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【求助】请教有关TK模型模拟蛋白质静电作用的问题
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【求助】请教有关TK模型模拟蛋白质静电作用的问题
我是一位来自ECUST的硕士研究生,专业主攻研究在溶液中的蛋白质的静电效应,由于理论基础和研究方法的缺陷,碰到一些问题感到难以解决。想在这向各位大虾们请教几个有关蛋白质内部静电作用模拟的问题。
我主要是在尝试使用TK模型(Tanford-kirkwood model)来模拟蛋白质的静电作用时出现了理解上的难题:从我的理解,在对蛋白质的静电作用的模拟计算中,经历了波恩模型——TK模型——PB方程(利用有限元差分来求解)这一大致的研究历程。波恩模型和TK模型均将蛋白质处理成一个均匀介质的疏水球形。我也想利用TK模型来展开对蛋白质内部电荷-电荷相互作用的计算。但是怎样在这一球形定位氨基酸呢?在Tanford和kirkwood于1957年写的提出该模型的文献中我并没有找到答案。
图一:TK模型图示:
如图一:如何定位qi和qj?又如何确定两个电荷之间的夹角?因为在计算中这些参数是必须的。
另外,在其他一些综述中,又提到TKmodel将电荷排布在蛋白的表面,这是否又互相矛盾了呢?
以上这些问题一直困扰了我很久,相信在理论上这些肯定有很多错误。哪里理解错了,需要在哪些地方注意,希望各位同学多多指出,先谢谢大家了
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