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yangjun102银虫 (小有名气)
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【转帖】SIESTA中体系受限的弛豫计算zz
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在Siesta中可以通过 GeometryConstraints来指定体系,诸如对称性,晶格某方向长度固定等受限情形的计算. 在这里介绍的是通过position来指定某几个原子固定的弛豫计算情形, 因为在slab或surface计算中, 我们总可以认为有一大部分原子并不发生弛豫, 将其固定则可以降低计算时间. GeometryConstraints是数据块的格式, 可以在同一数据块中指定多种约束. 目前有stress, postion,routine三个已经实现的功能. 而这里介绍的是position关键词实现的功能. 按照siesta手册给出的事例, 在siesta中对输入的原子顺序编号来实现坐标的固定, 也就是说我们如果要对某个原子固定则需要在输入文件中给出这个原子在输入文件中的对应编号. 这个编号是按照原子坐标的输入顺序给出的, 即从1-Natoms. 在position可以给出负数,这时编号即为逆序. 有的时候我们可能需要固定连续的几个原子, 可以按如下设定实现: %block GeometryConstraints position from ii to jj %endblock GeometryConstrants 在这里ii,jj是需要固定的起始原子和结束原子对应的编号. 对于固定某几个原子(未必连续输入),则我们这样实现 %block GeometryConstraints position 1,5,8 %endblock GeometryConstraints 在这里1,5,8是三个固定原子对应编号. 若需要考虑某连续几个原子固定, 还有另外几个原子也固定的情形, 则是按照如下的设定来实现 %block GeometryConstraints position from ii to jj position 2,6,9 %endblock GeometryConstraints 这样我们就实现了对ii到jj范围内的原子和第2,6,9原子的固定. 原文的地址：http://www.nanounion.net/modules ... c.php?topic_id=3226 |
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