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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】【求助】高分子模型密度很大怎么回事？ 已有2人参与

我是做高分子模拟的，根据论文上的结构，做出来的高分子模型密度很大，比实验室大将近一倍，原来做过几次别的体系，都没有这个问题，请问这是怎么回事？ 是不是分子结构不对造成的?

我用的力场参数和原来一样，唯一改变的就是体系。
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1楼 2010-04-14 21:36:40
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
allenjobsf853(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-15 09:32
大一倍也正常，但是如果以前的体系算出来对，现在的体系不对了，那就很奇怪了
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2楼2010-04-14 21:55:36
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1):多谢回帖交流！ 2010-04-15 10:29
个人觉得是分子结构没有造好，我用的PCFF力场，以前做的几个体系密度都和实验值接近，差别在4%以内， 但是这个差一倍，很奇怪的结果
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3楼2010-04-15 09:12:52
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
发现问题了，其他人也做过这个模拟，人家的密度值也很大，这说明不是我的问题，

可是问题在于，如果密度相差很多，说明体系不合理啊，难道这样的文章也能发表啊？
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4楼2010-04-15 15:38:07
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2):3q 2010-04-15 20:25
allenjobsf853(金币+1): 2010-04-16 15:55
不是体系不合理，那是力场对结构不能准确描述了，但是可能动力学性质还是准确的，pcff对PC类物质描述很准确。
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5楼2010-04-15 20:15:37
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
个人感觉这个聚合物的结构比较简单，不应该存在密度不准确的问题

发表的论文作者只用NVT 不用NPT  用MS建模时就把密度设定成实验值，这样怎么NVT密度就不变了， PCFF & COMPASS力场我都试了 一样的结果

我感觉这么做下去不合理，毕竟密度是衡量模型（对聚合物来说）的重要指标之一
这么做下去感觉不舒服，自己都觉得不合理，发表了也没什么意思
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6楼2010-04-16 15:38:47
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qasd

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-17 13:46
他可能不侧重于结构性质，想准确的话一般来说通用力场都不能描述所有的性质吧，用专用力场看看
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7楼2010-04-17 12:13:29
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)
针对这个体系的专用力场我还没发现，谢谢各位了 我再想想吧 和boss商量下 看看怎么办
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8楼2010-04-17 22:03:31
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