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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】RDF分析-lammps
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xiaowu787

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】RDF分析-lammps已有12人参与

今天试着练习了compute rdf command
命令如下：
compute rdf all rdf 10
fix 5 all ave/time 10 1 10 c_rdf file rdf.out mode vector

用fix输出结果时似乎必须加上 mode vector才行，不然总报错。
可是计算结果出来了，不知道c_rdf[1] c_rdf[2] c_rdf[3]对应的是什么？总之感觉和文献上的对不上，请大家指点一下。
结果如下：
# Time-averaged data for fix 5
# TimeStep Number-of-rows
# Row c_rdf[1] c_rdf[2] c_rdf[3]
0 10
1 0.5 0 0
2 1.5 0.861377 2.73958
3 2.5 1.03893 11.7083
4 3.5 1.32539 33.9896
5 4.5 1.50393 75.6719
6 5.5 1.18676 124.74
7 6.5 1.83646 230.708
8 7.5 1.61828 354.969
9 8.5 1.44098 497.042
10 9.5 1.8949 730.359
10 10
1 0.5 0 0
2 1.5 0.864652 2.75
3 2.5 1.04496 11.7708
4 3.5 1.32942 34.1198
5 4.5 1.50469 75.8229
6 5.5 1.18524 124.828
7 6.5 1.84314 231.182
8 7.5 1.61224 354.979
9 8.5 1.44848 497.792
10 9.5 1.89866 731.573
20 10
1 0.5 0 0
2 1.5 0.871203 2.77083
3 2.5 1.04737 11.8125
4 3.5 1.33933 34.3281
5 4.5 1.5045 76.026
6 5.5 1.1729 124.521
7 6.5 1.84485 230.974
8 7.5 1.62316 355.609
9 8.5 1.4413 497.714
10 9.5 1.90031 731.698

也想做一个液态径向分布函数图


[ Last edited by xiaowu787 on 2010-8-28 at 21:11 ]
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1楼2010-08-27 21:25:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

随便取个名字

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
9楼: Originally posted by kim orange at 2016-12-30 22:05:19
我想请教一下，为什么我用了你写的这个命令
compute rdf all rdf 10
fix 5 all ave/time 10 1 10 c_rdf file rdf.out mode vector
计算并输出rdf，可在运行中出错：fix ave/time compute does not calculate a v ...

compute rdf all rdf 10
fix 5 all ave/time 10 1 10 c_rdf
  • file rdf.out mode vector
    		•
    赞一下 回复此楼
    11楼2018-09-09 14:29:37
    		 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
    查看全部 13 个回答

    zhangyanjenny

    金虫 (正式写手)
    ★ ★ ★ ★ ★
    小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
    zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-05-28 22:06:37
    一共四列
    第一列是Row，就是标号
    第二列是r，就是原子间距离
    第三列是g(r),就是原子间的径向分布还是
    第四列是g(r)的积分
    赞一下(8人) 回复此楼
    2楼2011-05-28 09:16:16
    		 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    心转角

    新虫 (初入文坛)
    ★
    小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
    引用回帖:
    2楼: Originally posted by zhangyanjenny at 2011-05-28 09:16:16
    一共四列
    第一列是Row，就是标号
    第二列是r，就是原子间距离
    第三列是g(r),就是原子间的径向分布还是
    第四列是g(r)的积分

    你好，我想问一下，
    （1）把itype1 jtype1 itype2 jtype2 ...列在
            compute rdf all rdf 10后面，即有
            compute rdf all rdf 10 1 1 1 2  2 2
            会出现7列，这怎么表示？？

    （2）标记itype1 jtype1 itype2 jtype2 .表示偏的吗？？
    （3）三种元素组成的合金，都标记出来是1 1  1 2  1 3  2 1  2 2  2 3                                                3 1   3  2  3 3  是吗？在VASP里1 3 和3 1貌似是一条g(r)曲线。
    新手请教。。
    赞一下 回复此楼
    6楼2014-01-15 17:03:57
    		 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

    ytudou

    银虫 (小有名气)
    ★
    小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
    引用回帖:
    2楼: Originally posted by zhangyanjenny at 2011-05-28 09:16:16
    一共四列
    第一列是Row，就是标号
    第二列是r，就是原子间距离
    第三列是g(r),就是原子间的径向分布还是
    第四列是g(r)的积分

    请教一下，为什么输出结果是三部分呢？“0 10        10 10        20 10”三个部分各10行数据表示的什么啊？
    赞一下(1人) 回复此楼
    要给力啊，MS~LAMMPS~
    7楼2014-01-16 18:52:49
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