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[交流]
【求助/交流】求昆虫 COI引物设计或选用 已有1人参与
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 我想用COI引物，但在NCBI上查到同一科的昆虫用的COI引物不同 ， 1.有的用两个引物lLCO和HCO及C1-J-2183和 TL2-N-3014， LCO, 5′-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3 ′; HCO, 5′-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3′ C1-J-2183, 5′-CAA CAT TTA TTT TGA TTT TTT GG-3′; TL2-N-3014, 5′-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3′ 2.有的用其中一个： LCO, 5′-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3 ′; HCO, 5′-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3′ 3.有的上游用C1-J-2183，下游自己设计： (C1-J-2183)(5′ CAA CAT TTA TTT TGA TTT TTT GG 3′) (reproduced from Simon et al.,1994), and a modified version of C1-N-2968 (Sperling et al., 1997) named K866(C1-N-2972) (5′GTA TTT CGT TAT AA/T/C/GG AA/GT GTT 3′). Becausethis sequence was too long to be sequenced in one step, two internal primers weredesigned for amplification with the end-primers, namely LimH2929 (C1-N-2609)(5′CGA ATA CTG CTC CTA TTG ATA 3′) to work with Jerry, and Nils (C1-J-2387) (5′TCA CCA TCA ATA TTG TGA AC 3′) to work with K866. 4.有的用两对引物为： C1-J-2183 Forward 5_- CAACATTTATTTTGATTTTTTGG-3_ TL2-N-3014 Reverse 5_-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3_ C1-J-2530 Forward 5_-GGAGTAATTCTAGCCAACTC-3_ C1-N-2609 Reverse 5_- GAATACTGCTCCTATGGATA-3_ 5.有的用： LR-J-13417 (5‘-CGCCTGTTTAACAAAAACAT-3‘) (Simon et al., 1994) LRJ-12961 (5‘-TTTAATCCAACATCGAGG-3’) (Cognatoand Vogler, 2001). 两个引物即两个反应，测序费用太高（一个物种测两个反应，两份费用），我想用一个引物完成实验。我可能用他们的部分结果比对，我该如何选用引物？上面哪些引物即经济、结果又能互相匹配（结果互相比对）。 不同的引物，产物可否互相比对。 请高手指点，多谢 ！ |
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2楼2010-04-04 00:01:07
