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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » HyperChem/NWChem » 【讨论】贝塔——环糊精结构优化时发生变形
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gjj09

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】贝塔——环糊精结构优化时发生变形 已有5人参与

为什么我用软件对贝塔——环糊精进行结构优化时，分子发生变形，不像文献中报道的那样有特别规则的的空腔呢。
有没有人做过啊
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
1楼 2010-07-15 22:12:08
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gjj09

木虫 (小有名气)
这几天正着急做呢，盼望虫友们能帮忙解决，不胜感激
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
2楼2010-07-15 22:13:03
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
★
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我这里也出现了同样的问题，和参考文献的不一样，没有那么规则。
搞清楚了，分享一下啊。
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不停的学习
3楼2010-07-16 09:35:04
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gjj09

木虫 (小有名气)
★
heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-07-17 09:22:50
引用回帖:
Originally posted by 低调先生 at 2010-07-16 09:35:04:
我这里也出现了同样的问题，和参考文献的不一样，没有那么规则。
搞清楚了，分享一下啊。

好啊，你要解决了，也告诉我一下。
是不是应为柔性太大了了啊，与初试结构有关，不过怎么才能不陷入局部能量最小呢？
真发愁
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
4楼2010-07-16 14:38:02
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qianyang

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
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heyo_123(金币+1):鼓励交流！！！ 2010-07-17 09:22:36
引用回帖:
Originally posted by gjj09 at 2010-07-15 22:12:08:
为什么我用软件对贝塔——环糊精进行结构优化时，分子发生变形，不像文献中报道的那样有特别规则的的空腔呢。
有没有人做过啊

你肯定初始结构搭建的又问题，要不断的调试结构，用半经验和从头计算法算。
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低调先生
5楼2010-07-17 09:17:06
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gjj09

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qianyang at 2010-07-17 09:17:06:


你肯定初始结构搭建的又问题，要不断的调试结构，用半经验和从头计算法算。

你的结构真漂亮，我是在别人的结构上进行的修饰，不过不知道怎么回事，一优化就变形了，请问下你是用什么软件优化的啊，怎么调试初始结构呢，是要重新画吗

[ Last edited by gjj09 on 2010-7-17 at 12:50 ]
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
6楼2010-07-17 12:47:42
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qianyang

铁杆木虫 (小有名气)
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小红豆(金币+2):回帖致谢。周末愉快 2010-07-18 13:02:50
先用chemoffice3D建一个，再用GV03修改，要保征你的结构式6位羟基在边，2,3位的羟基在另外一边。这样再用G03计算，优化，估计就可以得到上面的图了。
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7楼2010-07-18 10:14:14
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gjj09

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qianyang at 2010-07-18 10:14:14:
先用chemoffice3D建一个，再用GV03修改，要保征你的结构式6位羟基在边，2,3位的羟基在另外一边。这样再用G03计算，优化，估计就可以得到上面的图了。

谢谢，我是在别人原来优化好的结构上用hyperchem进行的修饰，不过再优化的时候怎么都好不了，我用chemdraw也试试，谢谢哦！
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命定的局限故可用在，不屈的挑战却不可须臾或缺！
8楼2010-07-18 20:57:59
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l4802302

金虫 (正式写手)

求助

★
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Originally posted by gjj09 at 2010-07-15 22:12:08:
为什么我用软件对贝塔——环糊精进行结构优化时，分子发生变形，不像文献中报道的那样有特别规则的的空腔呢。
有没有人做过啊

你好，请问您会用chemoffice画β环糊精的立体结构吗？发一个立体结构的文件到我的邮箱吧ljh22163@163.com不胜感激！
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大家一起交流提高
9楼2010-12-25 09:18:35
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低调先生

铁杆木虫 (小有名气)

还是那么菜
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引用回帖:
Originally posted by qianyang at 2010-07-17 09:17:06:
你肯定初始结构搭建的又问题，要不断的调试结构，用半经验和从头计算法算。

好羡慕你的这个结构啊
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不停的学习
10楼2011-07-07 15:19:13
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