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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于序列分析
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coffee424907

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】关于序列分析

请教：我有一些感兴趣的序列（大约几十条），想跟特定物种的EST和核酸序列比对（大概有1万多条信息），有什么合适的软件或方法？

答“silicare:1万条是自己的还是在线数据库的”：
      是在线数据库的，就在NCBI里

[ Last edited by coffee424907 on 2010-10-20 at 14:58 ]
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1楼 2010-10-20 11:19:41
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yuyixst

木虫 (正式写手)
coffee424907(金币+1):多谢支持 2010-10-24 23:53:16
不用那么多序列的吧，把相似性比较高的序列剔除掉再算，可以用DNAstar计算
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11楼2010-10-24 17:08:42
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lxjwishes

银虫 (正式写手)
coffee424907(金币+3):多谢支持 2010-10-23 09:43:10
clustal X
Mega
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pleasemywings,flymeaway.
3楼2010-10-21 11:21:55
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coffee424907

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lxjwishes at 2010-10-21 11:21:55:
clustal X
Mega

我用Clustal X做了，貌似有点慢呢，1万多条序列的数据量大吗? 我一台配置不错的机器已经转了2、3天了，还没转出结果来
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4楼2010-10-23 09:41:39
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coffee424907

木虫 (著名写手)
silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
silicare:编辑内容 2010-10-23 10:21
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-10-21 11:12:58:
那就是BLAST了

BLAST可以限定只在某一物种上的序列进行吗？

[ Last edited by silicare on 2010-10-23 at 10:21 ]
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5楼2010-10-23 09:42:42
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