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zyj8119

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】跟MS一样的一种软件，大家知道吗？

[转载]MAPS材料设计平台(ABINIT,NAMD,LAMMPS,MNDO,Turbomole,Towhee,FHMixing等)
MAPS（Materials And Processes Simulations）是集中多款优秀的第三方材料设计软件的具有很强扩展性的材料设计平台。
MAPS可应用于从量子化学计算到中尺度计算，在不同时间和空间尺度上真正的实现了多尺度计算平台建设的目标。MAPS包括友好的图形用户界面供用户建模、方便分析结算结果数据，并整合了大学和研究所开发的被广大世界科研用户肯定的计算模拟软件。
MAPS是一种科研平台，可以计算高分子的物性，小分子和高分子凝聚状态和变化分析，研究分子反应机理，固体、表面、界面的电子结构计算。
MAPS中各种计算引擎由开发源程序和与其相对应的界面组成的Plug-in组成。可以通过在基本MAPS模块中添加不同Plug-in来实现研究不同体系和时间尺度的目的。

集成的计算引擎有：ABINIT,NAMD,LAMMPS,MNDO,Turbomole,Towhee,Amorphous,FHMixing,QmPot,SciDPD.

为什么要改变您现在的科研工作方法？

MAPS® 是第一个用于分子和过程建模的多用户/多项目平台。MAPS®允许您使用任何最适合您的R&D工作系统使用的模拟代码。您可以容易的将任何分子模拟代码集成进入MAPS®平台。MAPS® 也提供所有您需要的标准建模和可视化工具。因此，您不需要放弃您已经习惯使用的工具，您可以简单的进入一个通用工作环境并且加快您的工作效率。此外，MAPS®模拟环境还为您提供在任何时间集成您需要的任何模拟代码的可能。MAPS®中的应用程序界面（API）可以助您容易地实现创建界面和访问模型信息。

MAPS?的主要优势

MAPS® 是一个灵活的可定制的分子建模和过程模拟平台。MAPS®已经包含了最先进的模拟代码。而且， MAPS® 包含了可选择的完整的API界面套装，并提供相应的使用说明，允许最终用户将他们想使用的代码集成在一个通用的用户界面下。鉴于此种构架，MAPS®实现了在用户需要的时候，提供集成和使用最先进代码的功能。
Simulation Engine

最先进的计算引擎
MAPS®支持模拟代码中的多种开源技术。许多科研小组开发了科学最前沿的模拟计算技术，Scienomics与这些小组保持了密切的关系。通过 MAPS®，您可以方便的使用这些最新技术，并获得界面友好的工具和相关的使用帮助和技术支持。 MAPS®还提供了一些非开源的代码，这些模拟代码也是由Scienomics与世界先进的学术小组合作开发的，是在其代表的相关领域中最先进的技术。

MAPS®中的模拟代码

      * ABINIT, 由ABINIT 小组开发, www.abinit.org. ABINIT 是一个量子力学代码，使用平面波/赝势技术，计算周期性体系。
      * Amorphous Builder , 一个快速周期性非晶液态和聚合物系统建模工具。Amorphous builder 是与雅典的Doros Theodorou教授合作开发的。它基于蒙特卡洛方法构建聚合物的无定形体系。通过这个技术，用户可以基于实验密度值产生几乎所有的聚合物，甚至具有高密度的聚合物如密度达到1.5g/cm3的聚酰亚胺胶带或者聚磺酸盐都可通过一步构建成功。
      * FHMixing, 基于Molecular Silverware程序，预测二元混合物热动力学性质的工具。混合物的性质是基于Flory Huggins 理论获得的。 FHMixing非常适用于快速筛选上百个分子的溶混性，是介观模拟参数化的有力工具，例如作为耗散粒子动力学的代码SciDPD。
      * LAMMPS, 最初由美国能源CRADA (Cooperative Research and Development Agreement)联合两家美国能源部实验室和三家公司研发的。它是一个用于计算大规模体系的经典动力学代码。LAMMPS基于丰富的的力场和边界条件，可以模拟原子、聚合物、生物、金属或者颗粒体系。
      * MNDO, 由德国Max-Planck-Institut für Kohlenforschung的 Prof. Dr. Walter Thiel's 小组开发。 MNDO基于半经验方法计算分子有限系统。
      * NAMD, 由美国伊利诺伊大学Prof. Klaus Schulten's生物化学理论计算小组研发。NAMD是一个基于分子动力学快速计算分子结构和分子动力学模拟的代码。
      * QMPOT, QmPot 是一个 QM/MM 和QM/QM引擎。因此，该引擎实现了对由基于量子力学处理的团簇和基于原子间势函数处理的环境结合后的大型体系的描述。而且，通过QmPot，可以将两种水平的量子力学工具结合在一起。该种方法的成功主要是由于其原子间势函数考虑了原子或环境中的离子的极化率，并且其原子间势函数是利用了参数化第一原理的数据。
      * SciDPD, 由Dr. Julian C. Shillcock 开发，并且License授权给瑞士Complex Fluid Simulations GmbH。它是一个耗散粒子动力学代码，用于模拟复合液体或者块状聚合物系统的相行为。 SciDPD可应用于复合液体相行为、胶束形成、块状聚合物形态预测、药物释放现象，以及其它多更多的方面。
      * SciTherm, 基于高精度状态方程，如SAFT何PC-SAFT，用于预测单成分和多成分混合流体的热动力学性质和相平衡。它提供多种类型体系的参数数据库，允许通过内置的回归工具计算回归参数。
      * Towhee 是一个蒙特卡洛分子模拟代码，为预测流体相平衡而设计，主要使用基于特别设计的处理采样分子构象的算法的原子力场。Towhee 随后扩展到一些系综、多种不同的力场、以及固体（或者至少多孔性的）相中。
      * Turbomole, 由德国卡尔斯鲁厄大学 Prof. Reinhart Ahlrichs' 小组开发。Turbomole是一个基于量子力学分子代码,拥有丰富的DFT(包括含时的)函数，MP2，耦合团簇和HF方法。

Data Managemen


集成数据管理
MAPS® 旨在做一个用户友好的模拟代码集成平台。MAPS® 即将发布的版本将支持可选的包括数据管理在内的工具，可以允许多用户之间共享模拟结果。用户可以实现将他们的结果公布给其他MAPS® 用户。基于MAPS® 的数据库可以轻松实现数据的存储和检索。这将是一个很好的利用内部资源和促进您的组织内部的信息交换的工具。

灵活的可定制的建模环境
MAPS® 十分灵活！其API 是有完整的文档和可选的在不同的操作系统上可以随意转换。终端用户可以利用API为 MAPS®写自己的插件。而且，MAPS®还拥有灵活的可定制的基于Python语言的脚本编辑器。这有利于有图形界面的高级界面友好程序的开发。这些应用程序可以在您的全体R&D组织中开展，进而提高您的建模能力。

日常任务管理
通过MAPS® 您不需要重新创造整体体系！日程的作业，如文件输入/输出或者绘图都可以由MAPS® 管理。终端用户只需要将注意力集中在他们的手边的主要任务并使用MAPS® ?API处理剩下的其它事务。

支持平台
MAPS® 当前支持Linux 和 Windows® 操作系统。具体的包含： Red Hat Entreprise 4 and 5, Novell Suse Enterprise Linux Server 10, Windows® Server 2003, Vista, XP (home and professional editions). 所有的Linux平台支持32位和64位操作系统. Windows 平台仅支持32位。
这样的软件好像没有盗版。这些模块都是免费的代码，这个公司也是做了个GUI.

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