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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】在集群中用gaussian要做那些设置??? 已有1人参与

在某大型集群中用gaussian算金属卟啉,发现很慢,opt+freq运算了一个周,还在继续。

运算环境:一个节点;4CPU(上面分的,没法改);方法为B3LYP;基组为6-311+G**;

感觉肯定是gaussian设置有问题,希望高人指点。
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

没人帮忙吗???看来作为作为专家....
2楼2010-03-31 15:33:36
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流! 2010-04-23 22:35
可以先登录到节点看一看,CPU的使用情况,以及在提交任务脚本中使用的是本地硬盘或是NFS盘作scratch。对于g03或g09,一般都要设置用本地磁盘作scratch,否则将影响整个
集群的使用,并且非常慢。
3楼2010-03-31 15:38:43
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢参与! 2010-04-23 22:35
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-03-31 12:16:04:
在某大型集群中用gaussian算金属卟啉,发现很慢,opt+freq运算了一个周,还在继续。

运算环境:一个节点;4CPU(上面分的,没法改);方法为B3LYP;基组为6-311+G**;

感觉肯定是gaussian设置有 ...

6-311+g**是很大的基组了(超过ccpvdz),又是freq,算得慢很正常
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-03-31 15:44:35
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

我的Scratch文件夹在属于我的用户文件下,即在集群中我有三个文件夹,g03,PBS(*。gjf,*.log,*.chk),Scratch.
5楼2010-03-31 15:47:02
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流! 2010-04-23 22:35
那么说你的$HOME是NFS的,即登录节点和计算节点看到是同样的内容。
如果是这样的话,gaussian性能将非常的糟糕。scratch通常设在本地硬盘上。
将任务脚本改一改,用本地/scratch,性能会提升一个数量级!!!


[ Last edited by bluewhale on 2010-4-23 at 21:07 ]
6楼2010-04-23 21:01:55
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