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wangqk198738金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】再请教关于基因芯片和微阵列方面的问题，区长说重重奖励！ 已有2人参与
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目前我们要分析两个基因表达数据集：yeast cell cycle和Lyer的血清数据集。 1、yeast cell cycle数据集为Yeung等取自Cho1998年的实验数据中选取384条基因2个细胞周期（17个时间点）下的表达值，共含5种类型。 2、Lyer的数据集是尝试研究纤维原细胞对血清刺激的反应，利用cDNA微阵列观察大约8600个基因，以获得隐藏在这些反应背后即时转录程序。对来自新生包皮的纤维原细胞进行原代培养，脱离血清，诱导其维持稳定状态48小时，然后用加有l0%FBS的介质刺激。用DNA微阵列杂交，检测8613个基因在刺激后15min-24h之间，12个时间点mRNA水平的即时变化。本数据集从中选择出517个mRNA水平因血清刺激改变显著的基因。  1、mRNA从提取到逆转录再进行杂交的过程中是怎样一个变化，与数据集中提到的两个细胞周期有什么关系？是否是在一个时间点提取所有基因的mRNA进行杂交、成像？下一个时间点再重复这一过程？ 2、利用基因芯片来测基因表达数据主要是测mRNA的丰度，请问在细胞分裂的过程中mRNA的丰度是一个什么变化情况，哪一个时期丰度差别比较明显？在实验过程中有些时段是否需要重点观察？ 3、基因表达数据集中上面12个时间点大概各属于细胞分裂的哪个周期，在生物领域有没有这样的说明？或者能不能推断出来？ 4、基因表达数据的获取问题，实验中是将提取出的mRNA逆转录为cDNA，再进行杂交，而逆转录这一过程一般只发生在病毒细胞中，为什么不制作mRNA 探针直接测定mRNA的丰度值？ 5、如何通过cDNA杂交得到mRNA的丰度表达水平？ [ Last edited by wangqk198738 on 2010-4-6 at 06:43 ] |
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