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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【求助】金属配合物
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jxzhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】金属配合物 已有2人参与

1、高斯计算金属配合物和初始结构有很大关系！我的配体分子比较大，含有扭动的环和键，请问如何寻找最优构象？用什么软件？
2、如何构建金属配合物的Gaussian输入文件？配体的可能络合位点比较多，而且没有晶体结构，金属在和配体络合的时候，应如何构建分子结构？金属配位键怎么画？（请不要举那个二茂铁的例子）
3、我在高斯中优化水中金属水合物的结构，出现很多不收敛的情况，是不是我的初始结构有问题？对于不收敛的情况我通过查文献等途径试了一些方法，但是都没有解决！这种情况一般大家是怎么解决的？
可能我的问题比较幼稚，还望大侠们不吝赐教，能举个实例最好了！
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1楼 2010-04-29 10:38:21
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ggdh

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-04-29 12:32
aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金币+3): 2010-04-29 16:58
1。如果配位键不影响构象的话，可以用hyperchem，conformer in MS，或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能，由于是分子力学，所以要把几个配位原子fix。金属拿掉，因为没有力场参数。
2。不用画配位键，位置摆对就行了。络合位点多无法经验判断的情况下只能都算然后比较能量了。
3。减小步长，e.g. maxstep=5

[ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ]
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2楼2010-04-29 12:31:22
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jxzhao

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ggdh at 2010-04-29 12:31:22:
1。如果配位键不影响构象的话，可以用hyperchem，conformer in MS，或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能，由于是分子力学，所以要把几个配位原子fix。金属拿掉，因为没有力场参数。
2。 ...

非常感谢！对于您的回答，我还有几个疑问：
1、如果单单是寻找配体分子的构象就不用固定配位原子了吧？
2、在画金属配合物的时候，按照您的做法，把金属原子摆在络合位点附近，让其自己优化，可是如果位置没有摆正，或是与真实位置相差较大，最后还会预测准确吗？如果有水分子参与配位又该如何处理？
3、我用的是iop(1/8=1)来减小步长，但是还是没有收敛，这个命令和您说的maxstep=5有什么区别？
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3楼2010-04-29 17:07:50
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ggdh

专家顾问 (正式写手)
jxzhao(金币+3): 2010-05-05 13:17:31
1 是的
2 位置没摆正当然不行了。你可以先把配体简化一下。然后用gaussian算下配位原子的大概位置。有水的话就得加水呀
3 没有区别。那你就增大maxcycle 试试吧。
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4楼2010-05-04 15:00:08
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