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【求助】请教：用MS构建表面吸附体系的坐标！吸附分子的坐标怎么调整？？
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诚心请教各位童鞋，大侠 ：） 我最近想做一下表面吸附问题的计算。但是这个结构的建立累死我了 ：（ 我看到很多做表面的，他们的吸附的分子（含3个原子的），分子跟表面之间的吸附并不是垂直的，是有个角度的，我怎么才能建立这种模型啊？？ 还有就是，如果是垂直的那种吸附，吸附的分子的坐标，真的只能按照教程里写的那样添加原子的房子把所有的原子的坐标一次一次的添加上去？ 有没有简单的方法？比如说，我先在MS里建立好表面的结构，然后把要吸附的分子整体添加进来之后，再用鼠标拖动分子，以改变分子相对表面的坐标，角度等？ 谢谢！！ |
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aylayl08
荣誉版主 (文坛精英)
至尊天蝎
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3楼2010-10-04 09:29:38
houfeifan
金虫 (小有名气)
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aylayl08(金币+2):谢谢解答。吸附分子在优化前有个大致位置就行，优化会自动调整。可以整体添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金币+5): 2010-11-09 06:45:27
aylayl08(金币+2):谢谢解答。吸附分子在优化前有个大致位置就行，优化会自动调整。可以整体添加分子，做fragment 2010-10-04 09:29:16
good-luck(金币+5): 2010-11-09 06:45:27
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可以整体添加吸附分子么？ 我觉得如果有文献的话，做相同的吸附问题，你可以根据文献的结果计算出每个原子的坐标，或者凑略的建好吸附模型之后，再相应的调整每个原子的位置，包括调整键长和键角。如果文献中没有报道过相关分子的吸附构型，我觉得可以试着让它垂直吸附，然后进行优化，优化完之后一般都会有一个倾斜角度的。我也刚开始做，仅仅提供参考。 |
2楼2010-10-04 09:05:16
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