| 查看: 599 | 回复: 2 | |||
56017624金虫 (小有名气)
|
[交流]
【求助】求助分子对接
|
|
我是做代谢产物活性研究的，现在有一个物质有不错的AChE酶抑制活性，现在想模拟一下这个物质和酶的可能作用位点。 从来没有做过分子模拟，下了很多软件，但是还是觉得无从下手。 所以想请各位高手帮帮忙，请仔细的指导一下，最适合用什么软件，除了酶的和那个抑制剂的分子式，还需要其他什么数据？ 先谢谢各位了！  期待的结果类似文章： Hopeahainol A：An Acetylcholinesterase inhibitor from Hopea hainanensis chemistry a european journal DoI: 10.1002/chem.200700960 [ Last edited by 56017624 on 2010-10-1 at 16:23 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
国自然评审意见
已经有8人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有12人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
kekexiliwolf
金虫 (正式写手)
小屁虫
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1152.3
- 散金: 16
- 红花: 1
- 沙发: 1
- 帖子: 533
- 在线: 160.6小时
- 虫号: 928533
- 注册: 2009-12-15
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
2楼2010-10-01 13:22:26
56017624(金币+10):非常感谢！我先试试，如果有问题希望还可以请教您 2010-10-01 16:25:02
|
用免费的AUTODOCK或者iGEMDOCK来对接就可以了 首先，你需要获得酶和抑制剂的3D结构。 1。酶的三级结构获取，直接在PDB数据库里下下来就可以 2。底物的3D结构，利用PRODRG或者CHEM3D画一个，保存成.pdb格式的文件就可以了，前者网站自己GOOGLE一下，CHEM3D小木虫里有下载的地方 3。对接位点的选择。看看你这个酶的对接位点是否有人报道过，比如SER102,MET111之类的(举个例子)。将对接的中心设成这些氨基酸，具体的操作因软件而异，如果你只是为了要个对接结果，推荐用更易上手的iGEMDOCK,台湾同胞编的，教程很详细。对对接软件的选择可以看一下我在论坛里的一个介绍帖：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2390004&fpage=1 4。对接结果的分析：看教程，与别人文献报道的结果进行比较 还有：抑制剂的具体分子式不用放出来，学术机密啊~ [ Last edited by zh1987hs on 2010-10-1 at 14:28 ] |
3楼2010-10-01 14:27:11
投票:
10