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【求助】请教有关TK模型模拟蛋白质静电作用的问题
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我是一位来自ECUST的硕士研究生，专业主攻研究在溶液中的蛋白质的静电效应，由于理论基础和研究方法的缺陷，碰到一些问题感到难以解决。想在这向各位大虾们请教几个有关蛋白质内部静电作用模拟的问题。 我主要是在尝试使用TK模型（Tanford-kirkwood model）来模拟蛋白质的静电作用时出现了理解上的难题：从我的理解，在对蛋白质的静电作用的模拟计算中，经历了波恩模型——TK模型——PB方程（利用有限元差分来求解）这一大致的研究历程。波恩模型和TK模型均将蛋白质处理成一个均匀介质的疏水球形。我也想利用TK模型来展开对蛋白质内部电荷-电荷相互作用的计算。但是怎样在这一球形定位氨基酸呢？在Tanford和kirkwood于1957年写的提出该模型的文献中我并没有找到答案。 图一：TK模型图示：  如图一：如何定位qi和qj？又如何确定两个电荷之间的夹角？因为在计算中这些参数是必须的。 另外，在其他一些综述中，又提到TKmodel将电荷排布在蛋白的表面，这是否又互相矛盾了呢？ 以上这些问题一直困扰了我很久，相信在理论上这些肯定有很多错误。哪里理解错了，需要在哪些地方注意，希望各位同学多多指出，先谢谢大家了 |
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