个记录)  http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/query_form.html
3.        蛋白质结构数据库WWW服务器(得到一PDB结构)  http://www.rcsb.org
4.        欧洲生物信息学研究中心(EBI)  http://www.ebi.ac.uk/
5.        EBI产业支持  http://industry.ebi.ac.uk/
6.        SWISS-PROT(蛋白质序列库)  http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html
7.        大分子结构数据库  http://BioMedNet.com/cgi-bin/membersl/shwtoc.pl?J:mms
8.        Molecules R Us(搜索及观察一蛋白质分子)  http://cmm.info.nih.gov/modeling/net_services.html
9.        PIR国际蛋白质序列数据库  http://www.gdb.org/Dan/proteins/pir.html
10.        SCOP(蛋白质的结构分类)，MRC  http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.l.html
11.        洛斯阿拉莫斯的HIV分子免疫数据库  http://hiv-web.lanl.gov/immuno/index.html
12.        TIGR数据库  http://www.tigr.org/tdb/tdb.html
13.        NCBI WWW Entrez浏览器  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html
14.        剑桥结构数据库(小分子有机的及有机金属的结晶结构)  http://www.ccdc.cam.ac.uk
15.        基因本体论坛  http://genome-www.stanford.edu/GO/
二. 专业数据库
1.        ANU生物信息学超媒体服务(病毒数据库、分类及病毒的命名法) http://life.anu.edu.au/
2.        O-GLYCBASE(O联糖基化蛋白质的修订数据库)  http://www.cbs.dtu.dk/OGLYCBASE/cbsoglycbase.html
3.        基因组序列数据序(GSDB)(已注释的DNA序列的关系数据序)  http://www.ncgr.org
4.        EBI蛋白质拓扑图  http://www3.ebi.ac.uk/tops/Serverintermed.html
5.        酶及新陈代谢途径数据库(EMP)  http://www.empproject.com/
6.        大肠杆菌数据库收集(ECDC)(大肠杆菌K12的DNA序列汇编) http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html
7.        EcoCyc(大肠杆菌基因及其新陈代谢的百科全书) http://www.ai.sri.com/ecocyc/ecocyc.html
8.        Eddy实验室的snoRNA数据库  http://rna.wustl.edu/snoRNAdb/
9.        GenproEc(大肠杆菌基因及蛋白质)  http://www.mbl.edu/html/ecoli.html
10.        NRSub(枯草芽胞杆菌的非冗余数据库)  http://pbil.univ-lyonl.fr/nrsub/nrsub.html
11.        YPD(酿酒酵母蛋白质)  http://www.proteome.com/YPDhome.html
12.        酵母基因组数据库  http://genome-www.stanford.edu/Saccharomyces/
13.        LISTA、LISTA-HOP及LISTA-HON(酵母同源数据库汇编)  http://www.ch.embnet.org/
14.        MPDB(分子探针数据库)  http://www.biotech.est.unige.it/interlab/mpdb.html
15.        tRNA序列及tRNA基因序列汇编  http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/index/html
16.        贝勒医学院(Baylor College of Medicine)的小RNA数据库  http://mbcr.bcm.tmc.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
17.        SRPDB(信号识别粒子数据库)  http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html
18.        RDP(核糖体数据库计划)  http://rdpwww.life.uiuc.edu/
19.        小核糖体亚蛋白RNA结构  http://rrna.uia.ac.be/ssu/index.html
20.        大核糖体亚蛋白RNA结构  http://rrna.uia.ac.be/lsu/index.html
21.        RNA修饰数据库  http://medlib.med.utah.edu/RNAmods/
22.        16SMDB及23SMDB(16S和23S核糖体RNA突变数据库)  http://www.fandm.edu/Departments/Biology/Databases/RNA.html
23.        SWISS-2DPAGE(二维凝胶电泳数据库)  http://expasy.hcuge.ch/ch2d/ch2d-top.html
24.        PRINTS[蛋白质印迹(protein fingerprint)数据库]  http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/PRINTS.html
25.        KabatMan(抗体结构及序列信息数据库)  http://www.bioinf.org.uk/abs
26.        ALIGN(蛋白质序列比对一览)  http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/ALIGN/ALIGN.html
27.        CATH(蛋白质结构分类系统)  http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath
28.        ProDom(蛋白质域数据库)  http://protein.toulouse.inra.fr/
29.        Blocks数据库(蛋白质分类系统)  http://blocks.fhcrc.org/
30.        HSSP(按同源性导出的蛋白质二级结构数据库)  http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/
31.        FSSP(基于结构比对的蛋白质折叠分类)  http://www2.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html
32.        SBASE蛋白质域(已注释的蛋白质序列片断)  http://www.icgeb.trieste.it/~sbasessrv/
33.        TransTerm(翻译控制信号数据库)  http://uther.otago.ac.nz/Transterm.html
34.        GRBase(参与基因调控的蛋白质的相关信息数据库)  http://www.access.digex.net/~regulate/trevgrb.html
35.        REBASE(限制性内切酶和甲基化酶数据库)  http://www.neb.com/rebase/
36.        RNaseP数据库  http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNaseP/home.html
37.        REGULONDB(大肠杆菌转录调控数据库)  http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/
38.        TRANSFAC(转录因子及其DNA结合位点数据库)  http://transfac.gbf.de/
39.        MHCPEP(MHC结合肽数据库)  http://wehih.wehi.edu.au/mhcpep/
40.        ATCC(美国菌种保藏中心)  http://www.atcc.org/
41.        高度保守的核蛋白序列的组蛋白序列数据库  http://www.nvbi.nlm.nih.gov/Baxevani/HISTONES
42.        3Dee(蛋白质结构域定义数据库)  http://barton.ebi.ac.uk/servers/3Dee.html
43.        InterPro(蛋白质域以及功能位点的完整资源)  http://www.ebi.ac.uk/interpro/

序列相似性搜索
1.        EBI序列相似性研究网页  http://www.ebi.ac.uk/searches/searches.html
2.        NCBI: BLAST注释  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST
3.        EMBL的BLITZ ULTRA快速搜索  http://www.ebi.ac.uk/searches/blitz_input.html
4.        EMBL WWW服务器         http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#5
5.        蛋白质或核苷酸的模式浏览  http://www.mcs.anl.gov/compbio/PatScan/HTML/patscan.html
6.        MEME(蛋白质超二级结构模体发现与研究)  http://meme.sdsc.edu/meme/website
7.        CoreSearch(DNA序列保守元件的识别)  http://www.gsf.de/biodv/coresearch.html
8.        PRINTS/PROSIT浏览(搜索motif数据库)  http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/attwood/SearchprintsForm.pl
9.        苏黎世ETH服务器的DARWIN系统  http://cbrg.inf.ethz.ch/
10.        利用动态规划找出序列相似性的Pima II  http://bmerc-www.bu.ede/protein-seq/pimaII-new.html
11.        利用与模式库进行哈希码(hashcode)比较找到序列相似性的DashPat  http://bmerc-www.bu.edu/protein-seq/dashPat-new.html
12.        PROPSEARCH(基于氨基酸组成的搜索)  http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html
13.        序列搜索协议(集成模式搜索)  http://www.bochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/protocol.html
14.        ProtoMap(SEISS-PROT中所有蛋白质的自动层次分类)  http://www.protomap.cs.huji.ac.il/
15.        GenQuest(利用Fasta、Blast、Smith-Waterman方法在任意数据库中搜索)  http://www.gdb.rog/Dan/gq/gq.form.html
16.        SSearch(对特定数据库的搜索)  http://watson.genes.nig.ac.jp/homology/ssearch-e_help.html
17.        Peer Bork搜索列表(motif/模式序列谱搜索)  http://www.embl-heidelberg.de/~bork/pattern.html
18.        PROSITE数据库搜索(搜索序列的功能位点)  http://www.ebi.ac.uk/searches/prosite.html
19.        PROWL(Skirball研究中心的蛋白质信息检索)  http://mcphar04.med.nyu.edu/index.html

序列和结构的两两比对
1.        蛋白质两两比对(SIM)  http://expasy.hcuge.ch/sprot/sim-prot.html
2.        LALNVIEW比对可视化观察程序  ftp://expasy.hcuge.ch/pub/lalnview
3.        BCM搜索装置(两两序列比对)  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/alignment.html
4.        DALI蛋白质三维结构比较  http://www2.ebi.ac.uk/dali/
5.        DIALIGN(无间隙罚分的比对程序)  http://www.gsf.de/biodv/dialign/html

多重序列比对及系统进行树
1.        ClustalW(BCM的多重序列比对)  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html
2.        PHYLIP(推测系统进行树的程序)  http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
3.        其它系统进行树程序，PHYLIP文档的汇编  http://expasy.hcuge.ch/info/phylogeny.html
4.        系统进行树分析程序(生命树列表)  http://phylogeny.arizona.edu/tree/programs/programs.html
5.        遗传分类学软件(Willi hennig协会提供的列表)  http://www.cladistics.org/education.html
6.        用于多重序列比对的BCM搜索装置  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/multi-align/multi-align.html
7.        AMAS(分析多重序列比对中的序列)  http://barton.ebi.ac.uk/servers/amas_server.html
8.        维也纳RNA二级结构软件包  http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/

四. 有代表性的预测服务器
1.        PHD蛋白质预测服务器，用于二级结构、水溶性以及跨膜片断的预测  http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html
2.        PhdThreader(利用逆折叠方法预测、识别折叠类)  http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/phd_help.html
3.        PSIpred(蛋白质结构预测服务器)  http://insulin.brunel.ac.uk/psipred
4.        THREADER(戴维. 琼斯)  http://www.biochem.ucl.ac.uk/~jones/threader.html
5.        TMHMM(跨膜螺旋蛋白的预测)  http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
6.        蛋白质结构分析， BMERC  http://bmerc-www.bu.edu/protein-seq/protein-struct.html
7.        蛋白质域和折叠预测的提交表  http://genome.dkfz-heidelberg.de/nnga/def-query.html
8.        NNSSP(利用最近相邻法预测蛋白质的二级结构)  http://genomic.sanger.ac.uk/pss/pss.html
9.        Swiss-Model(基于知识的蛋白质自动同源建模服务器)  http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html
10.        SSPRED(用多重序列比对进行二级结构预测)  http://www.mrc-cpe.cam.ac.uk/jong/predict/sspred.html
11.        法国IBCP的SOPM(自寻优化预测方法、二级结构)  http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa ... NPSA/npsa_sopm.html
12.        TMAP(蛋白质跨膜片断的预测服务)  http://www.embl-heidelberg.de/tmap/tmap_info.html
13.        TMpred(跨膜区域和方向的预测)  http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
14.        MultPredict(多重序列比对的序列的二级结构)  http://kestrel.ludwig.ucl.ac.uk/zpred.html
15.        BCM搜索装置(蛋白质二级结构预测)  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-search/struc-predict.html
16.        COILS(蛋白质的卷曲螺旋区域预测)  http://www.ch.embnet.org/software/coils/COILS_doc.html
17.        Coiled Coils(卷曲螺旋)  http://www.york.ac.uk/depts/biol/units/coils/coilcoil.html
18.        Paircoil(氨基酸序列中的卷曲螺旋定位)  http://theory.lcs.mit.edu/bab/webcoil.html
19.        PREDATOR(由单序列预测蛋白质二级结构)  http://www.embl-heidelberg.de/argos/predator/predator_info.html
20.        EVA(蛋白质结构预测服务器的自动评估)  http://cubic.bioc.columbia.edu/eva/

五. 其他预测服务器
1.        SignalP  (革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物蛋白质的信号肽及剪切位点) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
2.        PEDANT(蛋白质提取、描述及分析工具)  http://pedant.mips.biochem.mpg.de/

六. 分子生物学软件链接
1.        生物信息学可视化工具  http://industry.ebi.ac.uk/alan/VisSupp/
2.        EBI分子生物学软件档案  http://www.ebi.ac.uk/software/software.html
3.        BioCatalog  http://www.ebi.ac.uk/biocat/e-mail_Server_ANALYSIS.html
4.        生物学软件和数据库档案  http://www.gdb.org/Dan/softsearch/biol-links.html
5.        UC Santa Cruz的序列保守性HMM的SAM软件  http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

七. 网上博士课程
1.        生物计算课程资源列表：课程大纲  http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/syllabi.html
2.        生物序列分析和蛋白质建模的Ph.D课程  http://www.cbs.dtu.dk/phdcourse/programme.html
3.        分子科学虚拟学校  http://www.ccc.nottingham.ac.uk/vsms/sbdd/
4.        EMBnet 生物计算指南  http://biobase.dk/Embnetut/Universl/embnettu.html
5.        蛋白质结构的合作课程  http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS/index.html
6.        自然科学GNA虚拟学校  http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Vsns/index.html
7.        分子生物学算法  http://www.cl.washington.edu/education/courses/590bi
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1楼 2006-07-28 17:23:02
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oyj1102

金虫 (小有名气)

0.5

谢谢楼主分享！
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2楼2006-07-29 15:30:42
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zdc.ronaldo

1

不错
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3楼2006-08-01 09:29:50
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)

0.5

收藏之！！！支持
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有勇气去改变你可以改变的,有度量去容忍你不能改变的,有智慧去区分上面的两种情况http://bbs.bioon.net/bbs/?66210
4楼2006-08-01 14:21:23
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早子

银虫 (小有名气)

1

谢谢啊
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我在自己的场里不问世事,依旧气象万千......
5楼2006-11-19 19:14:25
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zhangjt80

1

6楼2006-11-21 20:57:16
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july975

1

7楼2007-07-09 15:54:21
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greatsun

木虫 (正式写手)

1

不错！！！
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8楼2007-07-10 09:10:57
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roger077

铜虫 (小有名气)

1

谢谢楼主分享
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9楼2007-07-10 09:14:19
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