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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】dalton-2.0编译及测试问题【完结】
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】dalton-2.0编译及测试问题【完结】 已有3人参与

我现在在集群上安装dalton-2.0,使用的是已经安装好了的ifort-10,mkl10.2,openmpi-1.2.6.这三个组件都能正常工作（编译出来的其他的程序能并行计算）！但是现在编译dalton-2.0的时候编译倒是通过了，但是就是不能算东西！连测试也通不过！
我的系统是suse，机器是intel的！
我的配置文件是：
--------------------------
ARCH          = linux
FMMDIR        = mm
#
CPPFLAGS      = -DVAR_LINSCA -DVAR_IFC -DMOD_FMM -DGFORTRAN=412 -DSYS_LINUX -DVAR_MFDS -D'INSTALL_WRKMEM=20000000' -D'INSTALL_BASDIR="/home/zhanggp/software/dalton-2.0/basis/"' -DVAR_MPI -DIMPLICIT_NONE -DSMALL_STATIC_ALLOCATION
F77           = mpif90
F90           = mpif90
FLNK          = mpif90
CC            = mpicc
RM            = rm -f
FFLAGS        = -O3 -w -g
F90OPTFLAGS   = -O3 -w -fpp -g
SAFEFFLAGS    = -O2 -w -g
CFLAGS        = -O3 -std=c99 -DRESTRICT=restrict -DFUNDERSCORE=1
INCLUDES      = -I../include
LIBS          = -L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
INSTALLDIR    = /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin
PDPACK_EXTRAS = linpack.o eispack.o gp_dlapack.o gp_zlapack.o
GP_EXTRAS     =
AR            = ar
ARFLAGS       =  rvs
#
default : linuxparallel.x
#
# Parallel initialization
#
MPI_INCLUDE_DIR =
MPI_LIB_PATH    =
MPI_LIB         =
#
#
# Suffix rules C
#
.SUFFIXES : .f90 .F .o .c

.f90.o:
        $(F90) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(F90OPTFLAGS) -c $*.f90

.F.o:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F

.c.o:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c

#ajt Remove debian linux built-in rule
%.o: %.mod
------------------------
测试出的问题是（剪切的其中一个测试的错误）：
---------------------------
###########################################################
start now with test cc_rsp_twophotdirect:
-----------------------------------------------------------
   cc_rsp_twophotdirect
   --------------------
   Molecule:         HF in C2v
   Wave Functions:   CCS, CC2, CCSD / 6-31G**
   Test Purpose:     Integral-direct calculation of twophoton
                     transition moments
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...
100
   Dalton Release 2.0 (Feb. 2005)
   Invocation: /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/../bin/dalton -ext log cc_rsp_twophotdirect cc_rsp_twophotdirect
   Sat Apr  3 21:15:49 CST 2010
   Calculation: cc_rsp_twophotdirect  (input files: cc_rsp_twophotdirect.dal and cc_rsp_twophotdirect.mol)
   Input dir  : /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/2010-04-03T21_03-testjob
   Scratch dir: /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect
  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
     Date and time (Linux)  : Sat Apr  3 21:16:29 2010
     Host name              : cl232                                   
Reason: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...
>>>> Total CPU  time used in DALTON:  36.06 seconds
>>>> Total wall time used in DALTON:  40.00 seconds
Error in /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin/dalton.x, exit code 100
cc_rsp_twophotdirect.tar.gz has been copied to /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/2010-04-03T21_03-testjob
- THEREFORE scratch directory /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect is not deleted
  by this script so you may restart the calculation, if possible
  ( /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect may be deleted by your queueing system )
- REMEMBER to delete /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect yourself !!!

evaluate output file ./cc_rsp_twophotdirect.log:
-----------------------------------------------------------
TEST FAILED ABNORMALLY
###########################################################

-----------------------------
两外我想所有的数学库函数都想用MKL的， linpack.o eispack.o gp_dlapack.o gp_zlapack.o这四个都不想采用！该怎么弄啊？
虫子高手帮帮忙吧！
在线等待！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-9 at 06:56 ]
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弘德明志博学笃行
1楼 2010-04-03 21:27:44
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-07 01:28:37:
你最好给Dalton小组写信问问吧，当初用intel编译charm++时也遇到过诡异的问题，最后是给charm++小组写信才得到答案的

续上：：：：
.mol文件是:
---------------------
BASIS
6-31G*
-----
-----
   2      
    6.0    66
C      -3.802679    -11.176961     -1.205503
C      -5.100718     -8.941566     -0.748898
C      -7.753348     -9.003028     -0.656813
C      -9.009070    -11.282589     -0.992091
C      -7.707133    -13.521107     -1.429794
C      -5.086722    -13.431847     -1.538484
C      -3.741632     -6.612752     -0.405798
C      -2.614043     -4.682233     -0.153879
C      -1.287206     -2.320051      0.001204
C      -2.646165     -0.039905      0.021650
C      -1.355664      2.266444      0.000321
C       1.297998      2.303316      0.021021
C       2.650630      0.033444     -0.000813
C       1.355219     -2.282750      0.022594
C       2.612185      4.672569      0.174715
C       3.666749      6.643722      0.427380
C       4.945675      9.016445      0.774263
C       3.639475     11.314219      0.645316
C       4.948248     13.573877      0.988599
C       7.520777     13.613122      1.469151
C       8.794153     11.312651      1.615017
C       7.530887      9.057541      1.276004
C       0.961976     11.354685      0.186837
C      -1.258660     11.321868     -0.171174
C      -3.934282     11.210933     -0.629541
C      -5.180838      8.879936     -0.757236
C      -7.766038      8.854286     -1.259843
C      -9.086847     11.076023     -1.600648
C      -7.872878     13.408215     -1.456185
C      -5.300526     13.435840     -0.975019
C      -2.733042      4.599588     -0.155601
C      -3.840804      6.541263     -0.409115
C      -5.355473     -0.082006      0.174560
C      -7.590929     -0.146909      0.420422
C     -10.287343     -0.213851      0.758038
C     -11.636919     -2.494749      0.590635
C     -14.239428     -2.486974      0.924212
C     -15.557827     -0.273573      1.435762
C     -14.200295      1.964187      1.618866
C     -11.605113      1.993675      1.287578
C       2.751582     -4.604288      0.179355
C       3.932770     -6.502380      0.431268
C       5.353499     -8.793584      0.773594
C       4.103554    -11.054548      1.286382
C       5.430647    -13.273866      1.617121
C       8.058418    -13.317326      1.450896
C       9.304086    -11.068477      0.961378
C       7.995694     -8.807159      0.627374
C       5.359433      0.061554     -0.160671
C       7.594078      0.057030     -0.420671
C      10.288450      0.055809     -0.777478
C      11.551772      2.301395     -1.278686
C      14.144685      2.337821     -1.626766
C      15.554982      0.129560     -1.488677
C      14.290481     -2.121492     -1.005580
C      11.690857     -2.195766     -0.655391
C     -10.328929     -4.826072      0.105210
C      -9.161633     -6.717098     -0.241970
C      10.447928     -4.568222     -0.196166
C       9.364064     -6.506388      0.163166
C      -9.132282    -15.970081     -1.785365
C     -18.390797     -0.333760      1.789783
C       9.494493    -15.759041      1.808713
C      18.386677      0.141560     -1.860329
C      -9.336514     15.831291     -1.828839
C       8.921006     16.074293      1.838775
    1.0    36
H     -15.241122     -4.250309      0.787072
H     -15.169487      3.703554      2.029747
H     -11.082186     11.000789     -1.989881
H      -4.308667     15.205288     -0.867524
H       4.417437    -14.992413      2.015357
H      11.331447    -11.039049      0.837974
H     -11.040094    -11.293199     -0.914457
H      -4.031817    -15.133546     -1.891951
H      15.070351      4.105790     -2.015115
H      15.332932     -3.863338     -0.903667
H      10.790826     11.288640      2.003715
H       3.911136     15.317025      0.879800
H      -1.776452    -11.133522     -1.318883
H       2.079684    -11.042569      1.443059
H      10.483401      4.022047     -1.414577
H       8.530467      7.296352      1.417025
H      -8.720373      7.068237     -1.400259
H     -10.577643      3.735866      1.459216
H      -8.118070     17.469561     -1.669650
H     -10.220531     15.878941     -3.680482
H     -10.825804     16.013632     -0.428267
H     -19.129721      1.535210      2.184558
H     -19.328552     -1.040830      0.106699
H     -18.912331     -1.560976      3.349794
H      -7.851823    -17.531349     -2.128537
H     -10.246831    -16.421707     -0.122227
H     -10.420291    -15.848373     -3.378397
H       7.658386     17.679146      1.683873
H       9.809502     16.145699      3.687546
H      10.401019     16.297762      0.434231
H      19.077496      2.032866     -2.235198
H      19.352522     -0.564110     -0.192527
H      18.928799     -1.052611     -3.438889
H      11.515010    -15.464871      1.651062
H       9.116267    -16.570812      3.655359
H       8.946930    -17.147398      0.399561
end of input
-----------------------
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弘德明志博学笃行
16楼2010-04-07 19:57:39
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+3):谢谢提示 2010-04-05 20:45
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

你的openmpi是用intel编译器编译的吗？

也有可能是你的openmpi有问题

最好给出更详细的配置
赞一下(2人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
2楼2010-04-05 18:24:21
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-05 11:24:21:
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

你的openmpi是用intel编译器编译的吗？

也有可能是你的openmpi有问题

最好给出更详细的配置

谢谢你的回复！我的openmpi是用ifort编译的！我先安装的ifort，后openmpi,后mkl。他们三个组合弄得其他的软件都可以算啊！
赞一下 回复此楼
弘德明志博学笃行
3楼2010-04-05 18:30:51
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-04-05 11:30:51:

谢谢你的回复！我的openmpi是用ifort编译的！我先安装的ifort，后openmpi,后mkl。他们三个组合弄得其他的软件都可以算啊！

你好！我的机器是Intel的核，上面安装了ifort-10.1.012,mkl-10.0.2.018,openmpi-1.2.6.他们便以的其他的软件可以正常工作！不过也有个别软件出现类似的下面的错误！
我编译的是dalton-2.0版本！
我的Makefile.config文件如下：
-------------------------------------------
ARCH        = linux
#
#
CPPFLAGS      = -DVAR_IFC -DSYS_LINUX -DVAR_MFDS -D'INSTALL_WRKMEM=100000000' -D'INSTALL_BASDIR="/home/zhanggp/software/dalton-2.0/basis/"' -DVAR_MPI -DIMPLICIT_NONE
F77           = mpif90
F90           = mpif90
CC            = mpicc
FLNK          = mpif90
RM            = rm -f
FFLAGS        = -O3 -w -g
F90OPTFLAGS   = -O3 -w -fpp -g
SAFEFFLAGS    = -O2 -w -g
CFLAGS        = -O3 -std=c99 -DRESTRICT=restrict -DFUNDERSCORE=1
INCLUDES      = -I../include
LIBS          = -L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lguide -lpthread -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core
INSTALLDIR    = /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin
PDPACK_EXTRAS = linpack.o eispack.o
GP_EXTRAS     =
AR            = ar
ARFLAGS       = rvs
# flags for ftnchek on Dalton /hjaaj
CHEKFLAGS  = -nopure -nopretty -nocommon -nousage -noarray -notruncation -quiet  -noargumants -arguments=number  -usage=var-unitialized
# -usage=var-unitialized:arg-const-modified:arg-alias
# -usage=var-unitialized:var-set-unused:arg-unused:arg-const-modified:arg-alias
#
default : linuxparallel.x
#
# Parallel initialization
#
MPI_INCLUDE_DIR =
MPI_LIB_PATH    =
MPI_LIB         =
#
#
# Suffix rules
# hjaaj Oct 04: .g is a "cheat" suffix, for debugging.
#               'make x.g' will create x.o from x.F or x.c with -g debug flag set.
#
.SUFFIXES : .F .o .c .i .g

.F.o:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F

.F.g:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -g -c $*.F

.c.o:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c

.c.g:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -g -c $*.c

.F.i:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) -E $*.F > $*.i

--------------------------------------------
续下：：：：：
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弘德明志博学笃行
4楼2010-04-06 08:42:54
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