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erghper

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】当我在运行vasp时,出现了下面问题,求那位高手帮忙解决以下已有4人参与

当我在运行vasp时,出现了下面问题,求那位高手帮忙解决以下
../vasp.5.2/vasp: error while loading shared libraries: libmkl_gf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

下面是我的makefile文件中一部分的关键
# mkl.10.0
# set -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines
#BLAS=-L/opt/intel/mkl100/lib/em64t -lmkl -lpthread
BLAS=-L/opt/intel/mkl/lib/ia32 -lmkl_gf -lpthread -lmkl_sequential -lmkl_core
# even faster for VASP Kazushige Goto's BLAS
# http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
# parallel goto version requires sometimes -libverbs
#BLAS=  /opt/intel/libgoto/libgoto.so
#BLAS= /opt/intel/compilerpro-12.0.0.084/mkl/lib/ia32/libmkl_blacs.a
# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o

  BLAS=-L/opt/intel/mkl/lib/ia32 -lmkl_gf -lpthread -lmkl_sequential -lmkl_core




这是我的函数库mkl/lib/ia32
libmkl_avx.so             libmkl_gnu_thread.so     libmkl_scalapack_core.so
libmkl_blacs.a            libmkl_intel.a           libmkl_sequential.a
libmkl_blacs_intelmpi.a   libmkl_intel.so          libmkl_sequential.so
libmkl_blacs_intelmpi.so  libmkl_intel_thread.a    libmkl_solver.a
libmkl_blacs_openmpi.a    libmkl_intel_thread.so   libmkl_solver_sequential.a
libmkl_blas95.a           libmkl_lapack95.a        libmkl_vml_avx.so
libmkl_cdft_core.a        libmkl_p4m3.so           libmkl_vml_def.so
libmkl_cdft_core.so       libmkl_p4m.so            libmkl_vml_ia.so
libmkl_core.a             libmkl_p4p.so            libmkl_vml_p4m2.so
libmkl_core.so            libmkl_p4.so             libmkl_vml_p4m3.so
libmkl_def.so             libmkl_pgi_thread.a      libmkl_vml_p4m.so
libmkl_gf.a               libmkl_pgi_thread.so     libmkl_vml_p4p.so
libmkl_gf.so              libmkl_rt.so             libmkl_vml_p4.so
libmkl_gnu_thread.a       libmkl_scalapack_core.a  locale

我的vasp文件已经编译起了,但为什么运行不起呢?

[ Last edited by erghper on 2010-11-26 at 14:51 ]
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-11-27 16:07:22
引用回帖:
Originally posted by erghper at 2010-11-26 14:48:06:
当我在运行vasp时,出现了下面问题,求那位高手帮忙解决以下
../vasp.5.2/vasp: error while loading shared libraries: libmkl_gf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

下面是我 ...

重新设置一下你的LD_LIBBRARY。估计你是安装gaussian弄的吧,不知道怎么设的话,你回复我一下吧 我把路径给你
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2010-11-27 15:49:56
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含草

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
同问,我在直接提交任务时,可以算,但是采用脚本文件提交,就出现以下错误,请高人指教. 谢谢
error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
3楼2010-11-27 23:13:04
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1):谢谢指点 2010-11-27 23:54:08
引用回帖:
Originally posted by 含草 at 2010-11-27 23:13:04:
同问,我在直接提交任务时,可以算,但是采用脚本文件提交,就出现以下错误,请高人指教. 谢谢
error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

你是非并行测试的吧,好像并行的时候会出现这个问题,可能你需要设置一下环境变量可以解决
4楼2010-11-27 23:17:47
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含草

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaowu787 at 2010-11-27 23:17:47:


你是非并行测试的吧,好像并行的时候会出现这个问题,可能你需要设置一下环境变量可以解决

我是并行测试的,环境变量也没什么问题,但就是如果采用脚本文件提交任务的话,就会出现这样的错误
5楼2010-11-28 10:24:52
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mazuju028(金币+1):谢谢交流 2010-11-28 13:29:50
引用回帖:
Originally posted by 含草 at 2010-11-28 10:24:52:


我是并行测试的,环境变量也没什么问题,但就是如果采用脚本文件提交任务的话,就会出现这样的错误

最好把你测试的命令及运行的脚本贴出来,大家可以分析一下
6楼2010-11-28 10:47:01
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erghper

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-11-27 15:49:56:


重新设置一下你的LD_LIBBRARY。估计你是安装gaussian弄的吧,不知道怎么设的话,你回复我一下吧 我把路径给你

不是我在安装vasp,把路径设置在/etc/bash.bashrc
export PATH=$PATH:/opt/intel/bin
7楼2010-11-28 14:51:57
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