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puyoung

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】PCR结果比对,短串联重复序列次数问题 已有2人参与

最近做了PCR,产物送测序后与NCBI上已知序列相比较发现,短串联重复序列重复次数不同,如下:
目的序列:aacctctttt tttaatttaa tttaatttaa tttaatttaa tttaatttaa tttaattttt gagacagggc
测序结果:AACCTCTTTT TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAATTTAA TTTAA  TTTAATTTTT GAGACAGGGC

想请教一下各位大侠,关于短串联重复序列,在特定种属特定基因的特定位点,就比如说我这个基因的位置,它的重复次数是可变的还是固定的?
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):欢迎多来交流!:tiger06: 2010-04-19 22:55
这种应该是微卫星序列,核心的短串联重复,往往是有差异的,这种差异是微卫星成为一种分子标记的理论基础,但是如果这种序列出现在某个基因的外显子中,通常也是不具有多态性的,就是没有差异,或者是差异3碱基的倍数,造成插入一个或者几个不影响蛋白质功能的氨基酸,不知道楼主给出的这段序列是处于什么位置的

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-4-19 at 21:24 ]
2楼2010-04-19 21:23:38
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puyoung

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-19 21:23:38:
这种应该是微卫星序列,核心的短串联重复,往往是有差异的,这种差异是微卫星成为一种分子标记的理论基础,但是如果这种序列出现在某个基因的外显子中,通常也是不具有多态性的,就是没有差异,或者是差异3碱基的 ...

是出现在内含子中,不知道有没有差异~~~
3楼2010-04-19 21:29:26
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