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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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fyz_ok

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】氢键的分析

想分析经过分子动力学平衡后,模型中氢键的相关性能,点击caculation hydrogen bond 后,模型中显示了有氢键的存在,由于模型中氢键个数太多,肉眼无法区分,现在我想统计氢键的个数、分子内氢键的个数、分子间氢键的个数,请问该如何操作?
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guoman2006

银虫 (初入文坛)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
楼上问题应该解决了吧?我现在跑了TIP3P水模型的动力学平衡,想统计每个水分子形成的氢键数目,但是不知道该如何操作,希望给给点建议,谢谢!!!
2楼2011-07-06 23:14:28
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-07-07 08:57:06
VMD菜单 - Extension - Analysis - Hydrogen Bond

能自动计算每一帧的Hbond的数目;能修改Hbond的判断标准;能够输出文件,并进行Plot
3楼2011-07-06 23:37:11
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