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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】过渡态搜索（怎么放初态和终态等）
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hexx621

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】过渡态搜索（怎么放初态和终态等）

本人做DFT计算，但对过渡态的搜索还是不太懂，开始怎么放置初态和终态，已经过渡态怎么才能更好更快的找到（dimmer,NEB等），谁有这方面的资料，能发给我一份吗，真的很感激。hexx621@163.com
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1楼 2010-03-25 22:53:57
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玫瑰蜜

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-26 13:20
初态和终态不是随便放的，需要分别进行优化，找出能量相对最稳定的构型，然后搜索过渡态，有时候能量最稳定的构型也不是一定就可以搜到过渡态，就需要用次稳定的构型继续搜索。
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2楼2010-03-26 12:10:47
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hexx621

银虫 (小有名气)
你好，那你有这方面的指导资料吗，我是初学者，那些最基本的我想搞懂。
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3楼2010-03-28 17:01:45
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-28 21:13
我好像记得MS在Dmol3模块的入门指南里就有搜索过渡态的例子，你可以去看看
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4楼2010-03-28 17:03:25
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hexx621

银虫 (小有名气)
MS 里面的搜索过渡态的方法跟我的不一样，我用的DFT计算，谢谢啊
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5楼2010-03-28 17:20:43
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-28 21:14
引用回帖:
Originally posted by hexx621 at 2010-03-28 17:20:43:
MS 里面的搜索过渡态的方法跟我的不一样，我用的DFT计算，谢谢啊

Dmol3模块用的就是DFT方法啊
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6楼2010-03-28 17:22:37
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):呵呵，lei版主出马了 2010-03-29 08:19
我们的区刊RCS上就有专门讨论过渡态的 很详细
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1855761&fpage=1

做过渡态计算应该考虑的三件事
yjcmwgk
Research of Calculation and Simulation, 2010, Vol. 1, No. 1, Page 60.


过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
sobereva
Research of Calculation and Simulation, 2010, Vol. 1, No. 1, Page 62-77.
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7楼2010-03-28 21:16:10
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hexx621

银虫 (小有名气)
恩，谢谢你啊，这对我很有用
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8楼2010-03-29 21:20:57
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xjping

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
Thank you~ I have gotten it.
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9楼2010-03-29 23:26:20
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