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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】atk中双电极求出中间分子的态密度方法
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】atk中双电极求出中间分子的态密度方法

atk的2008.10版本中计算态密度时，所得到的态密度是电极与分子的态密度。我想在这个双电极系统中得到中间分子的态密度，有什么方法吗？
第一个：求出PDOS，这个atk中没有求PDOS的，在官网论坛上有人分享了代码，说是可以求出PDOS，忘有人能够分享一下，非常感谢。
第二个：有个方法是求出电极与分子的总的态密度，然后单独计算没有分子的电极的态密度，将两个态密度相减得出中间分子的态密度。这个方法的可信度是多少？ 分子与电极耦合后的态密度是两个单独的态密度的叠加吗？ 或是说可以认为是线性叠加，只是中间差一个系数，类似于A=aX+bY这样的线性形式。有篇文章jcp的上面写着The DOS here is the difference between the DOSs of two-electrode system with and without the molecule core in between。  这个是文章JChemPhys_129_094702。
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1楼 2010-09-12 16:37:46
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
kaypu(金币+2):怎么样展宽成平滑的态密度？ 这个projected_hamiltonian_eigenstates，计算出来的不就是中间分子的能级，是以图的形式出来的就是那种homo轨道图，如何展宽成态密度呀 2010-09-12 19:55:22
zzy870720z(金币+1):谢谢指教 2010-09-13 08:11:26
引用回帖:
Originally posted by kaypu at 2010-09-12 09:37:46:
atk的2008.10版本中计算态密度时，所得到的态密度是电极与分子的态密度。我想在这个双电极系统中得到中间分子的态密度，有什么方法吗？
第一个：求出PDOS，这个atk中没有求PDOS的，在官网论坛上有人分享了代码， ...

这个akt-2008.10好像实现不了。不过你可以先计算一下projected_hamiltonian_eigenstates，然后自己展宽成比较平滑的态密度就行了。只不过这个展宽是有任意性的。这个也可以说明问题。
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弘德明志博学笃行
2楼2010-09-12 17:34:54
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-09-12 10:34:54:

这个akt-2008.10好像实现不了。不过你可以先计算一下projected_hamiltonian_eigenstates，然后自己展宽成比较平滑的态密度就行了。只不过这个展宽是有任意性的。这个也可以说明问题。

这个需要自己编写程序实现吧。可以用高斯展宽或者洛伦兹展宽。不过我没有编写过。不过你可以借鉴一下siesta里面有一个eig2dos的代码，你先把你的本征值写成siesta的*EIG输出文件的格式，然后就可以实现了。
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弘德明志博学笃行
3楼2010-09-13 08:55:10
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