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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【其他】在线答疑:VASP的问题
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞

[交流] 【其他】在线答疑:VASP的问题 已有104人参与

vasp是一个很不错的软件，尤其称道的是他的计算速度和稳定性。
由于wuchenwf版主即将隐退，特开此贴。
本人能力也极其有限，所以在此抛砖引玉，标题虽是答疑，但是我觉得更应该是讨论。大家术业有专攻，VASP的每个方面不可能都掌握。希望和大家也共同进步。

老帖地址（供大家参考）（wuchenwf）：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1740019&fpage=1

老帖地址（供大家参考）（九尾鱼）：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=679096&fpage=1

老帖地址（供大家参考）（wuchenwf）：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1083523
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真理是一点点接近的！
1楼 2010-04-06 11:31:28
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
manual上关于surface calculations的第一步 bulk calculation 中在做收敛测试时一会讲bulk，一会讲表面，感觉说的一点也不清晰，可能是我没理解到。原文如下。请各位帮忙顺一下：
As a first step perform a bulk calculation, use the tetrahedron method and increase the number of k-points till your calculation is converged to the required accuracy. What is the required accuracy: Sorry, no general answer to this question, if you want to calculate surface energies within 10 meV you should probably increase the k-mesh till your energy is converged to 1 meV. Mind that a slab used to model the bulk usually contains around 20-100 atoms. This means that you need a very accurate bulk energy to get reliable surface energies. Once again, be as careful as possible. If you generate the param.inc file automatically chose ”PREC=High” for the bulk calculation.
As a second step switch from the tetrahedron method to a finite temperature method. （为什么呀？） There are two possible choices at this moment:
• You can use the Gaussian method (ISMEAR=0) and a small SIGMA value (SIGMA=0.1). This method was previously used quite frequently, nevertheless we prefer the second choice:
• Use the method of Methfessel-Paxton with N = 1. SIGMA should be as large as possible but the difference between the free energy and the total energy (i.e. the term ” entropy T*S”) in the OUTCAR should be negligible. The entropy term gives you a good estimation of the possible errors, and must be within the accuracy you want to obtain (taking the previous example approximately 1 meV).
From now on you should neither change ISMEAR nor SIGMA nor ENCUT （encut不是还没测试吗？）. Repeat the bulk-calculations with an increasing set of k-points. The convergence speed with respect to the number of k-points should be almost the same as with the tetrahedron method. （这又是为什么呢？）
Choose a reasonable set of k-points and the energy cut-off you want to use for the surface calculation （怎么选呢？前面说的是bulk的k-points，这里又要从新测试吧？）and calculate the equilibrium lattice constant （不是应该在较高encut和kpoints的情况下先算lattice吗，完了之后在单点测试其他参数吗？）. Avoid wrap around errors (”PREC=High” for the makeparam utility). The lattice constant you obtain must be used as the lattice constant in the surface calculations. The free energy is the references value for all further calculations. Also calculate the entropy (i.e. the term
entropy T*S in the OUTCAR file) or write down the total energy and the physical energy (σ → 0).

请各位赐教！多谢！

[ Last edited by lgxyz on 2010-10-16 at 15:25 ]
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119楼2010-10-16 15:20:57
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lishufei

金虫 (正式写手)

vasp安装

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问一下前辈
今天我把vasp4.6安装成功啦。
但我在输入命令vasp时不能运算。
说是找不到这个命令。
怎样改一下啊。
我su后口令
vasp它还说找不到命令。
怎么办啊   我明明安装是成功的啊



好像以前师兄把root 改成bin
怎么改？ 谢谢前辈啊
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2楼2010-04-13 21:12:08
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lishufei

金虫 (正式写手)
★ ★
xiaohunhun(金币+2):xiexie 2010-04-13 22:53
gavinliu7390:你的编译过程应该没问题。 2010-04-14 07:41
说明一下我安装的是串行的安装方法如下：
vasp4.6 安装全部过程
串行所需文件
l_fc_c_9.1.036.tar     l_mkl_p_9.1.023.tar    makefile 串行    NCOM_L_MKL__NP5T-TXVGVMK8.lic     vasp.4.6.tar.gz       vasp.4.lib.tar.gz
NCOM_L_CMP_FOR_NC5M-MNS7LCG3.lic
1. 解压l_mkl_p_9.1.023.tar
    命令 tar  -xvf  l_mkl_p_9.1.023.tar
     进入l_mkl_p_9.1.023   命令cd l_mkl_p_9.1.023
     安装 ./install.sh
     以后按照安装说明进行。
2  解压 l_fc_c_9.1.036.tar
    命令  tar  -xvf l_fc_c_9.1.036.tar
     进入l_fc_c_9.1.036 命令 cd  l_fc_c_9.1.036.tar
     安装 ./install.sh
     以后按照安装说明进行。
注意所有安装都在root下 进入安装说明里会有提示。
3   改变量环境
    退出后 进入根目录su 口令
     新目录要cd 再回车 显示~
     输入 vi .bashrc  回车
     进入后改成   
      # .bashrc

      # User specific aliases and functions

        alias rm='rm -i'
        alias cp='cp -i'
        alias mv='mv -i'
        PATH="$PATH:/usr/local/bin"  (该部分为mpich2的路径）注意安装并行才用
        # Source global definitions
         if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc

       fi   （以下为mkl及fortran安装后需设置的环境变量）
         export  LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t:/opt/intel/fce/9.1.036/lib
. /opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh
export  LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh:$LD_LIBRARY_PATH
注意进入后按i才能对内容修改。
改好后按esc键 ：wq 这是保存并退出。
保存后在终端执行命令source /root/.bashrc就可以了
执行没错即可。
4  进入放文件的目录 cd  
  解压vasp.4.6.tar.gz    和   vasp.4.lib.tar.gz
   tar xzvf vasp.4.6.tar.gz  和tar xzvf vasp.4.lib.tar.gz
进入vasp.4.lib目录 cd vasp.4.lib
cp makefile.linux_ifc_P4  makefile
打开makefile文件修改FC=ifort 保存文件
make
编译成功后，得到libdmy.a文件。
5  退出vasp.4.lib目录 进入vasp.4.6目录
  把上面的makefile拷贝到vasp.4.6里去。（这里面是修改过的不需要改动）
进行make
运行结束安装成功。如果显示某行错误可在打开makefile文件找到那行，如果前面没有#就加上#，如果有#就去掉#。在进行make。
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3楼2010-04-13 21:14:24
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★ ★ ★ ★ ★
aylayl08(金币+5):谢谢解答 2010-04-15 08:38
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-04-13 21:12:08:
问一下前辈
今天我把vasp4.6安装成功啦。
但我在输入命令vasp时不能运算。
说是找不到这个命令。
怎样改一下啊。
我su后口令
vasp它还说找不到命令。
怎么办啊   我明明安装是成功的啊



好像以前师兄 ...

如果你的vasp已经编译成功，找不到命令。一般解决办法有三种。由于编译好后会生成一个vasp文件。
一，你可以将这个vasp文件考到~/bin目录下。然后在系统的任何位置都可以执行vasp.
二，如果上面的方法不可以，你就考到/usr/local/bin　目录下，不过这个需要超级用户密码。
三，例如你编译成功的目录是~/software/vasp/，你在任何位置执行的时候可以直接执行~/software/vasp/vasp，　也可以。
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真理是一点点接近的！
4楼2010-04-14 07:39:56
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