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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】石墨烯吸附气体分子的优化问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by avast2009 at 2010-10-21 12:55:30:




理论计算就是这么回事的，很多文献上的都不能模拟，就是同一个人做了两次计算结果都会有误差的

哦，那这样岂不是结果不是很可信了？？？？
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11楼2010-10-21 14:45:32
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-10-21 13:06:29:
是不是原胞边上少了原子？如果是这样，很有可能是显示的问题（其实也不应该是问题），实际上没有任何问题。楼主可以将此超原胞周期拓延去显示，这样可能就会看到其实是显示上的原因。

周期拓延去显示是指supercell一下吗？我将该晶胞再此基础上扩展成2*2*1就能完整显示了。但是我就只建那么大小的，这样计算可以吗？不会影响计算结果吗？如果我要考出图形来分析岂不是不好看。
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12楼2010-10-21 15:00:29
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lfhuang

木虫 (著名写手)
xiadan99(金币+1): 2010-10-21 15:16:22
引用回帖:
Originally posted by xiadan99 at 2010-10-21 15:00:29:
周期拓延去显示是指supercell一下吗？我将该晶胞再此基础上扩展成2*2*1就能完整显示了。但是我就只建那么大小的，这样计算可以吗？不会影响计算结果吗？如果我要考出图形来分析岂不是不好看。

感觉您已经找到问题所在了。MS我没有用过，里面具体显示结构和计算结构的联系是怎么默认的我也不清楚，但是我想您是用这个软件的，应该会比较清楚显示和计算结构之间的关系。
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
13楼2010-10-21 15:10:18
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-10-21 15:10:18:

感觉您已经找到问题所在了。MS我没有用过，里面具体显示结构和计算结构的联系是怎么默认的我也不清楚，但是我想您是用这个软件的，应该会比较清楚显示和计算结构之间的关系。

我是新手，所以不是很了解。谢谢你大黄蜂
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14楼2010-10-21 15:17:22
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lfhuang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xiadan99 at 2010-10-21 15:17:22:
我是新手，所以不是很了解。谢谢你大黄蜂

呵呵，不客气。多看说明书，相信很多东西都能在里面找到答案。
祝：好运！
也谢谢您的金币！
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
15楼2010-10-21 15:42:20
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢，真空层的距离可以测试，不一定非得需要15A 2010-10-22 08:26:27
引用回帖:
Originally posted by xiadan99 at 2010-10-21 10:48:34:
请教一下：用单层石墨烯吸附CO分子，我先把石墨烯和CO分子分别优化过后，然后将CO分子复制粘贴到优化后的石墨烯表面进行吸附，但是石墨烯表面发生了很大的形变，就好像少了几个原子似的。请教一下这是什么原因啊， ...

你是用MS制作的POSCAR吗？如果是的话 你把POSCAR里第三个方向（z方向上）的晶包矢量加大，至少要15A以上 ，确保上下界面没有影响，太近了就会受到上层和下层石墨烯的作用
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
16楼2010-10-21 17:20:26
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-10-21 17:20:26:



你是用MS制作的POSCAR吗？如果是的话 你把POSCAR里第三个方向（z方向上）的晶包矢量加大，至少要15A以上 ，确保上下界面没有影响，太近了就会受到上层和下层石墨烯的作用

我的z方向的晶胞矢量是15A，这样不知道有没有影响，我在加大点试试，谢谢你的回复。
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17楼2010-10-21 18:51:33
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xiadan99

金虫 (小有名气)
mazuju028:POSCAR就是VASP输入文件之一啊，描述原子位置等信息。 2010-10-21 19:18:29
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-10-21 17:20:26:



你是用MS制作的POSCAR吗？如果是的话 你把POSCAR里第三个方向（z方向上）的晶包矢量加大，至少要15A以上 ，确保上下界面没有影响，太近了就会受到上层和下层石墨烯的作用

对了，弱弱的问一句POSCAR是什么意思啊？
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18楼2010-10-21 18:52:21
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
xiadan99(金币+1): 2010-10-23 19:48:54
引用回帖:
Originally posted by xiadan99 at 2010-10-21 18:52:21:

对了，弱弱的问一句POSCAR是什么意思啊？

我也不是很清楚   看看其他的文件名字比较一下 应该是就是“位置文件”的意思 position  car（各种文件都是car）  猜的 呵呵
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
19楼2010-10-21 22:09:20
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-22 08:26:45
xiadan99(金币+1): 2010-10-23 19:50:49
个人认为如果你要考虑单分子的吸附，2*2的单位确实太小了，这个时候分子与分子之间的作用都不可忽略。除非你考虑覆盖度的问题
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20楼2010-10-21 22:35:39
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