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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】序列比较
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xiamr

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】序列比较

谁能告诉我在ncbi上那个blast怎么 用呀？

我有测定好的序列，就想对比下是否是我所要的序列！！！
十分着急，请求大家帮助！


解决必有重谢！！
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1楼 2011-01-11 11:13:10
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poog502

木虫 (正式写手)
★ ★
1949stone(金币+2):谢谢交流 2011-01-11 12:10:08
xiamr(金币+1):谢谢下边怎么比较呢，光得到个登陆号码。怎么知道是不是目的的呢 2011-01-11 16:02:27
把你的序列贴到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
你的应该是核苷酸序列
在Basic BLAST中
点击“nucleotide blast”

在Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence下面输入你的序列

在Choose Search Set下面选择数据库
Database：人、鼠、其他

点击最下面的“BLAST”即可

[ Last edited by poog502 on 2011-1-11 at 11:29 ]
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2楼2011-01-11 11:26:05
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lxjwishes

银虫 (正式写手)
同上
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3楼2011-01-11 11:32:33
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gongeleven

铁杆木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-11 12:58:02
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2769887&fpage=1
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4楼2011-01-11 11:40:00
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xiamr

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by poog502 at 2011-01-11 11:26:05:
把你的序列贴到http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
你的应该是核苷酸序列
在Basic BLAST中
点击“nucleotide blast”

在Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence下面输入你的 ...

得到登陆号 了，然后怎么知道是不是呢？
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5楼2011-01-11 15:58:33
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haitian0625

金虫 (小有名气)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-11 21:39:08
引用回帖:
Originally posted by xiamr at 2011-01-11 15:58:33:



得到登陆号 了，然后怎么知道是不是呢？

将两组序列拷进序列框后，选择上述几楼的选项，点进，看图，点那些黑/红/蓝杠，然后看结果；或是你自己测的学列的话，结果是红色就代表完全一致。
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6楼2011-01-11 16:04:10
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xiamr

金虫 (小有名气)

？？？？

引用回帖:
Originally posted by haitian0625 at 2011-01-11 16:04:10:


将两组序列拷进序列框后，选择上述几楼的选项，点进，看图，点那些黑/红/蓝杠，然后看结果；或是你自己测的学列的话，结果是红色就代表完全一致。

我拿我自己测的序列和哪个序列对比呢？
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7楼2011-01-11 16:27:50
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xiamr

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xiamr at 2011-01-11 16:27:50:


我拿我自己测的序列和哪个序列对比呢？

我所测定的是鳞翅目昆虫的，如何才知道我这个序列是我所要的扩增的目的序列呢
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8楼2011-01-11 16:33:10
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poog502

木虫 (正式写手)
★
rainwander(金币+1):鼓励积极参与交流~~~ 2011-01-11 21:39:18
和所有的比对，一般最上面的几组与你提交的序列的同源性较高，可靠性较好。你要扩增的基因有什么功能等信息你是应该知道的，不然叫什么同源克隆。比对的序列中有和你的目的基因同功能说明就是你要的基因。最终确定要等你获得全长再比对。如果是新基因你就中将了。
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9楼2011-01-11 19:04:55
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haitian0625

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xiamr at 2011-01-11 16:33:10:



我所测定的是鳞翅目昆虫的，如何才知道我这个序列是我所要的扩增的目的序列呢

要是你有原序列(网站公布的或是文献上的)，就把你测的和原序列放进去；若没有，那就在BLAST时，在数据库那栏选“others”(其他物种)，然后BLAST，应该会有的。
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10楼2011-01-12 08:57:17
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