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【求助】MD、quech、Anneal有什么区别已有1人参与
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| 最近在用分子动力学，不知道MD、quech、Anneal有什么区别 ，可以得到什么不同的信息？ |
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我在别的地方找到的，引用一下： 我咨询过创腾的工程师，Quench的大概原理是这样（不知道理解和描述是否准确）：让体系在设定温度下运动设定长的时间，然后快速降温至0K。也就是冻结高温下的分子状态，目的是寻找更低能量的构象。分子在低温下运动，由于局部能垒的存在，一般不能寻找到全局最低能量的构象。让分子在高温运动，体系的热能可以使分子越过能垒，寻找到能量最低的构象。 Aneal：即退火，从帮助文件可以看出，设定几个升温、降温的循环，每次循环中温度是按一定步长升高或降低，这样做是为了模拟现实中的退火过程——慢慢升温使体系松弛，消除局部应力，慢慢降温则使体系在回复到室温状态的过程中，体系有充足的时间来运动以达到热力学平衡状态。 Quench: 高速降温 Aneal: 缓慢降温 究竟多快算高速,多慢算缓慢? -- 你说了算. 你要记住现在的模拟时间尺度距实验还差10个数量级,严格说来所有的模拟相对于实验来说都是Quenching. 但通常地,如果降温你花了一个月的计算时间,你就可以理直气壮地声称Anealing了. |
2楼2019-02-26 09:28:55