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wjg_1979

木虫 (小有名气)

[交流] 简并引物溶解

请问简并引物怎样加水溶解呀,是以那个来算的,如:GCXAAYAAYAGYGGXZCC
X=A,T,C,G;Y=T,C;Z=A,G
E-MAIL:wjg_1979@163.com

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Tibetboy

铁虫 (初入文坛)

★ ★
zhaoyusnow(金币+2):谢谢参与。欢迎常来。
不知道你的引物是怎么合成的,A=312, C=288,G=328,T=303
一般引物分子量近似算法是 
DNA分子量=324.5*碱基数.多义碱基只是对原碱基的修饰,分子量可用324.5这个平均值来算.
2楼2006-07-25 00:51:45
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wjg_1979

木虫 (小有名气)

我的意思是,在简并的碱基中以那个碱基来计算,还是都算上。
如上面的可换成:GGGAACAACAGCGGGCAGCC,GGCAACAACAGCGGCCAGCC等,但是应以那个来加呢
3楼2006-07-25 10:14:33
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Tibetboy

铁虫 (初入文坛)

多义的碱基  以平均分子量的标准来算吧 DNA分子量=324.5*碱基数,
这种配置应该能满足实验要求吧,本身合成的引物都含有很多碎片的,呵呵
4楼2006-07-25 11:31:32
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Tibetboy

铁虫 (初入文坛)

简并的在里面也只是一个碱基,你怎么可能都算上了,那你的分子量不是偏差很大了?
5楼2006-07-25 11:42:02
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suozl

★ ★
wjg_1979(金币+1):感谢认真回答
zhaoyusnow(金币+1):谢谢参与。欢迎常来。
简并引物溶解
GCXAAYAAYAGYGGXZCC
X=A,T,C,G;Y=T,C;Z=A,G
建议你把各种可能的排列组合都写出来,算出每一条具体引物的分子量,找出分子量的最大值、最小值和中间值, 合成引物前要告诉公司,合成 2 O.D., 分4管,每管0.5  O.D.。 然后,按照常规方法配制引物工作液,即取其中3管,分别按分子量的最大值、最小值和中间值稀释出工作液来,做好标记,不要乱了。用这3种配制液常规方法各做各的PCR,判断结果的回馈信息,祝你成功。
6楼2006-07-25 15:02:22
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wjg_1979

木虫 (小有名气)

请问这样行吗?

简并引物溶解
GCXAAYAAYAGYGGXZCC
X=A,T,C,G;Y=T,C;Z=A,G
建议你把各种可能的排列组合都写出来,算出每一条具体引物的分子量,找出分子量的最大值、最小值和中间值, 合成引物前要告诉公司,合成 2 O.D., 分4管,每管0.5  O.D.。 然后,按照常规方法配制引物工作液,即取其中3管,分别按分子量的最大值、最小值和中间值稀释出工作液来,做好标记,不要乱了。用这3种配制液常规方法各做各的PCR,判断结果的回馈信息,祝你成功。

我现在是这样做的:合成后公司给了一个分子量,我就用这个分子量来算了.不知这样行不行?谢谢!suozl  请回!另,请问你是象你说的这样做的吗?
7楼2006-07-25 20:07:16
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wjg_1979

木虫 (小有名气)

问题已解决!

问题已解决!
8楼2006-07-28 08:22:20
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