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ppcat

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】黄酮类物质糖苷键断裂能量的计算求教!已有2人参与

外行请教一下,一个带糖苷的黄酮类物质,如果想让糖苷从黄酮母体上断裂下来需要的能量怎么计算?不知道发在本版是否合适!
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

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yzcluster(金币+3): 2010-04-08 10:39
你所说的需要的能量是指什么呢?如果仅仅是指这个键能,可以分别作结构优化,计算其热力学能量差。
如果是指实际发生的反应,首先应该去看文献,有没有实验测定反应活化能(表观活化能),那就是你想要的所谓糖苷从黄酮母体上断裂下来需要的动力学的能量。如果没有实验数据,那就需要查文献,看看有没有反应机理,如果有,就按照那个机理去寻找你这个体系的过渡态,计算一下活化能,如果没有,那么恭喜你,你有事情做了——做实验,实测动力学数据(活化能、熵),猜测机理,实验寻找证据,找不到就换猜测机理,再找证据(证实或者证伪),感觉靠谱了,开始模拟计算,计算结果匹配上了,发文章吧,不匹配?如果证实不是计算的问题,回头去修正机理,重头再来。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
2楼2010-04-07 23:42:26
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ppcat

木虫 (小有名气)

我是想通过计算的方式或模拟的方式来求得一个大概的断裂该键的能耗,仅仅是想从原理上来探讨,是否有专门的软件可以辅助计算?非常感谢您的回复!
3楼2010-04-08 09:23:46
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zhangmt

至尊木虫 (著名写手)

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zhou2009(金币+2): 2010-04-08 16:35
如果是直接断裂的,那就没必要做什么过渡态了吧。直接拉断了就是。
不过实际过程,也许要考虑溶剂化的作用,也许有催化的步骤等,要看实际体系了。
分子不大的话,可以用gaussian计算。
一群自以为正义凛然的年轻人将一切不能以科学解释的事情定性为封建迷信并大刀阔斧地进行消灭,其实这是修养不足学识浅薄的一种体现,也是可恶的偏执和愚蠢的自以
4楼2010-04-08 13:22:01
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ppcat

木虫 (小有名气)

非常感谢!
5楼2010-04-08 16:29:54
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