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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】优化过程中结构中的两个原子为什么越跑越近，直至相接
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-05-23 19:29:33:
大分子结构究竟多大？gaussian一般算不了大分子，得用mm方法了。再说，大分子的构型多如牛毛，你的初始构型很可能有问题。


初始构型应该是没有问题的，因为已经hyper中用半经验方法优化成功，不知道为什么在高斯中会出现这种问题。
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11楼2010-05-24 09:03:31
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by vigaryang at 2010-05-23 15:55:13:
相接？顶多相互靠近而形成氢键吧？

O和H的正常距离是0.958，而在我的结构中，最近的OH距离为0.345.不知道这样对我的整个结构有没有影响。
注：跑的近的这几个OH没有参与配位。
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12楼2010-05-24 09:05:34
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qianyang at 2010-05-23 19:25:56:
Gaussian计算本来就没有键的概念，只有电子原子核所在坐标根据一系列方程的计算来得到你所要的结果，如果一味的要强调化学键的，只有通过像AIM或则NBO去分析。你的东西是大分子结构的，其实不适合用高斯计算，有太 ...

我的结构不算是很大，也就500个基函数。
朋友有算1000个基函数的，还在用高斯算呢。
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13楼2010-05-24 09:06:46
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fooo

金虫 (正式写手)
★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-05-27 18:21:28
0.345是不正常了，不管结果如何，这样的情况是不行的。不过500个基函数的确算不上太大。
引用回帖:
Originally posted by victoria7850 at 2010-05-24 09:05:34:



O和H的正常距离是0.958，而在我的结构中，最近的OH距离为0.345.不知道这样对我的整个结构有没有影响。
注：跑的近的这几个OH没有参与配位。

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14楼2010-05-24 09:47:29
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-05-24 09:47:29:
0.345是不正常了，不管结果如何，这样的情况是不行的。不过500个基函数的确算不上太大。


是啊。就是不知道该怎么办了。
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15楼2010-05-24 10:02:21
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

我叫MT
★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢讨论 2010-05-27 18:21:39
第一、初始构型错误；
第二、基组指定错误。
你给的信息完全不够进行判断的，这么遮遮掩掩的，让大家来猜。
都这么多天了，如果真的想问，贴你的输入输出文件。
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一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭，其实这是修养不足学识浅薄的一种体现，也是可恶的偏执和愚蠢的自以
16楼2010-05-24 12:22:07
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fooo

金虫 (正式写手)
有毛病是肯定的了。你最好把相关结果贴上来，也好让大家帮你看看，不然在这里猜闷也没什么意思。
引用回帖:
Originally posted by victoria7850 at 2010-05-24 10:02:21:


是啊。就是不知道该怎么办了。

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17楼2010-05-24 12:22:13
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pdce218

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by victoria7850 at 2010-05-24 09:02:10:



也不是很大，也就500个基函数

500多个基函数高斯是可以算得，就是慢点
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明天会更好……
18楼2010-05-24 14:26:21
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-05-24 12:22:07:
第一、初始构型错误；
第二、基组指定错误。
你给的信息完全不够进行判断的，这么遮遮掩掩的，让大家来猜。
都这么多天了，如果真的想问，贴你的输入输出文件。

没有遮掩，以为这种是常见错误，大家完全可以不看作业就解决的。问题如下：

Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry    C12H23Cl3CrN2O6
Framework group  C1[X(C12H23Cl3CrN2O6)]
Deg. of freedom   135
Full point group                 C1
Rotational constants (GHZ):      0.3354467      0.1012775      0.0950500
Basis read from rwf:  (5D, 7F)
Warning:  center  25 has no basis functions!
Warning:  center  35 has no basis functions!
Warning:  center  37 has no basis functions!
Warning:  center  39 has no basis functions!
Warning:  center  41 has no basis functions!
Warning:  center  46 has no basis functions! Pseudo-potential data read from rwf file.
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
   478 basis functions,   853 primitive gaussians,   497 cartesian basis functions
   111 alpha electrons      111 beta electrons
       nuclear repulsion energy      3210.4770422372 Hartrees.



Warning!  O  atom   25 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  O  atom   35 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  O  atom   37 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  O  atom   39 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  O  atom   41 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
Warning!  O  atom   46 has  8 valence electrons but only   0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
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19楼2010-05-24 16:10:08
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victoria7850

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangmt at 2010-05-24 12:22:07:
第一、初始构型错误；
第二、基组指定错误。
你给的信息完全不够进行判断的，这么遮遮掩掩的，让大家来猜。
都这么多天了，如果真的想问，贴你的输入输出文件。

你说的这两点都不可能。
首先，你说初始构型错误，但我的初始构型已经在hyper中优化为YES。
其次，我的结构虽然大，但也是固定的几个原子，我都有指定。
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20楼2010-05-24 16:13:36
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