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jxzhao金虫 (小有名气)
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【求助】金属配合物 已有2人参与
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1、高斯计算金属配合物和初始结构有很大关系！我的配体分子比较大，含有扭动的环和键，请问如何寻找最优构象？用什么软件？ 2、如何构建金属配合物的Gaussian输入文件？配体的可能络合位点比较多，而且没有晶体结构，金属在和配体络合的时候，应如何构建分子结构？金属配位键怎么画？（请不要举那个二茂铁的例子） 3、我在高斯中优化水中金属水合物的结构，出现很多不收敛的情况，是不是我的初始结构有问题？对于不收敛的情况我通过查文献等途径试了一些方法，但是都没有解决！这种情况一般大家是怎么解决的？ 可能我的问题比较幼稚，还望大侠们不吝赐教，能举个实例最好了！ |
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zhou2009(金币+2): 2010-04-29 12:32
aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金币+3): 2010-04-29 16:58
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aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金币+3): 2010-04-29 16:58
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1。如果配位键不影响构象的话，可以用hyperchem，conformer in MS，或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能，由于是分子力学，所以要把几个配位原子fix。金属拿掉，因为没有力场参数。 2。不用画配位键，位置摆对就行了。络合位点多无法经验判断的情况下只能都算然后比较能量了。 3。减小步长，e.g. maxstep=5 [ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ] |
2楼2010-04-29 12:31:22
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4楼2010-05-04 15:00:08
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