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zhangguangping木虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】有哪位高手能够在这儿给大家讲解一下siesta中如何通过simplex去优化基组！ 已有3人参与
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如题，在siesta的/Util/Optimizer目录下有一个代码叫simplex,它能够对体系优化基组，哪位高手在此给大家详细讲解一下他的原理和使用方法啊。里面自带的文档比较少，自己看起来比较费劲。 在此谢谢高手了! |
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 第一性原理和电化学 |
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2楼2010-10-14 08:40:36
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正如下面的帖子： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2485045&fpage=1 会发现，使用的基组会使结果影响较大。 使用程序给出的DZP参数产生的基组计算的结果不令人满意的话，就需要自己手动调整基组。调整基组的zeta数目和rc的大小。所以应该得到一个最优化的数值。但是自己凭空设想是不可能的。而程序自己产生的那个参数肯定不是一个最优化的参数。所以出来这个问题。 怎么样使用simplex来优化这个基组。 %block PAO.Basis H 1 n=1 0 2 P 1 5.471 3.953 1.000 1.000 %endblock PAO.Basis 上面的这个rc是使用DZP参数程序给出的结果。 我想在这个附近对这个四个参数进行优化一下，得到最好的结果。 想知道simplex使用的什么方法做这件事情的，还有就是具体怎么做去找到最优化的rc. 谢谢你的讨论。 [ Last edited by zhangguangping on 2010-10-14 at 11:58 ] |
3楼2010-10-14 09:39:25
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zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-10-14 10:07:09
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zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-10-14 10:07:09
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我知道你的问题了，因为我曾经也想针对不同的体系，优化具体原子轨道的rc 就我所知道的，以及看到simplex文件夹下给出的例子，参考其中的TEMPLATE输入文件，将其中要优化的rc，改成参数的形式$s_z1_rc_O之类的，然后再看另一个文件VARS，设置对应参数的取值范围，第三个输入文件就是PARAMS，这里面给出的应该是优化方法的参量，类似步长，判断收敛的标准之类，设置好输入文件后，修改run_script.sh脚本，SIESTA=$HOME/bin/siesta，类似这种执行文件的位置，name=$1应该是你执行该脚本时输入的任务名字吧，设置好后，直接执行simplex应该就可以运行了，当然如果是queuing-system，你需要写个提交脚本 至此，就是我的理解 |
4楼2010-10-14 10:03:25
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