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cnlics

木虫 (小有名气)

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[交流] 【原创】从头建模和从头计算已有6人参与

“从头”这个名词，学化学的人更熟悉，量子化学、量子力学中，利用薛定谔方程解析波函数，进而计算原子、分子的能量状态分布，是十分常见行为，这对于研究蛋白质结构的人来说，实在是太有诱惑力了，因为很显然地，如果能计算出蛋白质结构，从实用性这一点来说，谁计算得多，意味着谁就能发现、拥有更多的药靶。但受限于目前的计算能力，对蛋白质或者较大的肽段进行波函数计算需要的时间非常长，在实际工作中要做大量简化，引入分子动力学方法，使得计算蛋白质结构成为可能，随着计算机计算的进步，蛋白质结构计算方法也会一直进化着。

“从头”这个词对应的拉丁语翻译为ab initio，当然，也可以是更为粗略的理解，比如理解为de novo。对于精细的化学计算方法，学生物的一般会感觉头疼的，米氏方程已经是生化中相当复杂的公式了，多变量方程中，系数的拟合、参数求解会难到一大批学生物的。我把以前整理的东西发出来，可能会加上一些说明，希望纯粹学生物的人能理解，更希望能利用现成的一些工具实现自己的目的，也因为此，帖子就不放在“分子模拟”目录下了，希望能起到抛砖引玉的作用。

内容提要：

第一部分  蛋白质结构与分子建模
第二部分  蛋白质结构建模基础
第三部分  从头预测方法
第四部分  Rosetta方法
第五部分  从头计算

[ Last edited by cnlics on 2010-9-16 at 15:23 ]

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