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56017624金虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】求助分子对接
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我是做代谢产物活性研究的，现在有一个物质有不错的AChE酶抑制活性，现在想模拟一下这个物质和酶的可能作用位点。 从来没有做过分子模拟，下了很多软件，但是还是觉得无从下手。 所以想请各位高手帮帮忙，请仔细的指导一下，最适合用什么软件，除了酶的和那个抑制剂的分子式，还需要其他什么数据？ 先谢谢各位了！  期待的结果类似文章： Hopeahainol A：An Acetylcholinesterase inhibitor from Hopea hainanensis chemistry a european journal DoI: 10.1002/chem.200700960 [ Last edited by 56017624 on 2010-10-1 at 16:23 ] |
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kekexiliwolf
金虫 (正式写手)
小屁虫
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- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2010-10-01 13:22:26
56017624(金币+10):非常感谢！我先试试，如果有问题希望还可以请教您 2010-10-01 16:25:02
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用免费的AUTODOCK或者iGEMDOCK来对接就可以了 首先，你需要获得酶和抑制剂的3D结构。 1。酶的三级结构获取，直接在PDB数据库里下下来就可以 2。底物的3D结构，利用PRODRG或者CHEM3D画一个，保存成.pdb格式的文件就可以了，前者网站自己GOOGLE一下，CHEM3D小木虫里有下载的地方 3。对接位点的选择。看看你这个酶的对接位点是否有人报道过，比如SER102,MET111之类的(举个例子)。将对接的中心设成这些氨基酸，具体的操作因软件而异，如果你只是为了要个对接结果，推荐用更易上手的iGEMDOCK,台湾同胞编的，教程很详细。对对接软件的选择可以看一下我在论坛里的一个介绍帖：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2390004&fpage=1 4。对接结果的分析：看教程，与别人文献报道的结果进行比较 还有：抑制剂的具体分子式不用放出来，学术机密啊~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-10-1 at 14:28 ] |
3楼2010-10-01 14:27:11