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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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jxzhao

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】金属配合物 已有2人参与

1、高斯计算金属配合物和初始结构有很大关系!我的配体分子比较大,含有扭动的环和键,请问如何寻找最优构象?用什么软件?
2、如何构建金属配合物的Gaussian输入文件?配体的可能络合位点比较多,而且没有晶体结构,金属在和配体络合的时候,应如何构建分子结构?金属配位键怎么画?(请不要举那个二茂铁的例子)
3、我在高斯中优化水中金属水合物的结构,出现很多不收敛的情况,是不是我的初始结构有问题?对于不收敛的情况我通过查文献等途径试了一些方法,但是都没有解决!这种情况一般大家是怎么解决的?
可能我的问题比较幼稚,还望大侠们不吝赐教,能举个实例最好了!
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ggdh

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★ ★ ★
zhou2009(金币+2): 2010-04-29 12:32
aylayl08(金币+1):谢谢提示 2010-04-29 16:37
jxzhao(金币+3): 2010-04-29 16:58
1。如果配位键不影响构象的话,可以用hyperchem,conformer in MS,或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能,由于是分子力学,所以要把几个配位原子fix。金属拿掉,因为没有力场参数。
2。不用画配位键,位置摆对就行了。络合位点多无法经验判断的情况下只能都算然后比较能量了。
3。减小步长,e.g. maxstep=5

[ Last edited by ggdh on 2010-4-29 at 12:32 ]
2楼2010-04-29 12:31:22
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jxzhao

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by ggdh at 2010-04-29 12:31:22:
1。如果配位键不影响构象的话,可以用hyperchem,conformer in MS,或者macromodel in schrondinger 中的conformation search功能,由于是分子力学,所以要把几个配位原子fix。金属拿掉,因为没有力场参数。
2。 ...

非常感谢!对于您的回答,我还有几个疑问:
1、如果单单是寻找配体分子的构象就不用固定配位原子了吧?
2、在画金属配合物的时候,按照您的做法,把金属原子摆在络合位点附近,让其自己优化,可是如果位置没有摆正,或是与真实位置相差较大,最后还会预测准确吗?如果有水分子参与配位又该如何处理?
3、我用的是iop(1/8=1)来减小步长,但是还是没有收敛,这个命令和您说的maxstep=5有什么区别?
3楼2010-04-29 17:07:50
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ggdh

专家顾问 (正式写手)

jxzhao(金币+3): 2010-05-05 13:17:31
1 是的
2 位置没摆正当然不行了。你可以先把配体简化一下。然后用gaussian算下配位原子的大概位置。有水的话就得加水呀
3 没有区别。那你就增大maxcycle 试试吧。
4楼2010-05-04 15:00:08
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