24小时热门版块排行榜    

查看: 1782  |  回复: 18

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
11楼2010-04-07 08:28:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by shalene at 2010-04-06 09:32:15:
我以前也碰到过类似的情况,mpich2+ifort9+MKL8可以正常编译并并行运行其它程序,dalton不行。论坛问,无果。google之,可能的原因是dalton本身太老,新版mkl一级mpich2与它有兼容问题。后换成mpich+ifort9+atlas ...

谢谢牛人啊!一开始的思路就定位在要用外部函数(mkl)来加快计算速度!结果没有考虑到不兼容的问题!导致编译通过,计算出一些排查不出的错误!看来是欲速则不达啊!
我用的是fiort-10.1和openmpi-1.2.6,另外好像自动生成的编译参数对C都不适用!新的编译器不认C的这些编译参数!对C就剩下一个-O3就可以了!
谢谢楼主的提醒啊!现在已经HAPPY dalton 了!
弘德明志博学笃行
12楼2010-04-07 10:19:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by shalene at 2010-04-06 09:32:15:
我以前也碰到过类似的情况,mpich2+ifort9+MKL8可以正常编译并并行运行其它程序,dalton不行。论坛问,无果。google之,可能的原因是dalton本身太老,新版mkl一级mpich2与它有兼容问题。后换成mpich+ifort9+atlas ...

谢谢您的提醒啊!用的你方法安装好并行了!没有使用外部的函数,全不用内部提供的函数就可以!看来是有兼容性的问题!另外编译参数也好像有问题!对C的编译自己产生的编译参数都不能用对ifort-10.1来说!我只有了-O3.编译过了!
弘德明志博学笃行
13楼2010-04-07 11:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的

我现在按照你说的方法编译好,并且并行能算出来了!出了一些错误是因为程序里面的参数受到限制。这种错误我都去通过把相应的参数调大,解决了!但是有一个任务出来的错误不知道怎么处理!我已经定位到代码当中了,但是不属于调大参数能解决的问题!我现在把它贴出来!看能不能解决!谢谢了!
续下::::
弘德明志博学笃行
14楼2010-04-07 19:53:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的

续上::::
.dal文件是:
-----------------------------
**DALTON INPUT
.RUN RESPONSE
.PARALLEL
.DIRECT
**INTEGRALS
.DIPLEN
**WAVE FUNCTION
.DFT
B3LYP
**RESPONSE
*QUADRATIC
.TWO-PHOTON
.ROOTS
10
**PROPERTIES
*END OF

-------------------------------
弘德明志博学笃行
15楼2010-04-07 19:56:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的

续上::::
.mol文件是:
---------------------
BASIS
6-31G*
-----
-----
   2      
    6.0    66
C      -3.802679    -11.176961     -1.205503
C      -5.100718     -8.941566     -0.748898
C      -7.753348     -9.003028     -0.656813
C      -9.009070    -11.282589     -0.992091
C      -7.707133    -13.521107     -1.429794
C      -5.086722    -13.431847     -1.538484
C      -3.741632     -6.612752     -0.405798
C      -2.614043     -4.682233     -0.153879
C      -1.287206     -2.320051      0.001204
C      -2.646165     -0.039905      0.021650
C      -1.355664      2.266444      0.000321
C       1.297998      2.303316      0.021021
C       2.650630      0.033444     -0.000813
C       1.355219     -2.282750      0.022594
C       2.612185      4.672569      0.174715
C       3.666749      6.643722      0.427380
C       4.945675      9.016445      0.774263
C       3.639475     11.314219      0.645316
C       4.948248     13.573877      0.988599
C       7.520777     13.613122      1.469151
C       8.794153     11.312651      1.615017
C       7.530887      9.057541      1.276004
C       0.961976     11.354685      0.186837
C      -1.258660     11.321868     -0.171174
C      -3.934282     11.210933     -0.629541
C      -5.180838      8.879936     -0.757236
C      -7.766038      8.854286     -1.259843
C      -9.086847     11.076023     -1.600648
C      -7.872878     13.408215     -1.456185
C      -5.300526     13.435840     -0.975019
C      -2.733042      4.599588     -0.155601
C      -3.840804      6.541263     -0.409115
C      -5.355473     -0.082006      0.174560
C      -7.590929     -0.146909      0.420422
C     -10.287343     -0.213851      0.758038
C     -11.636919     -2.494749      0.590635
C     -14.239428     -2.486974      0.924212
C     -15.557827     -0.273573      1.435762
C     -14.200295      1.964187      1.618866
C     -11.605113      1.993675      1.287578
C       2.751582     -4.604288      0.179355
C       3.932770     -6.502380      0.431268
C       5.353499     -8.793584      0.773594
C       4.103554    -11.054548      1.286382
C       5.430647    -13.273866      1.617121
C       8.058418    -13.317326      1.450896
C       9.304086    -11.068477      0.961378
C       7.995694     -8.807159      0.627374
C       5.359433      0.061554     -0.160671
C       7.594078      0.057030     -0.420671
C      10.288450      0.055809     -0.777478
C      11.551772      2.301395     -1.278686
C      14.144685      2.337821     -1.626766
C      15.554982      0.129560     -1.488677
C      14.290481     -2.121492     -1.005580
C      11.690857     -2.195766     -0.655391
C     -10.328929     -4.826072      0.105210
C      -9.161633     -6.717098     -0.241970
C      10.447928     -4.568222     -0.196166
C       9.364064     -6.506388      0.163166
C      -9.132282    -15.970081     -1.785365
C     -18.390797     -0.333760      1.789783
C       9.494493    -15.759041      1.808713
C      18.386677      0.141560     -1.860329
C      -9.336514     15.831291     -1.828839
C       8.921006     16.074293      1.838775
    1.0    36
H     -15.241122     -4.250309      0.787072
H     -15.169487      3.703554      2.029747
H     -11.082186     11.000789     -1.989881
H      -4.308667     15.205288     -0.867524
H       4.417437    -14.992413      2.015357
H      11.331447    -11.039049      0.837974
H     -11.040094    -11.293199     -0.914457
H      -4.031817    -15.133546     -1.891951
H      15.070351      4.105790     -2.015115
H      15.332932     -3.863338     -0.903667
H      10.790826     11.288640      2.003715
H       3.911136     15.317025      0.879800
H      -1.776452    -11.133522     -1.318883
H       2.079684    -11.042569      1.443059
H      10.483401      4.022047     -1.414577
H       8.530467      7.296352      1.417025
H      -8.720373      7.068237     -1.400259
H     -10.577643      3.735866      1.459216
H      -8.118070     17.469561     -1.669650
H     -10.220531     15.878941     -3.680482
H     -10.825804     16.013632     -0.428267
H     -19.129721      1.535210      2.184558
H     -19.328552     -1.040830      0.106699
H     -18.912331     -1.560976      3.349794
H      -7.851823    -17.531349     -2.128537
H     -10.246831    -16.421707     -0.122227
H     -10.420291    -15.848373     -3.378397
H       7.658386     17.679146      1.683873
H       9.809502     16.145699      3.687546
H      10.401019     16.297762      0.434231
H      19.077496      2.032866     -2.235198
H      19.352522     -0.564110     -0.192527
H      18.928799     -1.052611     -3.438889
H      11.515010    -15.464871      1.651062
H       9.116267    -16.570812      3.655359
H       8.946930    -17.147398      0.399561
end of input
-----------------------
弘德明志博学笃行
16楼2010-04-07 19:57:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的

续上::::
.out中出的错误是:
-----------------------
EWMO - Energy Weighted Maximum Overlap - is a Huckel type method,
which normally is better than Extended Huckel Theory.
Reference: Linderberg and Ohrm, Propagators in Quantum Chemistry (Wiley, 1973)

Huckel EWMO eigenvalues for symmetry :  1
          -11.362701     -11.360674     -11.360668     -11.360631     -11.359233
          -11.359231     -11.358202     -11.357482     -11.357479     -11.356409
          -11.355528     -11.355515     -11.354235     -11.354149     -11.354135
          -11.353623     -11.351324     -11.351319     -11.350140     -11.350128
          -11.349850     -11.349413     -11.348717     -11.348707     -11.348356
          -11.347588     -11.347587     -11.346816     -11.346698     -11.346696
          -11.343758     -11.343758     -11.343241     -11.343232     -11.342886
          -11.342885     -11.341369     -11.341340     -11.341077     -11.340968
          -11.340948     -11.340094     -11.340007     -11.340006     -11.339655
          -11.339596     -11.339556     -11.339553     -11.339355     -11.339352
          -11.337355     -11.336382     -11.336380     -11.336299     -11.336271
          -11.336151     -11.336151     -11.334952     -11.334591     -11.334584
          -11.334391     -11.334208     -11.334204     -11.333769     -11.333763
          -11.333621      -2.040530      -1.998228      -1.998159      -1.997452
           -1.972193      -1.972122      -1.957736      -1.764008      -1.763928
           -1.720729      -1.693771      -1.693703      -1.671046      -1.650375
           -1.650152      -1.612341      -1.582227      -1.582070      -1.509797
           -1.509489      -1.481575      -1.449342      -1.440561      -1.440315
           -1.363053      -1.348831      -1.348667      -1.265981      -1.243960
           -1.243491      -1.223432      -1.223366      -1.174381      -1.128568
           -1.104582      -1.103743      -1.101268      -1.072278      -1.064291
           -1.064231      -1.062913      -1.017147      -1.016794      -0.998316
           -0.997862      -0.990790      -0.990504      -0.968538      -0.942231
           -0.935121      -0.935006      -0.932253      -0.932176      -0.930793
           -0.883331      -0.850413      -0.848373      -0.846781      -0.836224
           -0.809312      -0.784929      -0.784563      -0.766246      -0.765165
           -0.760817      -0.760303      -0.749291      -0.739797      -0.739730
           -0.722241      -0.720104      -0.720087      -0.705083      -0.703710
           -0.696296      -0.694398      -0.690798      -0.689652      -0.678360
           -0.656357      -0.654378      -0.650623      -0.631347      -0.623928
           -0.621056      -0.619943      -0.611520      -0.609419      -0.593676
           -0.592346      -0.588172      -0.586092      -0.585798      -0.572079
           -0.569194      -0.568982      -0.564337      -0.557891      -0.557370
           -0.553411      -0.544765      -0.543999      -0.543890      -0.539592
           -0.525450      -0.523783      -0.520626      -0.517713      -0.517305
           -0.515821      -0.514482      -0.514057      -0.493343      -0.492735
           -0.490625      -0.489235      -0.488884      -0.481998      -0.467745
           -0.467714      -0.458872      -0.457157      -0.456654      -0.451165
           -0.450275      -0.447638      -0.445414      -0.445027      -0.438853
           -0.436602      -0.432387      -0.431676      -0.427729      -0.418153
           -0.417833      -0.412593      -0.412224      -0.405975      -0.402257
           -0.398406      -0.396709      -0.396403      -0.395921      -0.384630
           -0.384088      -0.383271      -0.381442      -0.380782      -0.373323
           -0.373290      -0.302211      -0.301520      -0.291392      -0.279448
           -0.278692      -0.270588      -0.264658      -0.261062      -0.260213
           -0.250547      -0.249881      -0.249314      -0.241597      -0.241275
           -0.224652      -0.224513      -0.223756      -0.220844      -0.220737
           -0.219437      -0.217054      -0.216318      -0.216259      -0.209057
           -0.208931      -0.208783      -0.207158      -0.206150      -0.203073
           -0.202946      -0.186725      -0.186686      -0.176705      -0.174372
           -0.174337      -0.171411      -0.165235      -0.165159      -0.158493
           -0.148009      -0.147910      -0.147351      -0.146753      -0.142487
           -0.142363      -0.141890      -0.138426      -0.138419      -0.137221
           -0.136379      -0.136261      -0.132197      -0.131715      -0.131225
           -0.128380      -0.128067      -0.127781      -0.125648      -0.125143
           -0.124694      -0.124628      -0.122884      -0.122839      -0.121112
           -0.120653      -0.120575      -0.120411      -0.120164      -0.119752
           -0.119628      -0.119602      -0.119601      -0.119585      -0.119560
           -0.119560      -0.119454      -0.119277      -0.118813      -0.118747
           -0.118708      -0.118505      -0.118017      -0.118000      -0.117993
           -0.117035      -0.115362      -0.115296      -0.112961      -0.112940
           -0.111321      -0.110549      -0.110392      -0.110122      -0.108883
           -0.107890      -0.107657      -0.107512      -0.106874      -0.106750
           -0.103176      -0.102983      -0.101840      -0.101712      -0.101664
           -0.100567      -0.099691      -0.099451      -0.097917      -0.097674
           -0.097413      -0.097317      -0.097246      -0.097020      -0.096822
           -0.096741      -0.096168      -0.095977      -0.095631      -0.095430
           -0.094214      -0.092951      -0.092633      -0.092466      -0.092133
           -0.092048      -0.090688      -0.090659      -0.085743      -0.085697
           -0.085688      -0.085661      -0.085250      -0.085242      -0.084493
           -0.079242      -0.077461      -0.077453      -0.077047      -0.076786
           -0.076729      -0.076719      -0.053856      -0.051998      -0.051982
           -0.051976      -0.051059      -0.051054      -0.050226      -0.050224
           -0.050179

  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
     Date and time (Linux)  : Wed Apr  7 17:33:13 2010
     Host name              : cl232                                   

Reason: ERROR (MOLLAB) MOLECULE label not found on file

>>>> Total CPU  time used in DALTON:  2 minutes 17 seconds
>>>> Total wall time used in DALTON:  2 minutes 17 seconds

QTRACE dump of internal trace stack

========================
      level    module
========================
          7    SETWOP      
          6    SIRSET      
          5    SIRRDI      
          4    SIRINP      
          3    SIRCTL      
          2    SIRIUS      
          1    DALTON      
========================

---------------------
弘德明志博学笃行
17楼2010-04-07 19:59:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧,当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题,最后是给charm++小组写信才得到答案的

续上::::
其中DALTON.ERR文件我查看的时候是乱码,需要转化(十六)进制才能查看,并且里面也是有乱码!
我把转化后的图片贴一下:
弘德明志博学笃行
18楼2010-04-07 20:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by shalene at 2010-04-06 09:32:15:
我以前也碰到过类似的情况,mpich2+ifort9+MKL8可以正常编译并并行运行其它程序,dalton不行。论坛问,无果。google之,可能的原因是dalton本身太老,新版mkl一级mpich2与它有兼容问题。后换成mpich+ifort9+atlas ...

我什么外部数学函数也没用,编译出来的dalton能计算东西了。
弘德明志博学笃行
19楼2010-05-06 17:57:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangguangping 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见