| 查看: 387 | 回复: 2 | |||
[交流]
【原创】请问如何给蛋白质大分子中特定的氨基酸加氢原子或者脱氢原子 已有2人参与
|
|
最近要做蛋白质生物大分子的QM MM计算，但是由于大分子中存在一些酸性或者碱性氨基酸，去除形成盐桥中和的部分，剩下的部分要自己加氢原子或者脱氢原子中和，看很多文献都提到这一步骤很关键，关键是都没有说具体什么怎么操作的，比如 文献中提到 Aspartates (Asp) and Glutamates (Glu) were used as negatively charged, arginines (Arg) and lysines (Lys) were used as positively charged, the histidines were singly protonated and hence electronically neutral 请问如果我确定了某些氨基酸需要加氢离子或者脱氢原子，具体怎么操作，用哪些软件能够实现? |
回复此楼» 猜你喜欢
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
-
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有218人回复
-
石墨烯转移--二氧化硅衬底石墨烯
已经有0人回复
-
笼目材料中量子自旋液体基态的证据
已经有0人回复
-
数学教学论硕士可以读数学物理博士吗？
已经有0人回复
-
德国亥姆霍兹Hereon中心汉堡分部招镁合金腐蚀裂变SCC课题方向2026公派博士生
已经有4人回复
-
澳门大学 应用物理及材料工程研究院 潘晖教授课题组诚招博士后
已经有11人回复
-
求助NH4V4O10晶体的CIF文件
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
2楼2010-04-23 17:06:11
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
luoqiquan(金币+2):谢谢 2010-07-29 14:02:41
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
luoqiquan(金币+2):谢谢 2010-07-29 14:02:41
|
Aspartates (Asp) and Glutamates (Glu) were used as negatively charged, arginines (Arg) and lysines (Lys) were used as positively charged, the histidines were singly protonated and hence electronically neutral 很多软件默认操作就是这样的，例如amber， HIS质子化这里也没说清楚是HIE 还是HID， |
3楼2010-07-29 13:06:55