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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中如何将原子设置成离子？
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yangjun102

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta中如何将原子设置成离子？ 已有3人参与

比如说Na，我想把他设置成Na离子，让他带一个单位的正点，他的
block PAO.Basis如何设置，价电子在哪如何设置？
  请教各位高手了！
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siesta问题

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1楼 2010-04-20 21:19:34
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yangjun102 at 2010-04-21 04:19:43:



在ionic_charge 中设置电荷没有问题，赝势用Na原子的可以算。合理一些的考虑应该把Na3S轨道的电子去掉，在赝势生成前去掉3S上的一个电子，用这个Na离子的赝势再进行运算，输出文件中出现如下的错误：
SPLI ...

你在生成赝势的时候就把3S的电子去掉，但是保留这个轨道，这个时候2p的6个电子就成为价电子了，3S轨道可以看成是极化轨道。采用这样的赝势之后，为了区别于正常的Na原子，把这个Na离子标记成另一种元素，进行计算，这样不行吗？

[ Last edited by zhangguangping on 2010-4-21 at 06:09 ]
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弘德明志博学笃行
5楼2010-04-21 12:42:55
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
hometownlove(金币+1):谢谢交流 2010-04-21 14:15
我也想知道怎么做到！我看了一下说明书，好像没有一个地方这么设置。我估计是不是得给那个不同的原子另做一个赝势，然后把那个Na原子用另一种符号表示，类似于一种人造原子的方式，只不过这种人造原子和Na的的区别就是带点而已！我不知道对不对，希望楼主知道答案后告诉我一声，我也想解决这个问题！
谢谢！
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弘德明志博学笃行
2楼2010-04-21 09:36:54
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-04-21 11:29
引用回帖:
Originally posted by yangjun102 at 2010-04-20 14:19:34:
比如说Na，我想把他设置成Na离子，让他带一个单位的正点，他的
block PAO.Basis如何设置，价电子在哪如何设置？
  请教各位高手了！

楼主，你可以看一下siesta-3.0-b的手册的第24-25页，这个问题可能能够解决。当时我看手册的时候把这个地方忽略了。
----------------------------
%block PAO.Basis     # Define Basis set                                          
O 2 nodes 1.0        # Label, l_shells, type (opt), ionic_charge (opt)               
n=2 0 2 E 50.0 2.5   # n (opt if not using semicore levels),l,Nzeta,Softconf(opt
3.50 3.50            # rc(izeta=1,Nzeta)(Bohr)                                          
0.95 1.00            # scaleFactor(izeta=1,Nzeta) (opt)                                 
1 1 P 2              # l, Nzeta, PolOrb (opt), NzetaPol(opt)                              
3.50                 # rc(izeta=1,Nzeta)(Bohr)
H 1                  # Label, l_shells, type (opt), ionic_charge (opt)                                               
0 2 S 0.2            # l, Nzeta, Per-shell split norm parameter
5.00 0.00            # rc(izeta=1,Nzeta)(Bohr)                  
%endblock PAO.Basis
-------------------------------------------------------
ionic charge(is): Optional input. Net charge of species is. This is only used for
basis set generation purposes. Default value: 0.0 (neutral atom). Note that if the pseudopotential was generated in an ionic configuration, and no charge is specied in PAO.Basis, the ionic charge setting will be that of pseudopotential generation.
看这个解释，好像直接可以在生成赝势的时候解决这个问题。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-4-21 at 05:39 ]
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弘德明志博学笃行
3楼2010-04-21 10:10:26
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yangjun102

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-04-21 09:36:54:
我也想知道怎么做到！我看了一下说明书，好像没有一个地方这么设置。我估计是不是得给那个不同的原子另做一个赝势，然后把那个Na原子用另一种符号表示，类似于一种人造原子的方式，只不过这种人造原子和Na的的区别 ...

在ionic_charge 中设置电荷没有问题，赝势用Na原子的可以算。合理一些的考虑应该把Na3S轨道的电子去掉，在赝势生成前去掉3S上的一个电子，用这个Na离子的赝势再进行运算，输出文件中出现如下的错误：
SPLIT: Basis orbitals for state 3s
EGOFV: ERROR: Too many iterations. Stopping.
Z= 1.  L= 0  NNODE= 1  E=************  DE=         NaN
如何解决这个问题？期待和大家共同讨论！！
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4楼2010-04-21 11:19:43
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