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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】石墨烯吸附气体分子的优化问题
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xiadan99

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】石墨烯吸附气体分子的优化问题

请教一下：用单层石墨烯吸附CO分子，我先把石墨烯和CO分子分别优化过后，然后将CO分子复制粘贴到优化后的石墨烯表面进行吸附，但是石墨烯表面发生了很大的形变，就好像少了几个原子似的。请教一下这是什么原因啊，有没有童鞋遇到过这种情况啊？怎么解决呢？望高手解答！
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1楼 2010-10-21 10:48:34
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lxj1989 at 2010-10-21 10:56:07:
华南师范大学的那本MS 基础教程里面应该有吸附CO的例子，石墨烯吸附氢气也有人能做过了，石墨烯吸附CO 也有人模拟过了。为什么你还选这个题目呢？

我是在模拟人家的工作，现在还处于学习软件的阶段，不过就是做不出人家的结果来
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4楼2010-10-21 11:01:38
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lxj1989 at 2010-10-21 10:57:27:
另外，在MS里面用石墨取单层来做石墨烯模型计算是不准确的。

那我应该怎么建模呢，还是MS根本就不能算单层石墨烯的吸附啊？能给我解释一下吗？先谢过啦
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5楼2010-10-21 11:03:51
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by goldenfisher at 2010-10-21 11:06:15:
你的构型貌似有点问题，另外，你选的2*2的模型太小了

你好，能帮我看看是哪儿不对吗？这是我优化后粘过来的图形，我也觉得不太对啊。2*2是我参照人家的文献建的，我看人家的石墨烯就挺完整的，我的就少了一部分。
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7楼2010-10-21 11:10:45
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by avast2009 at 2010-10-21 12:55:30:




理论计算就是这么回事的，很多文献上的都不能模拟，就是同一个人做了两次计算结果都会有误差的

哦，那这样岂不是结果不是很可信了？？？？
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11楼2010-10-21 14:45:32
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-10-21 13:06:29:
是不是原胞边上少了原子？如果是这样，很有可能是显示的问题（其实也不应该是问题），实际上没有任何问题。楼主可以将此超原胞周期拓延去显示，这样可能就会看到其实是显示上的原因。

周期拓延去显示是指supercell一下吗？我将该晶胞再此基础上扩展成2*2*1就能完整显示了。但是我就只建那么大小的，这样计算可以吗？不会影响计算结果吗？如果我要考出图形来分析岂不是不好看。
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12楼2010-10-21 15:00:29
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by lfhuang at 2010-10-21 15:10:18:

感觉您已经找到问题所在了。MS我没有用过，里面具体显示结构和计算结构的联系是怎么默认的我也不清楚，但是我想您是用这个软件的，应该会比较清楚显示和计算结构之间的关系。

我是新手，所以不是很了解。谢谢你大黄蜂
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14楼2010-10-21 15:17:22
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-10-21 17:20:26:



你是用MS制作的POSCAR吗？如果是的话 你把POSCAR里第三个方向（z方向上）的晶包矢量加大，至少要15A以上 ，确保上下界面没有影响，太近了就会受到上层和下层石墨烯的作用

我的z方向的晶胞矢量是15A，这样不知道有没有影响，我在加大点试试，谢谢你的回复。
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17楼2010-10-21 18:51:33
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xiadan99

金虫 (小有名气)
mazuju028:POSCAR就是VASP输入文件之一啊，描述原子位置等信息。 2010-10-21 19:18:29
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-10-21 17:20:26:



你是用MS制作的POSCAR吗？如果是的话 你把POSCAR里第三个方向（z方向上）的晶包矢量加大，至少要15A以上 ，确保上下界面没有影响，太近了就会受到上层和下层石墨烯的作用

对了，弱弱的问一句POSCAR是什么意思啊？
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18楼2010-10-21 18:52:21
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xiadan99

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 贺仪 at 2010-10-21 22:09:20:



我也不是很清楚   看看其他的文件名字比较一下 应该是就是“位置文件”的意思 position  car（各种文件都是car）  猜的 呵呵

恩，好的，谢谢！
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21楼2010-10-23 19:49:22
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