应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta输入文件中赝势文件的作用？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3735  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

watermall

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta输入文件中赝势文件的作用？

最近要用siesta，但发现siesta输入文件关于描述原子的赝势有点不明白
例如在siesta home/Tests/graphite_c6_full 这个例子中，
输入文件为：
===============================
SystemLabel graphite_c6_full
NumberOfAtoms        4

NumberOfSpecies      1
%block ChemicalSpeciesLabel
    1   6 C.pbe
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PS.lmax
   C.pbe 2
%endblock PS.lmax

LatticeConstant 1.0 Ang
%block LatticeParameters
    2.4610    2.4610    6.7080   90.0000   90.0000  120.0000
%endblock LatticeParameters

AtomicCoordinatesFormat Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
    0.000000000    0.000000000    0.000000000     1
    0.000000000    0.000000000    0.500000000     1
    0.333333333    0.666666667    0.000000000     1
    0.666666667    0.333333333    0.500000000     1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MM.Cutoff 20.0 Ang
%block MM.Potentials
1 1 C6 15.19 1.56
%endblock MM.Potentials

XC.functional GGA
XC.authors PBE

PAO.EnergyShift  0.0025 Ry
PAO.SplitNorm    0.30
PAO.SplitNormH   0.50

PAO.SoftDefault true
PAO.SoftPotential 50.0 Ry
PAO.SoftInnerRadius 0.80

kgrid_cutoff 16.0 Ang

PAO.BasisSize TZ2P

ElectronicTemperature 0 K

%block GridCellSampling
0.5    0.5    0.5
%endblock GridCellSampling

DM.MixingWeight      0.30
DM.NumberPulay       5

MD.TypeofRun CG
MD.VariableCell true
MD.NumCGsteps 100
MD.MaxForceTol 0.01 eV/Ang
MD.MaxStressTol 200 bar

LongOutput true
UseSaveData true
=================================
既然已经在block ChemicalSpeciesLabel 中定义了 C的赝势，为啥后面还要给出
XC.functional GGA
XC.authors PBE
PAO.EnergyShift  0.0025 Ry
PAO.SplitNorm    0.30
PAO.SplitNormH   0.50
PAO.SoftDefault true
PAO.SoftPotential 50.0 Ry
PAO.SoftInnerRadius 0.80
PAO.BasisSize TZ2P
这么多基组的信息？

我以前用的是pwscf，用的是基于平面波的赝势，计算的时候，选择好要用的赝势，再选择合适的截断能量，就可以计算了。有点搞不明白siesta用赝势和基组的原理，不知道我的问题有没有问清楚，但还是希望有人能够帮忙解决下。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档 SIESTA

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-16 21:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
watermall(金币+1):谢谢参与
2楼的回答很详细，学习了。
赞一下(1人) 回复此楼
弘德明志博学笃行
5楼2010-09-18 09:25:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

linso

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
watermall(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-09-17 08:22:22
watermall(金币+10): 2010-09-17 13:31:12
以下纯粹是我的个人理解，如果有误还请不吝指正:-)
所有对问题的回答均以  ## --> 开头,  ##在fdf文件中是注释。


最近要用siesta，但发现siesta输入文件关于描述原子的赝势有点不明白
例如在siesta home/Tests/graphite_c6_full 这个例子中，
输入文件为：
===============================
SystemLabel graphite_c6_full
NumberOfAtoms        4

NumberOfSpecies      1
%block ChemicalSpeciesLabel
    1   6 C.pbe                              ##--> 程序将读取C.pbe.psf文件
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PS.lmax
   C.pbe 2                                    ##--> for C.pbe, max KB projector = 2
%endblock PS.lmax

LatticeConstant 1.0 Ang
%block LatticeParameters
    2.4610    2.4610    6.7080   90.0000   90.0000  120.0000
%endblock LatticeParameters

AtomicCoordinatesFormat Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
    0.000000000    0.000000000    0.000000000     1
    0.000000000    0.000000000    0.500000000     1
    0.333333333    0.666666667    0.000000000     1
    0.666666667    0.333333333    0.500000000     1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MM.Cutoff 20.0 Ang
%block MM.Potentials
1 1 C6 15.19 1.56                           ##--> Grimme type Van der Vaals经验修正的参数  !! attention,  Grimme type Van der Vaals经验修正 现在到了Version 3(DFTD3), siesta这里是version 2  
%endblock MM.Potentials

XC.functional GGA      
XC.authors PBE

PAO.EnergyShift  0.0025 Ry
PAO.SplitNorm    0.30
PAO.SplitNormH   0.50

PAO.SoftDefault true
PAO.SoftPotential 50.0 Ry
PAO.SoftInnerRadius 0.80

kgrid_cutoff 16.0 Ang

PAO.BasisSize TZ2P

ElectronicTemperature 0 K

%block GridCellSampling
0.5    0.5    0.5
%endblock GridCellSampling

DM.MixingWeight      0.30
DM.NumberPulay       5

MD.TypeofRun CG
MD.VariableCell true
MD.NumCGsteps 100
MD.MaxForceTol 0.01 eV/Ang
MD.MaxStressTol 200 bar

LongOutput true
UseSaveData true
=================================
既然已经在block ChemicalSpeciesLabel 中定义了 C的赝势，为啥后面还要给出
XC.functional GGA               ##--> 即使赝势是LDA的, 这里也可以指定为GGA,程序此时程序使用GGA进行计算，但使用LDA的赝势， 不对应对不对， 呵呵， siesta  从赝势文件中读取生成赝势的functional 类型后不一定以后用那种类型，缺省是LDA, 我的意思是， 即使是GGA赝势文件，如果这里不设的话，程序会用LDA function 计算，但使用的是GGA赝势(嗨，说得很拗口，不知你能理解这些话不，如果你看原代码得话，倒是很快能理解)
XC.authors PBE                 ##--> 原因同上， 缺省LDA的XC.authors 是PZ
                                         ##--> 如果赝势和程序中使用的functional 不对应， 输出中应该有类似 "WARNING: Pseudopotential generated with" 的
PAO.EnergyShift  0.0025 Ry     ##--> 这些参数都是用来
PAO.SplitNorm    0.30              ##--> 调整basis set的，可以控制basis的形状和 用于spilt 位置
PAO.SplitNormH   0.50             ##--> basis set 优化，
PAO.SoftDefault true               ##--> 详见 siesta 07年的workshop
PAO.SoftPotential 50.0 Ry        ##--> siesta\workshop\18-22 June 2007\19 June\Bases.pdf
PAO.SoftInnerRadius 0.80         ##--> 和
PAO.BasisSize TZ2P                  ##--> siesta\workshop\18-22 June 2007\19 June\BasisOptimization.pdf
这么多基组的信息？

我以前用的是pwscf，用的是基于平面波的赝势，计算的时候，选择好要用的赝势，再选择合适的截断能量，就可以计算了。
##--> 在siesta 中不一定， basis set和赝势都要optimise才会有很好的结果（一般定性结果的话，不优化是没问题的）
其中赝势影响小，basis set影响大。截断能量是kgrid_cutoff 或MeshCutoff，用来控制grid的密度， 这个cutoff 与pwscf 中ecutrho, ecutrho 或 ecutwfc相比，算是有类似关系， pwscf 的ecut{rho|wfc} 是控制kinetic energy 截尾的，也就是波函数\psi = \sum C_{k+G} | k+ G >,  (K+G)^2 <=  ecutwfc，siesta 的kgrid_cutoff 或MeshCutoff,用来控制R空间的格点密度，\delta X = 2 \pi / MeshCutoff

有点搞不明白siesta用赝势和基组的原理，
##--> siesta 的赝势是NC(normal conservation， 没有pwscf的uspp和gipaw), 一般用TM型(actually, Improved Troullier-Martins， siesta没有pwscf的RRKJ型)
##--> 基组basis set是NAO(numerical atomic orbital), 简单的说就是多个原子波叠加， 每一个L（角动量）可以有多个orbital, TZ2P 是每个占据L是3个orbital，外加Lmax+1 的2个orbital
以Ar[1s2 2S2 2P6 3S2 3P6 ] 原子为例， 价电子层是 3S2 3P6， 那么
TZDP 是 S(l=0, m=1), 3*1个； P(l=1, Lmax, m=-1,0,+1), 3*3个 ， D(l=2, Lmax+1, Polarise   orbital, m=-2,-1,0,1,2 ) 2*5个， 共 3+9+10 =22
对于你的C.pbe ， 以及 NumberOfAtoms        4
则是( 3*1+3*3+2*5 ) *4 共 88 orbital

不知道我的问题有没有问清楚，但还是希望有人能够帮忙解决下。
##--> 不知道我说清楚了没有，如果有错误还请不吝指正。

[ Last edited by linso on 2010-9-17 at 07:21 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-09-17 00:43:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifmc1234

木虫 (著名写手)
★
watermall(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by linso at 2010-09-17 00:43:04:
以下纯粹是我的个人理解，如果有误还请不吝指正:-)
所有对问题的回答均以  ## --> 开头,  ##在fdf文件中是注释。


最近要用siesta，但发现siesta输入文件关于描述原子的赝势有点不明白
例如在siesta hom ...

楼上的说的很细
回复此楼
4楼2010-09-17 21:03:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

byin

铜虫 (正式写手)
★
watermall(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
337218楼: Originally posted by linso at 2010-09-17 00:43:04:
以下纯粹是我的个人理解，如果有误还请不吝指正:-)
所有对问题的回答均以  ## --> 开头,  ##在fdf文件中是注释。


最近要用siesta，但发现siesta输入文件关于描述原子的赝势有点不明白
例如在siesta hom ...

LDA计算使用GGA的赝势，这个该怎么理解？

难道是核电子用GGA，价电子用LDA？
赞一下 回复此楼
6楼2012-05-03 12:01:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 309求调剂 +12 呆菇不是戴夫 2026-04-02 12/600 2026-04-03 07:35 by jsw79
[考研] 085600材料与化工调剂 +20 kikiki7 2026-03-30 20/1000 2026-04-03 01:19 by BruceLiu320
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +11 cdyw 2026-04-02 11/550 2026-04-02 23:06 by 马儿快快地跑
[考研] 302求调剂一志愿华中师范大学 +7 小江小江江江 2026-04-02 7/350 2026-04-02 21:48 by macy2011
[考研] 296求调剂 +4 sdhu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by baoball
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业 +6 what张 2026-04-01 7/350 2026-04-02 16:48 by zzsw+
[考研] 286分调剂 +20 Faune 2026-03-30 22/1100 2026-04-02 13:24 by clyblh
[考研] 材料化工340求调剂 +5 jhx777 2026-03-30 5/250 2026-04-02 12:45 by smileboy2006
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:17 by olim
[考研] 一志愿北京科技，085601总分305求调剂 +9 半生瓜！ 2026-04-01 11/550 2026-04-02 08:28 by Wang200018
[考研] 0817化工学硕调剂 +11 努力上岸中！ 2026-03-31 11/550 2026-04-01 20:30 by 赖春艳
[考研] 283求调剂 +9 A child 2026-03-28 9/450 2026-04-01 14:20 by Jaylen.
[考研] 318求调剂 +8 七忆77 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:37 by Jaylen.
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +9 akdhjs 2026-03-31 10/500 2026-03-31 17:14 by zhyzzh
[考研] 求调剂 +8 11ggg 2026-03-30 8/400 2026-03-31 13:56 by nanaliuyun
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 297 地理学070500 复试求调剂 +3 小圆圈圈ooo 2026-03-30 3/150 2026-03-30 21:05 by 余震yz
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 调剂 +3 李嘉图·S·路 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:19 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭