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gwyan3410

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[交流] 【分享】精要速览系列先锋版—生物信息学（中文版）——王明怡，杨益等译已有51人参与

精要速览系列— — —先锋版
生物信息学
〔英〕D. R.韦斯特海德  J. H .帕里什  R . M .特怀曼  著
王明怡  杨  益  吴  平等  译校

内  容  简  介
本书是生物学经典教材— — —精要速览先锋版中译本之一, 包括了生物
信息学的基本内容。本书内容包括: 生物信息学概述、数据采集、数据
库— — —内容、结构和注释、生物数据检索、通过序列相似性标准搜索序列
数据库、多序列联配: 基因和蛋白质家族、系统发育学、序列注释、结构
信息学、微阵列数据分析、蛋白质组数据分析、高阶模型、生物学中的化
学信息学、制药业中的生物信息学、生物信息学计算的基本原理。在书后
还附有进一步阅读文献以及术语表。
本书适合大学本科生物类专业的大学生作为教材使用, 也可供科研人
员参考。
D. R . W es thead, J. H. Par i sh & R. M . T wy m an
Instant N ote s i n Bio infor mat i cs
Author i sed t rans l at i on f ro m E ngl i sh l anguage edi t ion pubi shed by BIO S, a
m e m be r of the Tay lor & Franc i s Group.
� BIO S Sci ent i f i c Publ i shers Limi ted, 2002
序

20 世纪后期,基因组学及后基因组学的迅猛发展,无论从数量上还是从质量
上都极大地丰富了生物科学的数据资源。数据资源的急剧膨胀迫使人们寻求一种
强有力的工具去分析这些数据,从海量的生物学数据中寻求生物学规律,这些规律
将是解释生命之谜的关键。另一方面,以数据分析、处理为本质的计算机科学技术
和网络技术迅猛发展并日益渗透到生物科学的各个领域。于是,一门崭新的、拥有
巨大发展潜力的新学科— — —生物信息学悄然兴起。
科学出版社引进的现代生物学精要速览系列书籍一直深受广大师生和科研工
作者的喜爱。在生物学中的《分子生物学》等其他方向的速览书籍中文版相继出版
后, 《生物信息学》中文版一书便呼之欲出。《生物信息学》涉及 50 多个主题,基本
上总括了生物信息学的基本理论、核心内容和主要技术。在每一主题中都配有 “要
点” 栏目,有助于抓住重点,并配有简洁的插图,便于理解。
在科学出版社的主持下,浙江大学生命科学学院的几位教师和研究生翻译了
该书,奉献给大家,以期帮助读者抓住重点,取得更好的学习效果。在翻译过程中,
我们坚持忠实原文的原则,同时力求符合汉语的表达习惯。
参与本书翻译共有六人,其中吴平翻译了序言、目录、附录部分,王明怡翻译了
A、 B、 C、 D、 H、 O 共六章,杨益翻译了 E、 F、 G、 I共四章,张麝龙翻译了 J、 K 两章,缪
岩松翻译了 M、 N 两章,张华荣翻译了 L 章。王明怡、杨益和吴平分别对全书进行
了校订,张华荣校订了 M、 N 两章,最后由吴平、王明怡和杨益统一校订意见、规范
文字和插图位置,审核并定稿。另外,也要感谢姜华武、易可可和李靖老师在本书
翻译过程中给予的帮助和建议。由于时间仓促,任务繁重,翻译过程中难免会有一
些错误和问题,在此敬请广大读者及时反馈指正。
吴平  教授
2003 年 11 月 3 日
于浙江大学华家池

原版前言

人们从事生物序列的计算分析已经有很长时间, 但是它对于生物化学家或分
子生物学家的重要性仅在过去 10 年左右的时间内才凸显出来, 因为当时的高通
量测序技术带来了与许多研究计划有关的大量有价值的序列数据。于是, 生物信
息学作为一个非常重要的学科而问世。学科发展的核心阶段是全基因组的测序,
人类基因组已在一年以前完成测序, 且在不久前非生物信息学家也开始能够方便
地访问这些已注释的数据。
紧随着 D N A 测序, 迄今已有许多其他的高通量实验技术被开发出来。用微
阵列可以在全基因组的规模上研究基因和蛋白质表达模式, 用酵母双杂交技术也
可以在同样规模上研究蛋白质的互作, 甚至还有完成高通量确定结构的设想。有
大规模数据产生的地方就需要数据的处理和分析, 因而生物信息学的研究领域也
在逐渐扩展。
目前, 对从事生命科学的研究者来说, 具备生物信息学知识是非常必要的,
所以这一学科被设置为本科生课程。本书是为实验生物学者而准备的, 可以是本
科生的读物或实验生物学者在研究工作中需要该课程基本知识时的参考书。本书
将对计算机工作者和其他准备转入生物学领域的人提供帮助。我们首先描述了数
据的产生和数据库, 然后叙述了“经典”的生物信息学问题— — —“对于序列我能
做什么 ? ”最后, 我们速览了有关结构、表达、蛋白质组学、互作和途径等新的
生物信息学问题。
本书的主旨是叙述一些分析方法的适用性和优缺点, 也就是告诉读者这些方
法能做什么。但是, 本书不是常用软件的使用手册。那些软件的使用手册比本书
提供了更详细的说明。生物信息学中的许多分析方法基于复杂的数学、统计和计
算技术。因此, 根本没有必要详细描述这些分析方法。但是, 有时确实对它们进
行了简要的描述, 这时有利于对一些基本概念的理解。正如人们常说的“驾驶汽
车并不需要深入理解内燃机内部的工作原理” , 对生物信息学中基本方法的理解
也是这个道理。所以, 我们介绍了一些必要的分析方法, 希望对读者有所帮助。
致谢
作者感谢Jonathan Ray、Sarah Car l son 和 Dav id H a m es在本书准备阶段给予
的帮助、理解和支持, 以及 C hr i s H odgson 对第 O 章的建议和讨论。
Dav id W es thead 谨把本书献给他的父母 Rober t和 M avi s, 他的妻子 A ndrea和
孩子 El i zabe th、Franc i s。
H o w ard Par i sh 谨把本书献给他的孙女 Scar l et t。
Ri chard T w y m an 谨把本书献给他的父母 Peter和 I rene, 他的孩子 E mi l y 和
L ucy, 以及 H annah、Joshua和 D y lan。