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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】【求助模建中有关模板的选择】
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lvyanni

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】【求助模建中有关模板的选择】

各位大侠：
       请问下，我要模建一个蛋白，现在是选择了一个模板，比如这个模板叫A，它与我要建的蛋白同源性很高，也是一个家族的，而且它有晶体结构，它其中还含有我所需要的药物小分子。
     所以问题产生了，我可以可以既把这个蛋白作为我的模板蛋白，也同时对接或者验证的时候取其中小分子的晶体结构，是不是同时选取这样一个蛋白会不会可靠性不高呢。
       是不是我要模建蛋白的时候最好取别的蛋白，但是用小分子验证的时候再取这个蛋白？
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1楼 2010-11-25 10:47:30
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-25 11:26:31
lvyanni(金币+8): 2010-11-25 20:28:52
引用回帖:
Originally posted by lvyanni at 2010-11-25 10:47:30:
各位大侠：
       请问下，我要模建一个蛋白，现在是选择了一个模板，比如这个模板叫A，它与我要建的蛋白同源性很高，也是一个家族的，而且它有晶体结构，它其中还含有我所需要的药物小分子。
     所以问题产 ...

模拟就像摸象, 从点到面再到体, 那是很合理的. 所以你的例子里面, 如果无法直接得到想要的蛋白, 那么从A开始是很好的尝试. 话说回来了, 如果现有的文献, 不管是模拟还是计算, 有很多关于A的, 那么不管是不是可以直接得到你想要的蛋白, 你都应该将A和你target 蛋白的一些相同的性质做一些对比, 做一些假设, 然后再从计算中验证. 这本身就是从未知到已知的过程, 符合科学的认知过程.

放心大胆去做吧.
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2楼2010-11-25 10:53:34
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
lvyanni(金币+8): 2010-11-25 20:29:00
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-26 12:59:31
其实你这样的情况是最好进行分子模拟方面的研究的
1.有同源性较高的模板-这就保证了你构建的模型与真实结构的差异会比较小，所以利用同源模建可能可以得到比较精确的结构
2.有同样的小分子，这就保证了你验证对接的结果时有依据选择合适的结合模式，而不是单纯的依赖于打分函数。
因此，最好的情况就是类似的蛋白结合同样的分子~这是很好的基础啊~哈哈
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3楼2010-11-25 11:25:55
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