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【原创】请问如何给蛋白质大分子中特定的氨基酸加氢原子或者脱氢原子 已有2人参与
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最近要做蛋白质生物大分子的QM MM计算，但是由于大分子中存在一些酸性或者碱性氨基酸，去除形成盐桥中和的部分，剩下的部分要自己加氢原子或者脱氢原子中和，看很多文献都提到这一步骤很关键，关键是都没有说具体什么怎么操作的，比如 文献中提到 Aspartates (Asp) and Glutamates (Glu) were used as negatively charged, arginines (Arg) and lysines (Lys) were used as positively charged, the histidines were singly protonated and hence electronically neutral 请问如果我确定了某些氨基酸需要加氢离子或者脱氢原子，具体怎么操作，用哪些软件能够实现? |
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2楼2010-04-23 17:06:11
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
luoqiquan(金币+2):谢谢 2010-07-29 14:02:41
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
luoqiquan(金币+2):谢谢 2010-07-29 14:02:41
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Aspartates (Asp) and Glutamates (Glu) were used as negatively charged, arginines (Arg) and lysines (Lys) were used as positively charged, the histidines were singly protonated and hence electronically neutral 很多软件默认操作就是这样的，例如amber， HIS质子化这里也没说清楚是HIE 还是HID， |
3楼2010-07-29 13:06:55