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wo8165827

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[交流] 【求助】帮忙VASP写个小程序已有4人参与

用Linux帮忙VASP写个小程序，

要求：
1 查找到某一目录下文件夹中的OZSICAR
2 提取OZSICAR中最后一个E0的数据，如提取“ E0= -.73812181E+01” （OZSICAR中有很多E0）
3 将提取的E0数据放到一个文件下"log"

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计算的魅力

1楼 2010-09-11 15:50:16

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wangle_xq

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★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wo8165827(金币+5):辛苦了。 2010-09-13 13:51:08
aylayl08(金币+2):good 2010-09-15 15:46:28

引用回帖:

Originally posted by wo8165827 at 2010-09-13 11:12:46:

谢谢您的提示。
这是我的run.sh文件内容：

#!/bin/bash
grep "E0=" */OSZICAR | tail -1 | awk '{print $6}' >>log

我要提取E0的文件夹很多如：
[img]http://pic.muchong.com/201 ...

实在是不好解释，给你列出个例子，你看看吧。

CODE:

#:~/test$ cat AgCu/OSZICAR 

 reading files

 WARNING: wrap around errors must be expected

 entering main loop

      N     E                dE          d eps    ncg  rms     rms(c)

CG :  1   -.13238703E+04   -.132E+04   -.934E+02  56  .28E+02

CG :  2   -.13391360E+04   -.152E+02   -.982E+01  82  .54E+01

CG :  3   -.13397892E+04   -.653E+00   -.553E+00  72  .13E+01  .14E+00

CG :  4   -.13400939E+04   -.304E+00   -.287E+00  84  .48E+00  .39E-01

CG :  5   -.13401306E+04   -.366E-01   -.322E-01  69  .35E+00  .17E-01

CG :  6   -.13401489E+04   -.183E-01   -.169E-01  75  .74E-01  .66E-02

CG :  7   -.13401516E+04   -.267E-02   -.250E-02  68  .47E-01  .37E-02

CG :  8   -.13401522E+04   -.567E-03   -.489E-03  53  .15E-01  .90E-03

   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

.......

.......

   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

#:~/test$ ls *

AgAG:

OSZICAR

AgAu:

OSZICAR

AgCu:

OSZICAR

#:~/test$ grep "E0=" */OSZICAR

AgAG/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAG/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAu/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAu/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgCu/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgCu/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

请注意这里的OSZICAR，我OSZICAR中都是含有两行能量输出值的。由于你的计算不知道在什么时候截止。所以在查找关键字的时候会出现上述重复的现象。而之前给出的命令，运行得到的结果如下。

CODE:

#:~/test$ grep "E0=" */OSZICAR | tail -1 | awk '{print $4}' 

-.13401522E+04

#:~/test$ grep "E0=" */OSZICAR | tail -1 | awk '{print $5}' 

E0=

#:~/test$ grep "E0=" */OSZICAR | tail -1 | awk '{print $6}' 

-.13397340E+04

为了比较，列出了3个字段的运行结果。估计现在能明白字段的含义了。这里解释一下楼上给出的tail -1我当时没有细想，现在想来这个语句是不适用的。采用以下语句重复出现同一文件中的能量值。

CODE:

#:~/test$ grep "E0=" */OSZICAR

AgAG/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAG/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAu/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgAu/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgCu/OSZICAR:   1 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

AgCu/OSZICAR:   2 F= -.13401522E+04 E0= -.13397340E+04  d E = -.13402E+04

据我查看到的OSZICAR的内容，最后一行就是最终能量输出值，除非计算中途停止。若你可以保证计算均得到了正确的结果，可使用以下代码查看。（由于不同系统的Shell命令定义少有差别，我的代码是在Ubuntu的Bash下测试的。）

CODE:

#!/bin/sh

 if [ -f log ]; then rm log; fi;

for subfolder in $(ls)

do

  if [ -d $subfolder ]

   then

     echo -n $subfolder"\t" >> log

     tail --line=1 $subfolder/OSZICAR | awk '{print $5}' >> log

  fi

done