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puyoung

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[交流] 【求助/交流】PCR结果比对，短串联重复序列次数问题已有2人参与

最近做了PCR，产物送测序后与NCBI上已知序列相比较发现，短串联重复序列重复次数不同，如下：
目的序列：aacctctttt tttaatttaa tttaatttaa tttaatttaa tttaatttaa tttaattttt gagacagggc
测序结果：AACCTCTTTT TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAA TTTAATTTTT GAGACAGGGC

想请教一下各位大侠，关于短串联重复序列，在特定种属特定基因的特定位点，就比如说我这个基因的位置，它的重复次数是可变的还是固定的？

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1楼2010-04-19 21:06:27

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yujiaping1

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-04-19 22:55

这种应该是微卫星序列，核心的短串联重复，往往是有差异的，这种差异是微卫星成为一种分子标记的理论基础，但是如果这种序列出现在某个基因的外显子中，通常也是不具有多态性的，就是没有差异，或者是差异3碱基的倍数，造成插入一个或者几个不影响蛋白质功能的氨基酸，不知道楼主给出的这段序列是处于什么位置的

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-4-19 at 21:24 ]

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2楼2010-04-19 21:23:38

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puyoung

金虫 (小有名气)

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引用回帖:

Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-19 21:23:38:
这种应该是微卫星序列，核心的短串联重复，往往是有差异的，这种差异是微卫星成为一种分子标记的理论基础，但是如果这种序列出现在某个基因的外显子中，通常也是不具有多态性的，就是没有差异，或者是差异3碱基的 ...

是出现在内含子中，不知道有没有差异~~~

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3楼2010-04-19 21:29:26

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