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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】二维材料k点的设置
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yashumimi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】二维材料k点的设置已有1人参与

今天在算k点不同对transiesta计算结果的影响
k点设置为
1 0 0
0 1 0
0 0 i
其中i为变量 我将其设为2－20

因为开始用1算了 出错

是个二维的结构 x方向有一定的宽度 没有周期性 加了真空层
y方向不变
z方向具有周期性

请问k点应该怎么设置才合理呢？

另外我更改k点后用tbtrans计算了I－V 同样的操作 两次
电流数量级有小幅度变化 趋势变化规律也不一样

这说明计算的结果不稳定么？
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1楼2010-11-05 22:18:18
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai(金币+3):谢谢广平兄答复！ 2010-11-09 20:29:56
yashumimi(金币+5):谢谢 2010-11-22 18:05:16
zzy870720z(金币+3):谢谢zhang兄指教 2010-11-22 18:39:08
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2010-11-09 10:09:46:



Dear Transiesta user:

        I have one question about the calculation of Transiesta. I am using Transiesta to calculate the transmission in nanowires. I am not sure about the optimizatio ...

对于scattering region一般是通过优化得到中间结构的。但是一旦做输运计算的时候，就不在考虑偏压下的几何结构变化了。因为这个问题Transiesta是处理不了的。再说即使处理得了，这个时间也是负担不起的。所以这个地方就有一个近似了。至于transiesta计算中输出的力，已经不再具有参考价值。不过听说atk-2010.8可以在偏压下进行几何结构的优化。具体的执行方法我不是很清楚，但是明确的告诉你，transiesta不能胜任这个工作。

所以在做输运的时候，要将MD.NumCGsteps 设置为0，也就是说所有的关于MD的选项不再使用了。
关于这个你可以到siesta自带的\Tests\transiesta目录下，查看一下所有的散射区输运计算的输入文件都是这样设置的。

关于这个我就知道这么写，如果有疑问，可以到siesta的mail_list上提问。
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弘德明志博学笃行
11楼2010-11-09 20:15:29
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haowenping

木虫 (著名写手)
我也想问下，对于石墨烯的K点怎么取啊！有知道的吗？
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人有多大胆，地有多大产！
2楼2010-11-05 22:37:18
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
mazuju028(金币+2):很详细。 2010-11-09 17:28:22
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2010-11-05 15:18:18:
今天在算k点不同对transiesta计算结果的影响
k点设置为
1 0 0
0 1 0
0 0 i
其中i为变量 我将其设为2－20

因为开始用1算了 出错

是个二维的结构 x方向有一定的宽度 没有周期性 加了真空层
y方向不变  ...

你把你的输入文件贴出来，高手可以用你的输入文件具体查看一下，有时候你只是这么一说很难排查。我也想知道这个问题的答案。
我一直感觉对于碳纳米管这种一维体系，k点设置如下就行：
%block kgrid_Monkhorst_Pack  
  1   0   0    0.0           
  0   1   0    0.0           
  0   0   6    0.0           
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack
其中第一二行都设置为1，因为这两个方向是没有周期性的。（碳管沿着z方向）。第三行是为了计算电极部分的碳管用的，对于碳管这种体系，可能这个地方需要的k点数目比较多。需要做一个收敛测试。但是对于输运计算的时候，第三行就没设么用了。只看第一二行。
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弘德明志博学笃行
3楼2010-11-08 09:40:28
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-11-08 09:40:28:

你把你的输入文件贴出来，高手可以用你的输入文件具体查看一下，有时候你只是这么一说很难排查。我也想知道这个问题的答案。
我一直感觉对于碳纳米管这种一维体系，k点设置如下就行：
%block kgrid_Monkhorst ...

恩 我的输入文件出了问题  所以现在k点就设置为
1 0 0
0 1 0
0 0 20
看输出文件 貌似也只有1＊1有用

我的输入文件的问题在于没有结构优化 。。。现在在结构优化中
面壁去。。
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4楼2010-11-08 13:56:48
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yashumimi

银虫 (小有名气)
等优化好了 我再做个测试。。。
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5楼2010-11-08 13:57:13
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yashumimi

银虫 (小有名气)
SystemName   
SystemLabel   

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   1    H
  2   6    C      
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.EnergyShift       50 meV

PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    DZP

                             
%block kgrid_Monkhorst_Pack  
  1   0   0    0.0           
  0   1   0    0.0           
  0   0   20    0.0           
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no
FixSpin               F
MeshCutoff                               300. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid


# SCF options

DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations       1000          # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM           T            # to use continuation files
DM.MixingWeight       0.02          # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay         6
DM.MixSCF1                               F
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect
SolutionMethod        Diagon         # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:
MD.VariableCell        F
MD.NumCGsteps          100           # Number of CG steps for coordinate optimization

%include POSITION.fdf

输入文件差不多就是这个样子的
有个问题用一个小的架构优化后supercell 力还是很大 只能再优化么 有没有好的办法提高优化速度

另外用siesta优化和transiesta优化的区别在哪里?
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6楼2010-11-08 14:25:10
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★
ym23(金币+2):感谢指导 2010-11-08 16:31:59
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2010-11-08 07:25:10:
SystemName   
SystemLabel   

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   1    H
  2   6    C      
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.EnergyShift       50 meV

PAO.BasisType    split   
     ...

两者只要编译参数一样，优化的结果是完全一样的。TranSiesta是包含了所有siesta功能的。另外我认为出错和你的结构优化不优化没有关系，你要注意在输运的时候各部分的设置都设置好。这个是关键。
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弘德明志博学笃行
7楼2010-11-08 15:15:05
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-11-08 15:15:05:

两者只要编译参数一样，优化的结果是完全一样的。TranSiesta是包含了所有siesta功能的。另外我认为出错和你的结构优化不优化没有关系，你要注意在输运的时候各部分的设置都设置好。这个是关键。

我的结构不优化 输运部分的值改变时 能量有相当大的变动 力也不收敛

用transista优化 很慢艾
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8楼2010-11-08 19:01:26
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
ym23(金币+1):感谢回答 2010-11-08 23:29:59
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2010-11-08 12:01:26:



我的结构不优化 输运部分的值改变时 能量有相当大的变动 力也不收敛

用transista优化 很慢艾

为什么做输运的时候还要优化体系，，不同偏压下，体系的几何结构是应该有一个响应的，但是transiesta目前处理不了这个问题。一旦做输运，就不要进行结合结构的优化了。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-11-8 at 12:50 ]
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弘德明志博学笃行
9楼2010-11-08 19:49:18
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-11-08 19:49:18:

为什么做输运的时候还要优化体系，，不同偏压下，体系的几何结构是应该有一个响应的，但是transiesta目前处理不了这个问题。一旦做输运，就不要进行结合结构的优化了。

[ Last edited by zhangguangping on ...

Dear Transiesta user:

        I have one question about the calculation of Transiesta. I am using Transiesta to calculate the transmission in nanowires. I am not sure about the optimization of the scattering region using

siesta or transiesta. Since  if I use siesta to optimize the scattering region, the results are not correct and if I use the Transiesta to optimize the scattering region, it can not converge . Could

anybody help me?



Thanks in advance.



Lihong


我觉得我和他遇到的问题是一样的 就是加上偏压后力变得很大
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10楼2010-11-09 17:09:46
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