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[交流] 生物学新名词详解（一）强力推荐

Tiling的意思是指贴、盖、搭的意思
Tiling　arrays也就是嵌合芯片的意思，这是一种非常适合于全基因组分析的针对所有转录本的DNA微阵列。设计的原理是从全基因组概念上每隔35个bp设计一段25bp长度的探针。粗略的计算一下，人类基因组共有30亿个bp，每隔35个bp设计一个探针，这也就是说在一段为100bp片段有3个探针，30亿个里有3千万个探针，真是个可怕的数据，但是也正是这么密集的探针数才能保证对整个基因组全转录本的扫描，保证一个也不会少。因此对于研究转录因子在基因上不同位置的定位，以及DNA甲基化、组蛋白乙酰化有极好的应用。

contig
指DNA片段的克隆，在序列上它能与另一段DNA片断（contig）相互部分重叠。一组这样的连续的重叠序列(contigs)将它们拼合起来就可以获得无法通过一次DNA测序分析得到的一长段DNA的序列，Contig对于建立分子水平的遗传图谱非常重要。
A DNA sequence that overlaps with another contig. The full set of overlapping sequences (contigs) can be put together to obtain the sequence for a long region of DNA that cannot be sequenced in one run in a sequencing assay. Important in genetic mapping at the molecular level.
bioinfo.cnio.es/docus/courses/SEK2003Filogenias/seq_analysis/Glossary.html

homologous（同源的）：在系统发生学中，同源指不同个体之间由共同的祖先继承而来的相同的特征。在分子生物学中，同源通常简单地指相似性，而不考虑遗传上的联系。
orthologs/orthologous（直向同源）是指：共同祖先的直接后代（没有发生基因复制事件）之间的同源基因称为直向同源。
paralogs/paralogous（共生同源）：两个物种A和B的同源基因，分别是共同祖先基因组中由复制事件而产生的不同拷贝的后代，这被称为共生同源基因。

orthologs直系同源物,来源与同一类基因
paralogs旁系同源基因,由单一基因倍增产生的两个同源基因
homologous:同源物的总称，它包括orthologs和paralogs

Homologous sequences. Orthologs and Paralogs are two types of homologous sequences. Orthology describes genes in different species that derive from a common ancestor. Orthologous genes may or may not have the same function. Paralogy describes homologous genes within a single species that diverged by gene duplication.

蛋白质家族和超家族
不同的数据库和科学家根据自己的理解都提出了不同的概念。目前，最流行的有SCOP和CATH的分类。
Murzin A. G., Brenner S. E., Hubbard T., Chothia C. (1995). SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures. J. Mol. Biol. 247, 536-540.
Orengo, C.A., Michie, A.D., Jones, S., Jones, D.T., Swindells, M.B., and Thornton, J.M. (1997) CATH- A Hierarchic Classification of Protein Domain Structures. Structure. Vol 5. No 8. p.1093-1108.
2001年Annu. Rev. Biochem.的一篇文章，也对family和super family进行了分类的阐述。
SCOP定义：
家族 SCOP数据库的第一个分类层次为家族，其依据为序列相似性程度。通常将相似性程度在30%以上的蛋白质归入同一家族，即它们之间有比较明确的进化关系。当然这一指标也并非绝对。某些情况下，尽管序列的相似性低于这一标准，例如某些球蛋白家族的序列相似性只有15%，也可以从结构和功能相似性推断它们来自共同祖先。
超家族：如果序列相似性较低，但其结构和功能特性表明它们有共同的进化起源，则将其视作超家族。
折叠类型：无论有无共同的进化起源，只要二级结构单元具有相同的排列和拓扑结构，即认为这些蛋白质具有相同的折叠方式。在这些情况下，结构的相似性主要依赖于二级结构单元的排列方式或拓扑结构。

由于时间有限，整理的不全，如有不足，希望大家继续补充。
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1楼 2006-04-06 19:13:08

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