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vegetking

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 【摘要编号】31071797/C150202

求助摘要的编号:

31071797/C150202

项目名称:

基于全基因组重测序挖掘西双版纳黄瓜优异基因

项目类型:

面上项目

求助基金摘要：31071797/C150202 基于全基因组重测序挖掘西双版纳黄瓜优异基因沈镝中国农业科学院蔬菜花卉研究所 33万
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1楼 2011-01-12 08:59:04

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book2005593

主管区长 (文坛精英)

vegetking(金币+1, 基金HEPI+1):优秀 2011-01-12 10:42:16
vegetking(金币+3): 2011-01-13 12:50:36

项目编号 31071797
项目名称基于全基因组重测序挖掘西双版纳黄瓜优异基因
项目类型面上项目
申报学科1 蔬菜种质资源与遗传育种学(C150202)
申报学科2 蔬菜种质资源与遗传育种学(C150203)
研究性质应用基础研究
资助金额 33.00万元
开始日期 2011年1月1日
完成日期 2013年12月31日
项目摘要西双版纳黄瓜是我国特有的黄瓜变种资源，是栽培黄瓜进化过程中群体遗传多样性保存较完整的一个过渡类群，具有高β-胡萝卜素、抗黑星病和白粉病等优异特性。本项目通过高通量、高效的Solexa全基因重测序技术，获得6份西双版纳黄瓜材料3倍以上覆盖度的全基因组图谱序列。利用黄瓜栽培变种和野生变种全基因组的参考序列及18份黄瓜材料的重测序结果，通过关联分析检测西双版纳黄瓜驯化和人工选择相关的da-SNP和da-InDel位点。对西双版纳黄瓜变种群与栽培变种群间的核酸多态性和连锁不平衡进行比较分析，并鉴定选择信号基因组区域。结合QTL定位结果和全基因组功能基因注释信息，确定高β-胡萝卜素含量、抗黑星病和白粉病等西双版纳黄瓜优异性状相关基因的遗传变异位点或基因组区域，为进一步的基因克隆和功能分析奠定基础，同时也为构建黄瓜第一代单倍型图谱提供更丰富的等位变异位点。
获资助单位中国农业科学院蔬菜花卉研究所(项目负责人)

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