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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】氢键的分析
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fyz_ok

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】氢键的分析

想分析经过分子动力学平衡后，模型中氢键的相关性能，点击caculation hydrogen bond 后，模型中显示了有氢键的存在，由于模型中氢键个数太多，肉眼无法区分，现在我想统计氢键的个数、分子内氢键的个数、分子间氢键的个数，请问该如何操作？
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1楼 2010-12-15 08:31:25
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guoman2006

银虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼上问题应该解决了吧？我现在跑了TIP3P水模型的动力学平衡，想统计每个水分子形成的氢键数目，但是不知道该如何操作，希望给给点建议，谢谢！！！
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2楼2011-07-06 23:14:28
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-07-07 08:57:06
VMD菜单 - Extension - Analysis - Hydrogen Bond

能自动计算每一帧的Hbond的数目；能修改Hbond的判断标准；能够输出文件，并进行Plot
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3楼2011-07-06 23:37:11
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