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sigmax

银虫 (正式写手)

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[交流] 【交流】能否有小木虫版的linux？已有13人参与

在小木虫中，各种专业软件在Linux平台的编译、安装是主要的话题之一，也涉及到大家不少的精力。

能否有虫友或者合作群体把诸如gromacs、autodock这些常用的工具软件编译、安装好后，再打包形成DVD安装文件。

现在，每个新人都要学习如何安装Linux-最痛苦的是要忍受必须联网下载有关文件包的麻烦，尤其是在高校各种上网认证程序管理下，Linux livecd形同摆设，很难联上网，这样后续的下载更谈不上。

结果是，对外宣称一张CD走天下，结果是还需要更多的文件下载才能形成完整的系统。如果要线下完整安装，那还得去找DVD盘，Ubuntu DVD可是有4G之巨；也不知道里面究竟有什么弄得这么大？

把Linux基本系统捣腾过后，才是应用软件的编译、安装，这中间又出现“Linux依赖”等，还能网上四下寻找。Linux这种严重依赖网络的主流安装方式，难道不是一种局限和风险？要是哪天网络故障或者强力集团有意断网，大家就不用干活？

而且，这样的不断网络升级，难道没有什么后门程序之类的？再是开源，能有多少人看得懂代码？

现在看来，Linux服务业确有必要，北京的那个喀纳斯自由软件有点意思，可惜也就只是关心中文基础系统的安装，没有涉及专业软件工具。

国外以前出现过biolinux之类的预安装发行版，但是里面的应用软件有限，而且多数不是主流软件。

因此，不知虫友中可否有人能进行这方面的尝试？把Ubuntu里面的娱乐等软件除去，加上计算模拟软件。这样，有利于Linux理念在大学的流行，有利于更多的新人使用Linux环境解决实际问题。

[ Last edited by mingdong on 2011-1-13 at 13:31 ]

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1楼2011-01-13 00:14:06

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sigmax

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做计算模拟的，总是有些朋友对于图形界面深恶痛绝，好像是个主义之分、路线斗争。其实，估计与学科背景有关，多数做计算模拟的是物理、物理化学等专业出身，习惯处理简单、理想体系了，这时用命令行自然有特长。

但是，随着计算模拟理念的普及，越来越多实验出身的人、尤其是有机化学、分子生物学专业的人开设涉及计算模拟，这时如果还是坚持百分之百的命令行，那输入文件的编写都成问题。比如，药物分子模拟中，涉及到的是分子量200-500左右的有机分子，如果完全用指令行、内坐标编写，估计自己都要糊涂。而要是再涉及到大分子，那就更难了。我们现在的日常工作就涉及到环糊精包合物的计算，这个总不能一定要求用文字界面干全部工作吧。

其实，在使用过程中，比如rietvald精修时，我们也认识到了命令行输入特定参数的好处。但是，用命令行输入分子晶体的坐标就是一个困难，这时图形界面就有很大的用处。

稍微有点跑题，还是回到定制Linux上。

首先，印度人制作了一个Open Discovery，是基于fedora的，里面就集成了pymol、gromacs和autodock 、vina等。1.0、2.0版本免费下载，3.0学术版收费35美元。我大概看了下，它采取的方式是下载人自行去取得各个应用软件的使用许可。这或许是一个不错的实施模式。

另外，还有一个scientific linux，里面也装了不少的应用程序库，中文也做得不错，正在下载，准备试试。可惜，这个版本是从事高能物理的科学家主导的，什么时候有从事计算化学的科学家主导一个Dirac Linux就好了。