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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】【求助】高分子模型密度很大怎么回事? 已有2人参与

我是做高分子模拟的,根据论文上的结构,做出来的高分子模型密度很大,比实验室大将近一倍,原来做过几次别的体系,都没有这个问题,请问这是怎么回事? 是不是分子结构不对造成的?

我用的力场参数和原来一样,唯一改变的就是体系。
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
allenjobsf853(金币+1):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-15 09:32
大一倍也正常,但是如果以前的体系算出来对,现在的体系不对了,那就很奇怪了
2楼2010-04-14 21:55:36
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)


zeoliters(金币+1):多谢回帖交流! 2010-04-15 10:29
个人觉得是分子结构没有造好,我用的PCFF力场,以前做的几个体系密度都和实验值接近,差别在4%以内, 但是这个差一倍,很奇怪的结果
3楼2010-04-15 09:12:52
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

发现问题了,其他人也做过这个模拟,人家的密度值也很大,这说明不是我的问题,

可是问题在于,如果密度相差很多,说明体系不合理啊,难道这样的文章也能发表啊?
4楼2010-04-15 15:38:07
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★
lei0736(金币+2):3q 2010-04-15 20:25
allenjobsf853(金币+1): 2010-04-16 15:55
不是体系不合理,那是力场对结构不能准确描述了,但是可能动力学性质还是准确的,pcff对PC类物质描述很准确。
5楼2010-04-15 20:15:37
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

个人感觉这个聚合物的结构比较简单,不应该存在密度不准确的问题

发表的论文作者只用NVT 不用NPT  用MS建模时就把密度设定成实验值,这样怎么NVT密度就不变了, PCFF & COMPASS力场我都试了 一样的结果

我感觉这么做下去不合理,毕竟密度是衡量模型(对聚合物来说)的重要指标之一
这么做下去感觉不舒服,自己都觉得不合理,发表了也没什么意思
6楼2010-04-16 15:38:47
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qasd

木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-17 13:46
他可能不侧重于结构性质,想准确的话一般来说通用力场都不能描述所有的性质吧,用专用力场看看
7楼2010-04-17 12:13:29
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allenjobsf853

铜虫 (小有名气)

针对这个体系的专用力场我还没发现,谢谢各位了 我再想想吧 和boss商量下 看看怎么办
8楼2010-04-17 22:03:31
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