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faqianliu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于一个配合物的自旋多重度和P原子的警告已有4人参与

想了想,还是放在新手直通车吧,因为问题可能非常初级
算一个一价铜配合物的TD,利用GV生成GJF文件,显示自旋多重度为2,但是我怎么感觉一价Cu的话,应该是d(10),应该是闭壳层啊,不解,高手给指点下




另,按自旋多重度为2计算的话,2个P原子都出现警告,高手给看看是什么原因造成的
输入文件:
%chk=C:\l.chk
# b3lyp/lanl2dz td

test

0 2
Cu                 4.08380000    8.63430000    2.60870000
Br                 3.47340000    6.21750000    2.27300000
P                  6.06510000    8.74430000    3.68540000
P                  3.62740000    9.76340000    0.68030000
N                  2.67350000    9.22570000    3.98310000
N                  1.56050000   10.26900000    5.57920000
C                  6.79690000   13.06170000    5.29520000
H                  6.97980000   13.92570000    5.58740000
C                  6.61790000   11.95650000    6.19640000
H                  6.64930000   12.11570000    7.11200000
C                  6.40310000   10.68200000    5.75910000
H                  6.29030000    9.99620000    6.37630000
C                  6.35050000   10.39030000    4.37140000
C                  6.46350000   11.48790000    3.50290000
H                  6.38790000   11.34260000    2.58730000
C                  6.67300000   12.72950000    3.94020000
H                  6.73980000   13.41160000    3.31080000
C                  5.25980000    6.20810000    6.78300000
H                  4.49480000    5.86840000    7.18760000
C                  5.13200000    7.09100000    5.70800000
H                  4.29020000    7.33860000    5.40140000
C                  6.27820000    7.59880000    5.09280000
C                  7.49900000    7.20220000    5.58940000
H                  8.28040000    7.54320000    5.21340000
C                  7.58160000    6.30030000    6.63990000
H                  8.41350000    6.00600000    6.93420000
C                  6.45020000    5.84820000    7.23870000
H                  6.51100000    5.28100000    7.97240000
C                  9.88480000    7.74910000    1.31610000
H                 10.64150000    7.51540000    0.82970000
C                  8.72600000    7.04810000    1.14450000
H                  8.68530000    6.34200000    0.53950000
C                  7.61000000    7.40560000    1.88430000
H                  6.82600000    6.91800000    1.77390000
C                  7.61290000    8.42110000    2.74870000
C                  8.79790000    9.14110000    2.93880000
H                  8.81570000    9.84080000    3.55190000
C                  9.94070000    8.82780000    2.22960000
H                 10.72590000    9.31280000    2.34820000
C                  1.92180000    9.60330000    0.08990000
C                  1.38140000    8.32760000   -0.06540000
H                  1.89620000    7.59380000    0.18190000
C                  0.15160000    8.10910000   -0.55590000
H                 -0.14390000    7.24390000   -0.72550000
C                 -0.71150000    9.25090000   -0.81750000
H                 -1.58950000    9.13350000   -1.10150000
C                 -0.22200000   10.43450000   -0.63970000
H                 -0.75140000   11.17720000   -0.81950000
C                  1.10300000   10.62010000   -0.17980000
H                  1.41550000   11.48920000   -0.06130000
C                  4.51350000   12.38720000   -0.05720000
H                  4.92350000   12.01330000   -0.80320000
C                  3.82750000   11.55480000    0.82560000
C                  3.28810000   12.21540000    1.95580000
H                  2.84550000   11.70640000    2.59750000
C                  3.38250000   13.51390000    2.14180000
H                  2.99090000   13.90550000    2.88980000
C                  4.07030000   14.30710000    1.21800000
H                  4.15740000   15.22290000    1.35500000
C                  4.60040000   13.72990000    0.14100000
H                  5.03810000   14.25530000   -0.48840000
C                  6.13310000    8.55880000   -3.00010000
H                  6.64030000    8.26190000   -3.71950000
C                  6.67110000    8.61690000   -1.76780000
H                  7.56540000    8.39330000   -1.64520000
C                  5.89640000    9.01220000   -0.67030000
H                  6.29030000    9.05770000    0.17170000
C                  4.58180000    9.33180000   -0.80930000
C                  4.05730000    9.30150000   -2.07230000
H                  3.16370000    9.52760000   -2.19900000
C                  4.83780000    8.93770000   -3.18000000
H                  4.47290000    8.95540000   -4.03420000
C                  1.38730000    8.68000000    4.06280000
H                  1.03330000    7.99790000    3.54170000
C                  0.75770000    9.36340000    5.07440000
H                 -0.11360000    9.20670000    5.36060000
C                  2.69380000   10.15530000    4.90890000
H                  3.43780000   10.68710000    5.07850000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3 13 1.0 22 1.0 35 1.0
4 40 1.0 53 1.0 68 1.0
5 73 1.0 77 1.0
6 75 1.0 77 1.0
7 8 1.0 9 1.0 16 1.0
8
9 10 1.0 11 1.0
10
11 12 1.0 13 1.0
12
13 14 1.0
14 15 1.0 16 1.0
15
16 17 1.0
17
18 19 1.0 20 1.0 27 1.0
19
20 21 1.0 22 1.0
21
22 23 1.0
23 24 1.0 25 1.0
24
25 26 1.0 27 1.0
26
27 28 1.0
28
29 30 1.0 31 1.0 38 1.0
30
31 32 1.0 33 1.0
32
33 34 1.0 35 1.0
34
35 36 1.0
36 37 1.0 38 1.0
37
38 39 1.0
39
40 41 1.0 49 1.0
41 42 1.0 43 1.0
42
43 44 1.0 45 1.0
44
45 46 1.0 47 1.0
46
47 48 1.0 49 1.0
48
49 50 1.0
50
51 52 1.0 53 1.0 60 1.0
52
53 54 1.0
54 55 1.0 56 1.0
55
56 57 1.0 58 1.0
57
58 59 1.0 60 1.0
59
60 61 1.0
61
62 63 1.0 64 1.0 71 1.0
63
64 65 1.0 66 1.0
65
66 67 1.0 68 1.0
67
68 69 1.0
69 70 1.0 71 1.0
70
71 72 1.0
72
73 74 1.0 75 1.0
74
75 76 1.0
76
77 78 1.0
78


计算结果


Rotational constants (GHZ):      0.0777527      0.0571545      0.0554375
Standard basis: LANL2DZ (5D, 7F)
There are   481 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
   481 basis functions,  1246 primitive gaussians,   483 cartesian basis functions
   159 alpha electrons      158 beta electrons
       nuclear repulsion energy      5559.8336536495 Hartrees.



Warning!  P  atom    3 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  P  atom    4 may be hypervalent but has no d functions.




NAtoms=   78 NActive=   78 NUniq=   78 SFac= 7.50D-01 NAtFMM=   80 NAOKFM=F Big=T
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   42486 NPrTT=  308207 LenC2=   37169 LenP2D=  137146.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 5 Len=  102
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
NBasis=   481 RedAO= T  NBF=   481
NBsUse=   481 1.00D-06 NBFU=   481
Harris functional with IExCor=  402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 2.40D-02 ExpMax= 5.91D+03 ExpMxC= 2.05D+02 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Initial guess orbital symmetries:
Alpha Orbitals:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
Beta  Orbitals:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
The electronic state of the initial guess is 2-A.
of initial guess= 0.7500

请高手心情好的时候就以上两个问题给指点下,谢谢!
看不懂faq的人爬过
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faqianliu

银虫 (小有名气)

刚刚测试了一下
如果电荷和自旋多重度分别用0,2计算,结果会显示
159 alpha electrons      158 beta electrons,为开壳层

如果电荷和自旋多重度分别用1,1计算,结果会显示
158 alpha electrons      158 beta electrons,为闭壳层

如果电荷和自旋多重度分别用-1,1计算,结果会显示
159 alpha electrons      159 beta electrons,为闭壳层

关键是上面哪种闭壳层计算方法是正确的,请高手指点下

我自己分析了一下,软件默认为二价铜d9,实际应为一价铜d10,也就是说,软件分析的少了一个电子,所以才造成开壳层,那么补上这个电子应该就是159 alpha electrons      159 beta electrons,也就是说电荷和自旋多重度分别用-1,1计算正确,不知道有没有道理

[ Last edited by faqianliu on 2010-5-12 at 09:21 ]
7楼2010-05-12 09:18:06
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查看全部 10 个回答

lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

★ ★ ★
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yzcluster(金币+2): 2010-05-12 18:00:43
1)你对多重度的认识是对,但软件误以为Cu为+2价,因为它要稳定一些。
2)
Warning!  P  atom    3 may be hypervalent but has no d functions.
Warning!  P  atom    4 may be hypervalent but has no d functions. 希望你采用更好的基组,比如6-31+G*

[ Last edited by lihb734 on 2010-5-11 at 18:07 ]
前途光明,出路难觅!
2楼2010-05-11 18:05:48
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

★ ★
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yzcluster(金币+1): 2010-05-12 18:00:54
输入文件中的0 2,0是分子电荷数,应该改成1,2是自旋多重度,应该没错
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=雨晨田木&say=不要太辛苦哦。[/img][/url]
3楼2010-05-11 20:48:25
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雨晨田木

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
刚才说错了,自旋多重度应该改为1
而且画分子构型可以先用ChemDraw,再用Chem3D生成gjf文件,最后用GV调整
[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=雨晨田木&say=不要太辛苦哦。[/img][/url]
4楼2010-05-11 21:23:25
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