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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】在集群中用gaussian要做那些设置？？？
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】在集群中用gaussian要做那些设置？？？ 已有1人参与

在某大型集群中用gaussian算金属卟啉，发现很慢，opt+freq运算了一个周，还在继续。

运算环境：一个节点；4CPU(上面分的，没法改)；方法为B3LYP；基组为6-311+G**；

感觉肯定是gaussian设置有问题，希望高人指点。
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1楼 2010-03-31 12:16:04
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
没人帮忙吗？？？看来作为作为专家....
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2楼2010-03-31 15:33:36
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢交流！ 2010-04-23 22:35
可以先登录到节点看一看，CPU的使用情况，以及在提交任务脚本中使用的是本地硬盘或是NFS盘作scratch。对于g03或g09,一般都要设置用本地磁盘作scratch，否则将影响整个
集群的使用，并且非常慢。
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3楼2010-03-31 15:38:43
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+1):谢谢参与！ 2010-04-23 22:35
引用回帖:
Originally posted by heyo_123 at 2010-03-31 12:16:04:
在某大型集群中用gaussian算金属卟啉，发现很慢，opt+freq运算了一个周，还在继续。

运算环境：一个节点；4CPU(上面分的，没法改)；方法为B3LYP；基组为6-311+G**；

感觉肯定是gaussian设置有 ...

6-311+g**是很大的基组了（超过ccpvdz），又是freq，算得慢很正常
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-03-31 15:44:35
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)
我的Scratch文件夹在属于我的用户文件下，即在集群中我有三个文件夹，g03，PBS（*。gjf,*.log,*.chk），Scratch.
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5楼2010-03-31 15:47:02
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2):谢谢交流！ 2010-04-23 22:35
那么说你的$HOME是NFS的，即登录节点和计算节点看到是同样的内容。
如果是这样的话，gaussian性能将非常的糟糕。scratch通常设在本地硬盘上。
将任务脚本改一改，用本地/scratch，性能会提升一个数量级!!!


[ Last edited by bluewhale on 2010-4-23 at 21:07 ]
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6楼2010-04-23 21:01:55
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