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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中transiesta模块的收敛标准是啥~~
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zhangguangping

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mazuju028(金币+2):谢谢交流 2010-12-05 12:46:30
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Originally posted by redskywei at 2010-06-08 14:23:46:
如题，我在用transesta计算输运时发现，最后收敛的的时候，这些值都比较大，他就停止迭代了：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  515.152  512.000    1.000
transiesta: 290   -19912.8627   -19914.3989   -19914.3989 ...

假如你设置的最大收敛步数是300，如果在生成*DM的时候就用了100步，那么剩下的transiesta部分就只有200步的容量了。只要这个部分超过200步就不再自洽了。为了避免这个问题，可以将最大收敛步数设置的大一点。至于你说的收敛慢的问题，你可以通过调节参数加快收敛。比如减小mixing的大小，到0.01甚至更小0.001。另外升高温度也是一个办法。还有就是你可以减小电压的间隔等等。
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弘德明志博学笃行
11楼2010-12-05 09:03:16
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redskywei

木虫 (著名写手)
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Originally posted by zhangguangping at 2010-12-05 09:03:16:

假如你设置的最大收敛步数是300，如果在生成*DM的时候就用了100步，那么剩下的transiesta部分就只有200步的容量了。只要这个部分超过200步就不再自洽了。为了避免这个问题，可以将最大收敛步数设置的大一点。至 ...

我设置的都是500步以上，而且如果结构或者参数合理都应该在100步内收敛的，几百步后收敛的结果感觉合理性也太低了。我不能确定倒是是结构问题还是参数问题。相关的参数都做过调试，可是效果甚微，这一阵子忙，都没做这个调试了，谢谢你的热情建议。
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坠入无边的网~~
12楼2010-12-05 11:42:56
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xiongxiong5712

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1143366楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-12-05 09:03:16
假如你设置的最大收敛步数是300，如果在生成*DM的时候就用了100步，那么剩下的transiesta部分就只有200步的容量了。只要这个部分超过200步就不再自洽了。为了避免这个问题，可以将最大收敛步数设置的大一点。至于 ...

请教一下，我设置的最大收敛步数是300，在生成DM的时候用了80步，transiesta部分用了219步，最后几步是这样的：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  642.949  648.000    1.000
transiesta: 215   -26765.1344   -26747.3661   -26747.3661  2.1550 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  643.029  648.000    1.000
transiesta: 216   -26765.6436   -26746.9487   -26746.9487  2.1597 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  643.236  648.000    1.000
transiesta: 217   -26761.5195   -26749.6322   -26749.6322  2.5464 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  645.472  648.000    1.000
transiesta: 218   -26806.0344   -26744.7761   -26744.7761  4.9645 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  642.600  648.000    1.000
transiesta: 219   -26762.4977   -26747.7480   -26747.7480  2.9842 -4.2916
看样子是没达到收敛，可是我的文件夹里却生成了*.TSHS和*.TSDE这两个文件。晕了，不知道究竟收敛没有，算完了没有啊？能否麻烦guangping兄百忙中帮忙看看？万分感激！

再补充一下，我的输入文件名是Si3N4-2L-scat-1.fdf，但是得到的却是名为Si3N4-2L-scat.TSDE和Si3N4-2L-scat.TSHS的两个文件，奇怪它们的前面部分不是应该和输入文件的前面部分一样吗？这样算不算正确啊？

[ Last edited by xiongxiong5712 on 2012-11-17 at 17:40 ]
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13楼2012-11-17 17:35:21
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zhangguangping

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1184366楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-17 17:35:21
请教一下，我设置的最大收敛步数是300，在生成DM的时候用了80步，transiesta部分用了219步，最后几步是这样的：
TranSiesta: Qsol,Qtot:  642.949  648.000    1.000
transiesta: 215   -26765.1344   -267 ...

没有收敛。超出了你的最大自洽步数。自洽在有SIESTA的时候，也算在内。299步，最后一步没有给出来。但是TSHS是生成的。TSDE只要做TranSIESTA自洽就生成。
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14楼2012-11-17 17:42:59
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xiongxiong5712

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1184367楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-17 17:42:59
没有收敛。超出了你的最大自洽步数。自洽在有SIESTA的时候，也算在内。299步，最后一步没有给出来。但是TSHS是生成的。TSDE只要做TranSIESTA自洽就生成。...

哦，谢谢哈，刚开始还以为收敛了呢，白激动了，呵呵。我在我的输入文件里看到这样的参数：
TS.TBT.PDOSFrom   5
TS.TBT.PDOSTo     5
TS.TBT.CalcIeig  yes
这几个参数我在手册上没有看到过，是从别人的输入文件里面拷贝过来的。网上查了也没找到，请问它们是什么意思啊？不知道这几个参数对计算有没有影响，我现在把它们删去了再重新计算试试。
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15楼2012-11-17 17:55:12
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zhangguangping

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1184369楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-17 17:55:12
哦，谢谢哈，刚开始还以为收敛了呢，白激动了，呵呵。我在我的输入文件里看到这样的参数：
TS.TBT.PDOSFrom   5
TS.TBT.PDOSTo     5
TS.TBT.CalcIeig  yes
这几个参数我在手册上没有看到过，是从别人的输入文 ...

这个参数在新版中有解释。你官网上下载新版本看看手册。
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16楼2012-11-17 18:29:28
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xiongxiong5712

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1184370楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-17 18:29:28
这个参数在新版中有解释。你官网上下载新版本看看手册。...

好的，多谢指点
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17楼2012-11-17 18:37:12
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xiongxiong5712

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486194楼: Originally posted by zhangguangping at 2010-06-09 14:20:39
你这个都迭代291次了，是不是你设置的最大迭代次数是300，其中在transiesta开始的siesta计算中用了9个迭代。所以说你现在超出了迭代的设置。如果不超的话，它的收敛标准是DM.Tolerance所设置的，显然你现在是0.40 ...

请问transiesta的收敛标准只需要看transiesta自洽的最后一步DM.Tolerance是否小于0.0001就行了吗？我计算出来transiesta自洽最后几步是这样的：
transiesta:  48    50769.9893    50769.5516    50769.5516  0.0003 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  329.637  648.000    1.000
transiesta:  49    50769.9270    50770.7288    50770.7288  0.0002 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  329.637  648.000    1.000
transiesta:  50    50769.9278    50770.7760    50770.7760  0.0002 -4.2916
TranSiesta: Qsol,Qtot:  329.637  648.000    1.000
transiesta:  51    50769.9540    50770.2319    50770.2319  0.0001 -4.2916

siesta: E_KS(eV) =            50770.2319

siesta: E_KS - E_eggbox =     50770.2319

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
----------------------------------------
   Tot    0.059440   -0.009480   -0.017760
----------------------------------------
   Max  656.743364
   Res  216.569188    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
----------------------------------------
   Max  656.743364    constrained

在第51步的时候收敛了，但是后面Max  656.743364怎么这么大，这样算收敛了吗？这里Max是不是也需要收敛，也就是小于0.04才行啊？
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18楼2012-11-27 08:25:37
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zhangguangping

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1184624楼: Originally posted by xiongxiong5712 at 2012-11-27 08:25:37
请问transiesta的收敛标准只需要看transiesta自洽的最后一步DM.Tolerance是否小于0.0001就行了吗？我计算出来transiesta自洽最后几步是这样的：
transiesta:  48    50769.9893    50769.5516    50769.5516  0.0 ...

Max指的是原子受力吧？在非平衡输运体系中，原子力的计算，现在SIESTA还不能给出正确的结果。并且我们使用当下的TranSIESTA默认就是做了一个近似，认为偏压下体系结构近似不变。所以体系在偏压下结果变化很大的情况，现在不能自洽研究。
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弘德明志博学笃行
19楼2012-11-27 10:34:00
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xiongxiong5712

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1184628楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-11-27 10:34:00
Max指的是原子受力吧？在非平衡输运体系中，原子力的计算，现在SIESTA还不能给出正确的结果。并且我们使用当下的TranSIESTA默认就是做了一个近似，认为偏压下体系结构近似不变。所以体系在偏压下结果变化很大的情况 ...

我是在零压下算的，没加偏压。不能自洽研究是什么意思？是说我这个体系有问题，导致不能收敛吗？
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20楼2012-11-27 10:44:36
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