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风筝和风88

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】modeller做出来的alignment的sequence identity为什么和blast的结果不一样？

我做A1AR和A2AR的同源模建，用modeller做alignment，得出的sequence identity是49%，但是在blast上面的出来的结果却是54%，这是为什么呢？我原来听说sequence identity是两个序列间相同氨基酸的个数，所以只要序列定了，无论alignment如何sequence identity的结果是不会变的，不知道这个说法是不是正确，请各位大虾指点一下。

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1楼 2010-09-04 09:26:36

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奋斗1s

金虫 (正式写手)

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★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-07 12:40:16
风筝和风88(金币+1): 2011-04-25 12:10:45
风筝和风88(金币+1): 2011-04-28 09:36:25

引用回帖:

Originally posted by 风筝和风88 at 2010-09-04 09:26:36:
我做A1AR和A2AR的同源模建，用modeller做alignment，得出的sequence identity是49%，但是在blast上面的出来的结果却是54%，这是为什么呢？我原来听说sequence identity是两个序列间相同氨基酸的个数，所以只要序 ...

超过30%就可以了，不同的软件alignment的结果是不同的，因为不同的软件算法不同。

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2楼2011-04-05 14:26:21

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