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dndxwoaini

新虫 (小有名气)

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求quantum-espresso使用方法

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1楼2010-09-09 19:00:33

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gkf高

木虫 (著名写手)

世界和平

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贺仪: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-04-04 23:18:54

linux下安装PWscf软件
quantum-espresso（原先叫pwscf）十分容易安装，至少比同类的CPMD, cp2k容易多了，作为一个后起之秀，解决了很多前一代软件安装上的问题。

首先我假定你有一台AMD多核（4核或6核）的台式机，i7-6核更好；当然最好的是1280核的cluster神码的；其次，必须装Linux, 没听说过在windows下跑quantum-espresso的，就像火车必须上火车道。火车不是不能在大马路上跑，只是那样不叫一个事儿；如果你不会Linux操作，现学，单机装Ubuntu，上手很快的；如果你从来没装过，马上请周围懂Linux的朋友20分钟即可装好Ubuntu，再学一些基本命令行操作；千万不能被一些本来很容易办到的事情吓住，对吧。

安装过程大致是这样的，1.下载；2.解压；3.编译；4.测试一步一步来，没有搞不成的；

1.下载这里我教个更简单的下载方法，打开Ubuntu linux命令行终端窗口terminal，

在Linux 命令提示符$或>后面输入：
$wget http://qe-forge.org/fr ... -4.3.2.tar.gz
$wget http://qe-forge.org/fr ... amples.tar.gz

如果提示找不到wget那就先安装wget和curl。 Ubuntu Linux下:
$ sudo apt-get install wget
$ sudo apt-get install curl (运行测试会用到)

注意你打开终端窗口以后，当前目录为/home/xxxx xxxx为你的用户名。

2. 解压下载完后，输入：
$ tar zxfv espresso-4.3.2.tar.gz
$ tar zxfv espresso-4.3.2-examples.tar.gz

解压完成后会生成一个espresso-4.3.2的目录，
进入 $ cd espresso-4.3.2 3.

串行编译

编译前先安装gfortran
$ sudo apt-get install build-essential gcc gfortran

然后自动配置 $ ./configure
然后编译 $ make all （出去溜达10分钟,再洗个澡，换件衣服）

然后就会在当前目录下生成一个bin目录，里面就是所有编译好的可执行文件，全部以.x结尾；
你要执行它们，以pw.x为例，一般是：
$ /home/xxxx/espresso-4.3.2/bin/pw.x < input.file > output.file
(把input.file/output.file换成你的实际的输入输出文件名；)

为了不用每次都输入pw.x前面的绝对路径，可以把这个路径加入到环境配置文件.bashrc中； .bashrc文件在用户根目录 “/home/xxxx”下面； $cd 就回到了；

$ gedit .bashrc 在最下面加入一行 export PATH=$PATH:/home/xxxx/espresso-4.3.2/bin 保存关闭，然后source一下生效（每次开机会自动source，无须再次source）
$ source .bashrc

配置好路径后，每次调用pw.x直接 $ pw.x < input > output 即可

4. 测试

$ cd espresso-4.3.2/tests $ ./check-pw.x.j

这个用来测试是否全部功能正常，注意出错提示；一般来说，只要常用的pw.x ph.x功能正常，或者你用的功能正常就好；用不到功能出错，没必要去折腾；运行全部examples $ cd .. 回到espresso-4.3.2下 $ cd examples $ ./run_all_examples

5. 并行编译

先安装并行编译器和并行编译库openmpi, 最简单的方法是打开Ubuntu的软件中心，搜索openmpi然后点install会自动配置好的，超级easy；

否则手动 $ sudo apt-get install openmpi-bin 然后
$ ./configure $ make all

如果没有错误，完成后在bin下得到并行版的pw.x等可执行文件；

注意这样会覆盖掉之前安装的串行版的pwscf；

执行的话，一般是(假如用4个核来跑) $ mpirun -np 4 pw.x < input > output 效率大大提高！如果你在干净的Ubuntu Linux下按照上述步骤，一般不会出错；这得益于quantum espresso强大的自动配置 ./configure 会自动检测当前是否有并行环境，是否安装了数学库lapack, FFT，如果没找到，就自动调用自带的库（下载的压缩文件中自动包含了！）如果你安装了intel编译器，反而会更麻烦一些，因为openmpi自动与Ubuntu自带的gfortran结合，而不与intel的ifort结合，导致intel并行编译出错；欲用openmpi+intel ifort/MKL，那就的卸掉openmpi，然后手动重新编译intel版的openmpi，折腾。

并行版的测试与串行版类似，唯一不同点是运行./check-pw.x.j 和 ./run_all_examples之前，修改 espresso-4.3.2/examples目录下面的environment_variables文件，把 #PARA_PREFIX="mpirun -np 2" PARA_PREFIX="" 修改成 PARA_PREFIX="mpirun -np 2" #PARA_PREFIX="" 把2换成你要并行的核数，比如4。如果在configure或make all的过程出错，这个很正常，也很难预料是什么样的错误，那你可以来这里报告，或者去maillist上搜搜解决方法。一般你遇到的问题，都是别人遇到过上百次的；