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gaottgougou

金虫 (小有名气)


[资源] 【分享】将ELFCAR、CHGCAR转化成MS阅读可读的fortran代码

在程序中只要修改读取格式就能转换不同的vasp生成文件(ELFCAR或CHGCAR)
http://d.namipan.com/d/chgcar2gr ... 23622d46c678c080000

[ Last edited by zzy870720z on 2010-9-9 at 20:32 ]

youzhizhe版主补充本地下载[ Last edited by youzhizhe on 2011-10-6 at 22:49 ]
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想问一下打开Tool bar后有个图标field distribution是什么意思
17楼2010-09-16 09:00:46
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fjlanx2

铜虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

链接失效,有没有人说一下怎么用这个程序啊
48楼2012-04-12 12:52:28
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zugulitang

金虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

各位大侠,有谁能说下怎么用不?vasp计算的CHGCAR能转化吗
22楼2010-11-02 21:38:34
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普通回帖

xh512

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢。太好了
2楼2010-09-10 08:01:19
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hookah

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

应该推荐一阿!
4楼2010-09-10 17:09:10
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问怎么用啊,我编译后在有CHGCAR的文件夹里运行出错啊
5楼2010-09-10 17:23:33
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★★★ 三星级,支持鼓励

为什么不传递一个参数,用来分别处理ELFCAR和CHGCAR?

或者设置一个开关?

修改以下格式怎么修改呢?先去读读你的程序再说。呵呵
6楼2010-09-10 19:26:01
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gaottgougou

金虫 (小有名气)



zzy870720z(金币+1):谢谢补充 2010-09-11 14:55:33
引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-09-10 17:23:33:
请问怎么用啊,我编译后在有CHGCAR的文件夹里运行出错啊

源程序是操作ELFCAR的,如果是操作CHGCAR需要改一下程序
将第一个变量“vasp_form = '(10(1X,E11.5))'”改为“vasp_form = '(6(1X,E17.11))'”
将 “OPEN(unit=16,file='ELFCAR')”改为 “OPEN(unit=16,file='CHGCAR')”
7楼2010-09-11 13:07:59
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gaottgougou

金虫 (小有名气)



zzy870720z(金币+1):辛苦了,呵呵 2010-09-11 14:55:51
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-09-10 19:26:01:
为什么不传递一个参数,用来分别处理ELFCAR和CHGCAR?

或者设置一个开关?

修改以下格式怎么修改呢?先去读读你的程序再说。呵呵

哈哈,当时没想得这么周全。这个程序的初衷并不是要做电荷密度的,它只是为了用MS作差分电荷密度和离化电荷密度而做的一个前期准备。程序很简单,有接触过fortran的都能编的。至于处理ELFCAR和CHGCAR,如果大家看一下vasp的输出就会发现两个文件的格式是一样的,包括对电荷密度表述方式也很相似,唯一的差别在于每一行记录的浮点数值的个数不同,前者为10个后者为5个,所以我们编的那个小代码只要改一下读入格式及读入文件的名字就可以分别操作ELFCAR或CHGCAR(如上贴所述)
8楼2010-09-11 13:17:22
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实际上ELFCAR和CHGCAR是有差别的。在两点上:
(1)网格划分的控制参数不同。CHGCAR是NGXF*NGYF*NGZF;ELGCAR是NGX*NGY*NGZ.
(2)每个数字的格式不同。

另外,你的程序中这段:
IF(NSPIN==1) THEN
     ALLOCATE(work1(nx,ny,nz))
     READ(16,vasp_form) (((work1(i,j,k),i=1,nx),j=1,ny),k=1,nz)
     WRITE(15,dmol_form) (((work1(i,j,k),i=1,nx),j=1,ny),k=1,nz)
     DEALLOCATE(work1)
  ELSE
     ALLOCATE(work1(nx,ny,nz),work2(nx,ny,nz))
     READ(16,vasp_form) (((work1(i,j,k),i=1,nx),j=1,ny),k=1,nz)
     READ(16,*)
     READ(16,vasp_form) (((work2(i,j,k),i=1,nx),j=1,ny),k=1,nz)
     work1=work1-work2
     WRITE(15,dmol_form) (((work1(i,j,k),i=1,nx),j=1,ny),k=1,nz)   
  DEALLOCATE(work1,work2)
  END IF

从红色部分看,如果是考虑自旋(NSPIN=2)的话,你只给出了部分结果。
请问ELFCAR或者CHGCAR中自旋结果是不是这样给出的:
第一部分:total(spin up + spin down)
第二部分:spin up or spin down.
你用减法来处理是得到单纯上旋结果?

[ Last edited by cenwanglai on 2010-9-12 at 11:22 ]
9楼2010-09-12 10:45:01
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gaottgougou

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-09-12 10:45:01:
实际上ELFCAR和CHGCAR是有差别的。在两点上:
(1)网格划分的控制参数不同。CHGCAR是NGXF*NGYF*NGZF;ELGCAR是NGX*NGY*NGZ.
(2)每个数字的格式不同。

另外,你的程序中这段:
IF(NSPIN==1) THEN
     ALLO ...

不好意思,这部分当时只是随便做了标记,因为我们主要的目的是做bongding charge dencity 和 ionic ...,我们的程序在spin=2是给出的结果是没有意义的。

还有,做CHGCAR时,“vasp_form = '(5(1X,E17.11))'”而非“vasp_form = '(6(1X,E17.11))'” 这是我在对sunyang1988 的回答中的错误。

我再次为我的不严谨道歉,我将在两到三天内矫正代码并上传。

在考虑自旋极化时,CHGCAR的两组关于电荷的数据分别表示:up+down和up-down
10楼2010-09-12 17:09:53
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gaottgougou

金虫 (小有名气)


对于CHGCAR和ELFCAR的不同
网格划分的参数我们是从CHGCAR中读取,而对于格式的不同,在代码中有定义各式变量:ELFCAR用vasp_form = '(10(1X,E11.5)),CHGCAR用vasp_form = '(5(1X,E11.5))
11楼2010-09-12 17:12:26
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这个生成文件vasp.grd用什么打开啊,我用MS打开漆黑一片什么都没有
13楼2010-09-14 11:13:29
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gaottgougou

金虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by sunyang1988 at 2010-09-14 11:13:29:
这个生成文件vasp.grd用什么打开啊,我用MS打开漆黑一片什么都没有

先用MS单开你的结构文件,然后通过“Edit”中的“Insert From”导入".grd"文件。在“View”的“Toolbars”中有一个“Volume Visualization”选项,将其选中。这样在MS的快捷菜单了就会出现切面的选项,切一个面然后调整切面到你想要的情况。(面的移动,旋转等操作与MS对原子的操作相同)
当让,你还可以得到立体的图像。导入“.grd”文件后,在“Display Style”里有一组“Field”(与Atom,Lattice等并列)设置,在其中选择“visiable”,这是右键点击MS的3D界面就会出现与“Display Style”并列的等高线调整选项,选中它然后调整得到你喜欢的图样
14楼2010-09-14 16:39:19
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gaottgougou

金虫 (小有名气)


先用MS打开你的结构文件,然后通过“Edit”中的“Insert From”导入".grd"文件。在“View”的“Toolbars”中有一个“Volume Visualization”选项,将其选中。这样在MS的快捷菜单里就会出现切面的选项,切一个面然后调整切面到你想要的情况。(面的移动,旋转等操作与MS对原子的操作相同)
当然,你还可以得到立体的图像。导入“.grd”文件后,在“Display Style”里有一组“Field”(与Atom,Lattice等并列)设置,在其中选择“visiable”,这时右键点击MS的3D界面就会出现与“Display Style”并列的等高线调整选项,选中它然后调整得到你喜欢的图样
15楼2010-09-14 16:52:09
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gaottgougou

金虫 (小有名气)


完整的CHGCAR转化程序

http://www.namipan.com/d/chgcar2 ... e442e27594b330e0000

程序既考虑了VASP的版本,也考虑了spin=1和spin=2的情况。请大家多指正批评,欢迎交流。
16楼2010-09-15 16:59:51
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gswylq

木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

确实是好东西,可是我在Linux下用ifort -o charggrid charg*.f却没有变成可执行文件
18楼2010-09-19 21:25:43
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gloomy2004

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

留记号, 改天来学。
19楼2010-10-04 11:53:35
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augusta810

新虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主,非常实用
20楼2010-10-24 11:38:19
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zzd_beyond

金虫 (小有名气)


★ 一星级,一般

辛苦了,真的很好
21楼2010-10-31 08:41:05
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xiaozhigang

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

辛苦了,很好
24楼2010-12-16 16:58:50
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yy1980

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

这么好的东西,怎么下载不下来呢,那位大虾有,可以传给我一份吗,非常感谢,我的邮箱是:yanyan1110@126.com
25楼2011-04-14 16:01:48
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haowenping

木虫 (著名写手)


我急切的需要一份,但是我却下载不下来,能否传一份给我,我的邮箱是hwp22651304@163.com,很希望楼主传一下!谢谢!!!
26楼2011-04-14 16:34:44
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主能否传我一份
1509773513@qq.com
27楼2011-05-17 11:55:20
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maliangcai

金虫 (小有名气)


★★★ 三星级,支持鼓励

引用回帖:
Originally posted by gaottgougou at 2010-09-15 16:59:51:
http://www.namipan.com/d/chgcar2 ... e442e27594b330e0000

程序既考虑了VASP的版本,也考虑了spin=1和spin=2的情况。请大家多指正批评,欢迎交流。

也给我一份吧 谢谢
maliangcai@126.com
28楼2011-05-20 11:26:40
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dazao

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主修改后的完整版貌似在纳米盘上下不了了。
如果楼主或者其他有完整版的兄弟看到我的留言,麻烦您发这个程序到liuzhixiao@gmail.com
谢谢!
29楼2011-05-31 10:43:05
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帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《第一性原理计算资源总汇
30楼2011-08-31 16:08:02
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rik203

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

好东西,值得分享
31楼2011-09-03 11:18:18
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ly0708

木虫 (小有名气)


★ 一星级,一般

链接失效,希望楼主重新发附件,及其感谢~~
32楼2011-09-16 14:57:06
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luding861011

木虫 (初入文坛)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

米人下不了 从新上传一下吧   或者发到我的邮箱luding861011@163.com  不胜感激
33楼2011-09-19 21:06:20
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★★★ 三星级,支持鼓励

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 3q 2011-10-07 08:05:59
引用回帖:
33楼: Originally posted by luding861011 at 2011-09-19 21:06:20:
米人下不了 从新上传一下吧   或者发到我的邮箱luding861011@163.com  不胜感激

已补充本地下载。
34楼2011-10-06 22:50:05
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CXC_小草

银虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
7楼: Originally posted by gaottgougou at 2010-09-11 13:07:59:
源程序是操作ELFCAR的,如果是操作CHGCAR需要改一下程序
将第一个变量“vasp_form = '(10(1X,E11.5))'”改为“vasp_form = '(6(1X,E17.11))'”
将 “OPEN(unit=16,file='ELFCAR')”改为 “OPEN(unit=16,fil ...

下载了这个3.5kb大小的程序代码文件后需要怎么操作呢?不会,求指教!
35楼2011-10-14 09:10:32
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hookah

木虫 (正式写手)


送鲜花一朵
代码已经有了, 不过还是鼓励一下楼主一!
41楼2012-03-11 14:47:42
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galiha

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

先感谢,下下来看看~
45楼2012-04-07 15:10:54
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chengliping

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
117548楼: Originally posted by gaottgougou at 2010-09-09 20:03:30:
在程序中只要修改读取格式就能转换不同的vasp生成文件(ELFCAR或CHGCAR)
http://d.namipan.com/d/chgcar2grd.f90/062427462944a3aed0836dda553d223622d46c678c080000

youzhizhe版主补充本地下载chgcar2grd111 ...

请问一下出现以下错误是怎么回事啊?初步学习了一下fortran,转换出错了不知道怎么回事,希望给指点一下。


47楼2012-04-11 11:05:32
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