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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】如何从Murnaghan方程的结果中得到优化的晶格参数？
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Prettyswan

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何从Murnaghan方程的结果中得到优化的晶格参数？

已经根据候柱峰的《入门指南》得到了EtVo.dat并且已经使用Murn得到了Murnaghan方程的拟合曲线，但是不知道如何由拟合曲线得到优化的晶格参数。
这是使用murn的输入内容：
引用回帖:
least-squares fit of etot(v) by Murnaghan eq.

            UNIT OF LENGTH:   ULA =       0.529177  ANGSTROEM
2
            UNIT OF ENERGY: IUNIT =   2:
                                         (ENERGIES INPUT IN ELECTRONVOLTS)

0.25
IN THE STRUCTURE CONSIDERED, THE UNIT CELL VOLUME = A**3  *       0.250000

11.654 11.674 50
min and max alat(bohr) to compute Etot for at  50 points =          11.6540000 and          11.6740000
11
         NUMBER OF DATA POINTS: N =   11
-------------------------------------------------------------------------------


     I     ALATT         VOLUME        ENERGY (EV)            ENERGY (RY)

11.654 -138.628584
11.656 -138.625185
11.658 -138.621861
11.660 -138.618444
11.662 -138.615030
11.664 -138.611600
11.666 -138.608153
11.668 -138.604723
11.670 -138.601295
11.672 -138.597855
11.674 -138.594417
     1      11.654000     395.699089    -138.6285840000    -138.6285840000
     2      11.656000     395.902847    -138.6251850000    -138.6251850000
     3      11.658000     396.106676    -138.6218610000    -138.6218610000
     4      11.660000     396.310574    -138.6184440000    -138.6184440000
     5      11.662000     396.514542    -138.6150300000    -138.6150300000
     6      11.664000     396.718581    -138.6116000000    -138.6116000000
     7      11.666000     396.922689    -138.6081530000    -138.6081530000
     8      11.668000     397.126867    -138.6047230000    -138.6047230000
     9      11.670000     397.331116    -138.6012950000    -138.6012950000
    10      11.672000     397.535434    -138.5978550000    -138.5978550000
    11      11.674000     397.739823    -138.5944170000    -138.5944170000
-------------------------------------------------------------------------------

      ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME       E0 (EV)      E0 (RY)

       11.6540    395.69909      1.00000      4.00000   -138.62858     -2.44802
                                                                (=INITIAL GUESS)

MIN:   5.8270     49.46239      0.01000      0.01000
MAX:  17.4810   1335.48442     10.00000     10.00000
-------------------------------------------------------------------------------

这是拟合Murnaghan方程的结果：
引用回帖:
FIT BY MURNAGHAN EQUATION EQUATION OF STATE
-------------------------------------------------------------------------------

ITER ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME      E0 (EV)    SUM OF SQUARES
                                                                           IERR

   20  11.6070    390.93557     44.22016    236.91881   -138.68376      0.00000
                                                                             10
   40  11.6049    390.71578     51.35014    279.16539   -138.69018      0.00000
                                                                             10
   60  11.6074    390.96808     54.84225    298.57001   -138.68727      0.00000
                                                                             10
   80  11.6097    391.20231     57.16045    311.12902   -138.68418      0.00000
                                                                             10
  100  11.6115    391.38848     60.24171    328.23583   -138.68202      0.00000
                                                                             10
  120  11.6140    391.63791     63.73295    347.38332   -138.67885      0.00000
                                                                             10
  140  11.6139    391.63337     63.96723    348.76331   -138.67898      0.00000
                                                                              1
  160  11.6154    391.78090     66.11759    360.53890   -138.67708      0.00000
                                                                             10
  180  11.6176    392.00145     70.13895    382.68500   -138.67434      0.00000
                                                                             10
  200  11.6195    392.19658     73.85296    403.11390   -138.67187      0.00000
                                                                             10
  220  11.6195    392.19099     74.58457    407.31816   -138.67209      0.00000
                                                                              1
  240  11.6219    392.43936     79.45171    433.91890   -138.66886      0.00000
                                                                             10
  260  11.6239    392.63890     85.90905    469.79775   -138.66655      0.00000
                                                                             10
  280  11.6258    392.83065     90.77614    496.44831   -138.66405      0.00000
                                                                             10
  300  11.6257    392.82255     90.96167    497.60759   -138.66420      0.00000
                                                                              1
  320  11.6281    393.06961     98.66533    539.95532   -138.66103      0.00000
                                                                             10
  340  11.6300    393.25841    105.75179    578.99435   -138.65864      0.00000
                                                                             10
  360  11.6312    393.38182    111.21954    609.14271   -138.65709      0.00000
                                                                             10
  380  11.6330    393.56618    120.91667    662.70032   -138.65482      0.00000
                                                                             10
  400  11.6344    393.70253    128.29361    703.35551   -138.65307      0.00000
                                                                             10
  420  11.6356    393.83222    136.90084    750.87243   -138.65145      0.00000
                                                                             10
  440  11.6370    393.97242    147.20622    807.70666   -138.64969      0.00000
                                                                             10
  460  11.6377    394.04404    153.29677    841.35978   -138.64880      0.00000
                                                                             10
  480  11.6377    394.04397    153.37512    841.79671   -138.64880      0.00000
                                                                              1
  500  11.6377    394.04407    153.37242    841.77987   -138.64880      0.00000
                                                                              1
  520  11.6377    394.04441    153.38161    841.82848   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  540  11.6377    394.04446    153.41227    842.00057   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  560  11.6377    394.04474    153.41587    842.01819   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  580  11.6377    394.04466    153.42263    842.05719   -138.64879      0.00000
                                                                              1
  600  11.6380    394.07095    155.59950    854.05452   -138.64846      0.00000
                                                                              1
  620  11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846      0.00000
                                                                              0
-------------------------------------------------------------------------------

      ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME       E0 (EV)      E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p=   854.216 E0=  -5.095122
       11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846    -10.19037
        6.1586
-------------------------------------------------------------------------------

        alat(A)          energy(Ryd)            alat(bohr)          ener gy(H)
-------------------------------------------------------------------------------

        6.16703         -10.1889123       11.65400          -5.0944562
        6.16725         -10.1888623       11.65441          -5.0944312
        6.16746         -10.1888121       11.65482          -5.0944061
        6.16768         -10.1887618       11.65522          -5.0943809
        6.16789         -10.1887115       11.65563          -5.0943557
        6.16811         -10.1886610       11.65604          -5.0943305
        6.16833         -10.1886104       11.65645          -5.0943052
        6.16854         -10.1885597       11.65686          -5.0942799
        6.16876         -10.1885090       11.65727          -5.0942545
        6.16897         -10.1884581       11.65767          -5.0942291
        6.16919         -10.1884073       11.65808          -5.0942036
        6.16941         -10.1883563       11.65849          -5.0941782
        6.16962         -10.1883053       11.65890          -5.0941527
        6.16984         -10.1882543       11.65931          -5.0941271
        6.17005         -10.1882032       11.65971          -5.0941016
        6.17027         -10.1881521       11.66012          -5.0940760
        6.17049         -10.1881009       11.66053          -5.0940504
        6.17070         -10.1880497       11.66094          -5.0940248
        6.17092         -10.1879985       11.66135          -5.0939992
        6.17113         -10.1879472       11.66176          -5.0939736
        6.17135         -10.1878959       11.66216          -5.0939479
        6.17157         -10.1878446       11.66257          -5.0939223
        6.17178         -10.1877932       11.66298          -5.0938966
        6.17200         -10.1877418       11.66339          -5.0938709
        6.17221         -10.1876904       11.66380          -5.0938452
        6.17243         -10.1876390       11.66420          -5.0938195
        6.17265         -10.1875876       11.66461          -5.0937938
        6.17286         -10.1875361       11.66502          -5.0937681
        6.17308         -10.1874847       11.66543          -5.0937423
        6.17329         -10.1874332       11.66584          -5.0937166
        6.17351         -10.1873817       11.66624          -5.0936909
        6.17373         -10.1873302       11.66665          -5.0936651
        6.17394         -10.1872787       11.66706          -5.0936393
        6.17416         -10.1872272       11.66747          -5.0936136
        6.17437         -10.1871756       11.66788          -5.0935878
        6.17459         -10.1871241       11.66829          -5.0935620
        6.17481         -10.1870725       11.66869          -5.0935363
        6.17502         -10.1870209       11.66910          -5.0935105
        6.17524         -10.1869694       11.66951          -5.0934847
        6.17545         -10.1869178       11.66992          -5.0934589
        6.17567         -10.1868662       11.67033          -5.0934331
        6.17589         -10.1868146       11.67073          -5.0934073
        6.17610         -10.1867630       11.67114          -5.0933815
        6.17632         -10.1867114       11.67155          -5.0933557
        6.17653         -10.1866598       11.67196          -5.0933299
        6.17675         -10.1866081       11.67237          -5.0933041
        6.17697         -10.1865565       11.67278          -5.0932782
        6.17718         -10.1865049       11.67318          -5.0932524
        6.17740         -10.1864532       11.67359          -5.0932266
        6.17761         -10.1864016       11.67400          -5.0932008

请问，如何从拟合的结果中得到优化后的晶格参数呢？
我注意到：
引用回帖:
      ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME       E0 (EV)      E0 (RY)

alat=  11.63799 b0=  155.6274 b0p=   854.216 E0=  -5.095122
       11.6380    394.07058    155.62739    854.21573   -138.64846    -10.19037
        6.1586

是不是说11.63799是我要的参数？这不在我的预期范围内，这正常么？

另外：
引用回帖:
ITER ALATT0   VOL0 (ULA**3)  B0 (MBAR)     B0PRIME      E0 (EV)    SUM OF SQUARES
                                                                           IERR

中的ITER和IERR是什么意思？

[ Last edited by Prettyswan on 2010-8-26 at 19:54 ]
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1楼 2010-08-25 20:54:50
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qiqi2926

铜虫 (小有名气)
★
youzhizhe(金币+1):你真逗，谢谢交流。 2010-11-11 11:08:47
引用回帖:
Originally posted by Prettyswan at 2010-11-10 17:35:15:

我不太可能为了这个专门装一个MATLAB吧，呵呵

那你就随意了。。。。我总不能跟腾讯一样逼你。。。。呵呵
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2010-11-11 09:47:58
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查看全部 12 个回答

wangyujia

木虫 (正式写手)
你好！请问你弄明白了吗？弄明白了教教我，谢谢！
赞一下 回复此楼
2楼2010-10-12 15:17:24
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lzllzl

木虫 (小有名气)
ITER是拟合时循环的次数，IERR是误差的级别好像

elk.sourceforge.net
elk程序包里有一个eos模块很容易计算V0，然后计算晶格常数
赞一下 回复此楼
3楼2010-10-12 22:03:48
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zhang668

木虫 (正式写手)
★ ★
ym23(金币+2):欢迎常来交流，更鼓励使用程序交流 2010-10-12 22:34:33
我正好也遇到这个问题。我的EtVo.dat文件里每个V，E结果出现的次数和并行节点数一样，不是只出现一次。不知道问题出现在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk  '{printf  "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk  '{printf  "%12.4f \n", $5}'`


得到E，V数值后，写个inp.m，用murn.x可以得到，但是目前我还没成功，一直提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也没生成fout.dat文件.
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-10-12 22:22:27
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