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04nylxb木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】Dmol算乙醇在pd表面反应求助 已有2人参与
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att，我想算一个乙醇在pd（111）表面的反应，就是乙醇催化重整制氢气，分别断裂C-C、C-O、C-H键后在金属表面的吸附构型。目前构建第一步，乙醇在Pd（111）表面的吸附，按照教程将乙醇分子放到了Pd表面，并按照参考文献调整了距离，C-Pd=2.46A，然后运行结构优化，跑了两小时后，总是提示failure， Message: SCF not converging. Choose larger smearing value in DMol3 SCF panel or modify/delete "Occupation Thermal" in the input file. You may also need to change spin or use symmetry. Resubmit DMol3. Message: DMol3 job failed Error: DMol3 exiting 我已经将smearing改到0.01了，并且DIIS增大到8，还是出现上述的提示，求助做过相关研究的虫友们，如何解决啊？在这一步已经卡了我近一个月了，非常郁闷。 这是我的构型图，top位吸附  k点选择6x6x2，GGA-PW91，默认选择了“use symmetry”，没有勾选"spin unrestricted"，SCF迭代步数设成100，orbital cutoff quality默认选择medium。 请各位大侠帮我出出招，最近课题组开会天天挨骂，老板催得紧，不胜感激 |
回复此楼
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qli0218(金币+3):非常感谢 2010-03-25 18:06
04nylxb(金币+10):非常感谢，嗯，匆匆忙忙看了几篇文献，就觉得可以上手了，很多内涵根本不懂，一定多看文章！惭愧惭愧，俺是工科的，一定多学习！ 2010-03-25 18:47
aylayl08(1ST强帖+1): 2010-03-27 09:47
qli0218(金币+3):非常感谢 2010-03-25 18:06
04nylxb(金币+10):非常感谢，嗯，匆匆忙忙看了几篇文献，就觉得可以上手了，很多内涵根本不懂，一定多看文章！惭愧惭愧，俺是工科的，一定多学习！ 2010-03-25 18:47
aylayl08(1ST强帖+1): 2010-03-27 09:47
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一眼看过去就发现你的建模和参数设置都有问题，而且问题很多。 建模的问题： 1.Pd层太薄，三层原子不足以体现表面的驰豫。 2.Pd层表面晶胞太小，这样就很难阻止乙烯跟周围乙烯的相互作用。从而无法说明乙烯分解是由于Pd的影响还是Pd和周围乙烯共同作用的影响。不是吗？ 3.真空层不够，乙烯与上面Pd层底的距离明显太小，不能很好的阻止乙烯与上面Pd层的相互作用。 4.虽然已经确定是top位吸附，但是，你分子还是可以调的，例如那个139度角就可以变大或是变小（保持氧原子不变），或是通过氧的垂直轴转动，不同的构型总要多试几个，你试了几个呢？ 参数设置的问题： 1.计算表面K点要选6x6x1。 2.我印象当中PW91只是关联泛函。计算分子吸附的表面，建议使用PBE或是修正的RPBE。 3.use symmetry就不要选了。作为一个分解过程，其实是很复杂的。你的晶胞并没有什么明显的对称性信息可以利用。不考虑对称性，优化起来虽然可能费点时间，但是有时可以避免一些非物理的因素引入。 好了，暂时就想到这么多。最后要说的是，计算一个体系是要看很多文献的，而不是硬着头皮去硬算。从你的建模中存在的问题可以看到，LZ似乎没有读什么文献就开始做课题了，否则不会出现这么多硬伤。当然，如果LZ不是物理或是化学专业出身还是可以理解的。 |
2楼2010-03-25 15:57:14
04nylxb(金币+1):thank you for 顶 2010-04-05 13:51
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3楼2010-04-03 21:16:37
4楼2010-04-03 23:32:33