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crystalgirl1

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】摻杂问题已有7人参与

设元素为A,单胞为体心立方,扩展成2*1*1的超晶胞,将一个体心原子A替换成B原子。然后在(0.5,0.5,0.5)也就是八面体间隙位置加了一个H,结果就少了A原子。虽然Properties Explorers中Symmetry System仍显示的是HBA3,但是图中两个A原子却不见了。请问这是什么原因?对计算结果有影响吗?
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acridine

木虫 (正式写手)

crystalgirl1(金币+1): 2010-05-06 00:03:21
这个只是显示的问题,只要模型中原子总数不变就对的。
比如立方结构位于顶点的x原子,会在各个顶点都显示周期镜象,所以"看上去"一共有8个x原子(但实际上晶胞内只有一个)。
如果优化的时候x原子发生了移动,不再位于顶点,不妨假设移动到了体心,那么在图形界面中就不再显示其周期镜象,只显示一个位于体心的x原子,这在视觉上看似乎少了7个原子,但优化前后其实模型中都只含有一个x原子,即真实的原子数目是不变的。

当然,还有一个可能是display style里面的设置改变了,但同样的,只要原子数目能对上就可以,其它的都是显示的问题。

[ Last edited by acridine on 2010-5-5 at 22:21 ]
13楼2010-05-05 22:18:47
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

我按照楼主的方法做的结果是可以显示A原子,
是不是楼主的显示方式不对?你试试用Ball and stick方式看看。
博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
2楼2010-04-30 10:17:14
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薛金祥

金虫 (小有名气)

只要放的位置对,原子是不会被替换掉的,你也可以查看总的原子数变了没有
3楼2010-04-30 14:50:58
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marklau

银虫 (小有名气)

也许是原子的最小间距(默认是1A)比H和A或者B原子的间距大了呢?
4楼2010-04-30 15:00:16
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