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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】纳米线拉伸性时，截面的面积大小
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-05-18 14:08:21
你的势函数截断距离是多少？边界条件是怎么样的？什么系综？
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11楼2010-05-18 13:52:05
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)
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雪狼乖乖(金币+3):谢谢 2010-05-19 15:47:12
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-18 13:52:05:
你的势函数截断距离是多少？边界条件是怎么样的？什么系综？

摸着良心说实话，我对这个模型也不是很清楚，我真是惭愧，真是差劲啊。
用的软件是XMD；
截断半径5.7埃；理由：势函数文件里写着“Johnson's potential for Au    cutoff = 5.700 A  ”
X、Y方向自由边界，Z方向周期性边界条件。理由：“surface on x y off z”
关于系宗我不太确定，好像是NPT。我的理由是我用了Pressure clamp命令，手册中写到The "Pressure Clamp" works analogously to the temperature clamp. The volume of the system box is automatically re-sized to maintain a constant pressure.我就认为是NPT系宗了。
希望多批评，多提意见。谢谢。

[ Last edited by xiaojuan5886 on 2010-5-19 at 20:53 ]
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12楼2010-05-18 15:49:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-18 16:12:32
box 14 14  20
你这纳米线是14a0*14a0的啊。怎么成了3*3？

repeat 2
scale 1  1  1.003
cmd 5000
write file +stress.txt stress
end
你一步就拉0.003，拉得快了点吧。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-5-18 at 16:10 ]
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13楼2010-05-18 16:07:07
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-18 16:07:07:
box 14 14  20
你这纳米线是14a0*14a0的啊。怎么成了3*3？

repeat 2
scale 1  1  1.003
cmd 5000
write file +stress.txt stress
end
你一步就拉0.003，拉得快了点吧。

[ Last edited by 老虎大王  ...

是我没有说清楚，我是做了不同截面的。这个是14a0*14a0的。我只是随便找了个截面的代码贴上来了。
那一次应该拉多少呢？有没有什么依据。不过我看到有的文章里有一次拉0.003的。

[ Last edited by xiaojuan5886 on 2010-5-18 at 16:24 ]
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14楼2010-05-18 16:16:03
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+5):谢谢 2010-05-18 22:22:07
不好意思我看错了，是5000步拉0.003。你只拉了两下么？你拉的时候，体积是否一定？也就是说，你有没有发现，拉长的时候，截面积缩小了？如果你的截面积缩小了，x,y方向的边长过小，这个时候与截面较大的情况相比就当然会有变化。你要保持你的元胞边长大于势函数截断距离的2倍。你势函数的截断是5.7，5.7*2=11.4，你的盒子边长要大于11.4才合适，现在你的单胞a0=4.08，3*a0=12.24，当你拉的时候，如果是保持体积不变，则你的边长很可能会小于11.4，这就出问题了。

以上供参考。你检查一下自己的计算结果。当然，如果你的边长在拉伸当中没有缩小，那就不是我说的这个问题了，那就还要另外找原因。
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15楼2010-05-18 19:37:08
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-18 19:37:08:
不好意思我看错了，是5000步拉0.003。你只拉了两下么？你拉的时候，体积是否一定？也就是说，你有没有发现，拉长的时候，截面积缩小了？如果你的截面积缩小了，x,y方向的边长过小，这个时候与截面较大的情况相比就 ...

不是只拉伸了两下，是很多很多下，由于太长我没有把所有的程序贴上。
我不确定体积是不是一定，但是拉长后，截面积确实是小了的。我想那应该存在您说的这种情况。可是有的纳米线我把它一直拉到断裂了的。虽然只是分析弹性变形阶段（此时纳米线还没有断裂）。
如果真是这样，即纳米线截面缩小后，边长没有满足大于2倍截断半径的要求，那岂不是说明在纳米线快要拉断时的模拟是错误的吗？（因为快要拉断时，截面边长小于了2倍截断半径）。真是这样吗？我看了的那些文章就没有分析纳米线拉断时情况的。如果真是这样，那么就又有一个问题啦，该怎样模拟纳米线拉断时候的情形？（因为凡是采用周期性边界条件的都需要盒子长度大于2倍截断半径）
谢谢您的回答。不知道我上面说清楚了没有。
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16楼2010-05-18 20:40:54
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+7):谢谢 2010-05-18 22:22:46
我说的不准确。应该说不是错误的，而是说它会和其它的情形有区别。你不是在问为什么有区别吗？

实际上，因为你使用了自由边界，那么总有一部分原子，它们没有完整的配位，所以你体系的能量状况是随着边长的变化而变化的。但是，当边长大于一定值的时候，边界原子数目变化不是很大，且原子数目增多，从平均意义上能量状况变化可能就不很明显了，而且你考察的也不是能量变化，而是应力情况。

可是，如果你的边长小于势函数截断距离的二倍，那么你将有很多的原子(大概也许是所有的原子）都没有完整的配位，这个时候，它与其它情况的差别可能会更大一些。
我初步大致是这样考虑的。当然我没有亲手验证。

我前面确实没有说清。前面说的你的盒子边长要大于11.4才合适，不是说不满足这个条件就肯定不对，而是说这个时候它与其它情况的差别有可能很大。你问的不就是为什么差别大么？你可以设法检验一下是不是这样。

另外，我所说的可能只是一部分原因，或者根本不是这个原因，呵呵。总之我不是说你的做法是错的，而是初步分析认为这中间有可能确实存在着一个边长的界限，突破这个界限将会使得两种情况失去了可比性。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-5-18 at 21:04 ]
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17楼2010-05-18 21:00:44
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-18 22:23:15
至于你所说的快拉断的时候，那不是问题。不管你边长设得多大，在一定的算法下，快拉断的时候都有可能拉得很细，但那是同一根曲线上的变化，也就是说开始粗，后来细。而你现在是拿一个一开始就很细的样品与一个一开始比较粗的样品来做同样的拉伸，这是两根曲线之间相比的问题。这是不一样的。

再一个，如果存在这边长的界限的话，截断距离的二倍，这个也不一定就是绝对的界限，总之从力场方面考虑，在边界原子（没有完整配位的原子)占到一定比例之后，它的拉伸过程中的能量和应力的变化情况，就有可能产生较大的改变。当然这个是我的一个猜测，也可能这不是问题，也可能存在其他问题。呵呵。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-5-18 at 21:45 ]
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18楼2010-05-18 21:15:47
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hooge

木虫 (正式写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-05-19 14:46:29
拉伸－－在一个模型体上的实现。

在各种软件的控制中会有不同的命令来支持。我们想像一下我们定义的宏观拉伸，首先要有夹具，要有控制夹具运动的方法，我们测量样品的方法，我们测量表征拉伸（应力应变等）的参数。这些一一是否在微观模拟模型上得到实现。

就所谓的夹具来说。宏观模型一般是在材料准备好以后拉伸开始前夹上去。对应微观模型也就得考虑在什么时候夹上去吧。是你在建的模型松弛前就夹上去还是彻底松弛后夹上去（一定要体现出夹的过程）。如果在松弛后夹，那么松弛的时候的边界条件会对于你的模型样品有多大影响你是否考虑。就好比圣维南原理的端部效应怎么计算。

另外夹具对于拉伸过程中的影响。由于涨落造成的截面等的变化如何考虑。
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世界是分为你和他人两个方面的！
19楼2010-05-19 14:41:55
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xiaojuan5886

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-05-18 21:15:47:
至于你所说的快拉断的时候，那不是问题。不管你边长设得多大，在一定的算法下，快拉断的时候都有可能拉得很细，但那是同一根曲线上的变化，也就是说开始粗，后来细。而你现在是拿一个一开始就很细的样品与一个一开 ...

恩，我明白大王的意思啦。
呵呵，老虎大王你太谦虚啦！
大王，还想问你个问题，在上文中你也提到了边界上的原子没有准确的配位。那么如果是一个纳米棒的话，各个面都是自由边界条件，你知道我们怎么算表层原子的吗？该不会是一个一个地数的吧。如果是数数的话，是认为只有最外层是边界原子呢，还是最外两层（这个只看到一篇文献稍微提了一下，不是很确定）？
还有啊，老虎大王你是做什么方向的，怎么这么厉害呢？（这个不愿意回答可以不回答啊）
谢谢啦。
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20楼2010-05-19 20:59:17
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